Locus 7

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 122,749 – 122,864
Length 115
Max. P 0.980466
window13 window14

overview

Window 3

Location 122,749 – 122,843
Length 94
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.92
Mean single sequence MFE -22.13
Consensus MFE -11.72
Energy contribution -11.63
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -4.19
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 1.86
SVM RNA-class probability 0.980466
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 122749 94 + 27905053
-GUCUACUCUU-----UCUCUUCAAU--AUGUGUGCUAUAUGUACUUAACA-UACUGCAUAAUA--CGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGCAUAUG
-..........-----......((.(--(((((.((((((((((.((.(((-(((.........--.)))))).)).))))))))..)).)))))).))...... ( -17.20)
>DroPse_CAF1 26653 93 + 1
-GUUUACUCUU-----UCCCUUCAAU--AUGUGUACUAUAUGUAUUUUACGCUAUCGCCUA--C--CGUAUGUAAUAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUG
-..........-----........((--(((((((.(((((((((.(((((.(((......--.--.)))))))).))))))))).))))))))).......... ( -20.90)
>DroGri_CAF1 33433 101 + 1
UGUUUACUCUCUGUUUUCUCUUCAAUCCAUGUGUAGUAUAUGUAUUUUACA-UAAUGCUUG-AAGGACUAUGUAAAAUAUAUAUAUUGC--AUAUGCUGUCUAUG
...........................((((((((((((((((((((((((-((.(.(...-..).).)))))))))))))))))))))--)))))......... ( -29.60)
>DroEre_CAF1 23609 94 + 1
-GUCUACUCUU-----UCCCUUCAAU--AUGUGUGCUAUAUGUAUUUAACA-UACUUUAUAAAA--CGUAUGUAAAAUAUAUAUAACGCCCAUAUACUGCCUAUG
-..........-----........((--(((.(((.(((((((((((.(((-(((.........--.)))))).))))))))))).))).))))).......... ( -21.90)
>DroYak_CAF1 29446 93 + 1
-GUCCACUUUU-----UCUCUUUAAU--AUGUGCGCUAUAUGUAUUUAACA-UACUACAUA-AA--CGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGAAUAUG
-..........-----........((--(((.(((.(((((((((((.(((-(((......-..--.)))))).))))))))))).))).))))).......... ( -22.30)
>DroPer_CAF1 25674 93 + 1
-GUUUACUCUU-----UCCCUUCAAU--AUGUGUACUAUAUGUAUUUUACGCUAUCGCCUA--C--CGUAUGUAAUAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUG
-..........-----........((--(((((((.(((((((((.(((((.(((......--.--.)))))))).))))))))).))))))))).......... ( -20.90)
>consensus
_GUCUACUCUU_____UCCCUUCAAU__AUGUGUACUAUAUGUAUUUAACA_UACUGCAUA_AA__CGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGCAUAUG
............................(((.(((.(((((((((((.(((.(((............)))))).))))))))))).))).)))............ (-11.72 = -11.63 +  -0.08) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 122,768 – 122,864
Length 96
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.70
Mean single sequence MFE -25.48
Consensus MFE -15.46
Energy contribution -15.60
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -3.98
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.940538
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 122768 96 + 27905053
UAUGUGUGCUAUAUGUACUUAACA-UACUGCAUAAUACGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCU-----UCGCACCG
...(.((((..(((((.....)))-)).((((((.((((((((((..((((...........))))..)))))))))))))))).....-----..))))). ( -22.10)
>DroPse_CAF1 26672 96 + 1
UAUGUGUACUAUAUGUAUUUUACGCUAUCGCCUA--CCGUAUGUAAUAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCCA----CCGCACCG
...((((..((((((((((.((((.((.....))--.))))...)))))))))).((((((((((((.......))))))))))))....----..)))).. ( -23.00)
>DroEre_CAF1 23628 96 + 1
UAUGUGUGCUAUAUGUAUUUAACA-UACUUUAUAAAACGUAUGUAAAAUAUAUAUAACGCCCAUAUACUGCCUAUGUAUGUGUAUUUCU-----UCGCACCG
...(.(((((((((((((((.(((-(((..........)))))).))))))))))).....(((((((.......))))))).......-----..))))). ( -25.80)
>DroWil_CAF1 47367 100 + 1
UGUAUGUGGUAUAUGUAUUUUACA-CUAUGUGAA-AGCGUAUGUAAAAUAUAUAUAGUGCAUAUAUUCUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCCUUUUCUUGCACCG
((((((((.(((((((((((((((-.(((((...-.)))))))))))))))))))).))))))))..............(((((...........))))).. ( -31.70)
>DroYak_CAF1 29465 95 + 1
UAUGUGCGCUAUAUGUAUUUAACA-UACUACAUA-AACGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGAAUAUGUAUGUGUAUUUCU-----UCGCACCG
...(((((.(((((((((((.(((-(((......-...)))))).))))))))))).....(((((((.......))))))).......-----.))))).. ( -26.90)
>DroPer_CAF1 25693 96 + 1
UAUGUGUACUAUAUGUAUUUUACGCUAUCGCCUA--CCGUAUGUAAUAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCCA----CCGCACUG
...((((..((((((((((.((((.((.....))--.))))...)))))))))).((((((((((((.......))))))))))))....----..)))).. ( -23.40)
>consensus
UAUGUGUGCUAUAUGUAUUUAACA_UACUGCAUA_AACGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCC_____UCGCACCG
.....(((.(((((((((((.(((.(((..........)))))).))))))))))).))).(((((((.......))))))).................... (-15.46 = -15.60 +   0.14) 

alignment

Postscript

secondary structure

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