Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 122,749 – 122,864 |
Length | 115 |
Max. P | 0.980466 |
Location | 122,749 – 122,843 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.92 |
Mean single sequence MFE | -22.13 |
Consensus MFE | -11.72 |
Energy contribution | -11.63 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -4.19 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | 1.86 |
SVM RNA-class probability | 0.980466 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 122749 94 + 27905053 -GUCUACUCUU-----UCUCUUCAAU--AUGUGUGCUAUAUGUACUUAACA-UACUGCAUAAUA--CGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGCAUAUG -..........-----......((.(--(((((.((((((((((.((.(((-(((.........--.)))))).)).))))))))..)).)))))).))...... ( -17.20) >DroPse_CAF1 26653 93 + 1 -GUUUACUCUU-----UCCCUUCAAU--AUGUGUACUAUAUGUAUUUUACGCUAUCGCCUA--C--CGUAUGUAAUAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUG -..........-----........((--(((((((.(((((((((.(((((.(((......--.--.)))))))).))))))))).))))))))).......... ( -20.90) >DroGri_CAF1 33433 101 + 1 UGUUUACUCUCUGUUUUCUCUUCAAUCCAUGUGUAGUAUAUGUAUUUUACA-UAAUGCUUG-AAGGACUAUGUAAAAUAUAUAUAUUGC--AUAUGCUGUCUAUG ...........................((((((((((((((((((((((((-((.(.(...-..).).)))))))))))))))))))))--)))))......... ( -29.60) >DroEre_CAF1 23609 94 + 1 -GUCUACUCUU-----UCCCUUCAAU--AUGUGUGCUAUAUGUAUUUAACA-UACUUUAUAAAA--CGUAUGUAAAAUAUAUAUAACGCCCAUAUACUGCCUAUG -..........-----........((--(((.(((.(((((((((((.(((-(((.........--.)))))).))))))))))).))).))))).......... ( -21.90) >DroYak_CAF1 29446 93 + 1 -GUCCACUUUU-----UCUCUUUAAU--AUGUGCGCUAUAUGUAUUUAACA-UACUACAUA-AA--CGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGAAUAUG -..........-----........((--(((.(((.(((((((((((.(((-(((......-..--.)))))).))))))))))).))).))))).......... ( -22.30) >DroPer_CAF1 25674 93 + 1 -GUUUACUCUU-----UCCCUUCAAU--AUGUGUACUAUAUGUAUUUUACGCUAUCGCCUA--C--CGUAUGUAAUAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUG -..........-----........((--(((((((.(((((((((.(((((.(((......--.--.)))))))).))))))))).))))))))).......... ( -20.90) >consensus _GUCUACUCUU_____UCCCUUCAAU__AUGUGUACUAUAUGUAUUUAACA_UACUGCAUA_AA__CGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGCAUAUG ............................(((.(((.(((((((((((.(((.(((............)))))).))))))))))).))).)))............ (-11.72 = -11.63 + -0.08)
Location | 122,768 – 122,864 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.70 |
Mean single sequence MFE | -25.48 |
Consensus MFE | -15.46 |
Energy contribution | -15.60 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -3.98 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 1.29 |
SVM RNA-class probability | 0.940538 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 122768 96 + 27905053 UAUGUGUGCUAUAUGUACUUAACA-UACUGCAUAAUACGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCU-----UCGCACCG ...(.((((..(((((.....)))-)).((((((.((((((((((..((((...........))))..)))))))))))))))).....-----..))))). ( -22.10) >DroPse_CAF1 26672 96 + 1 UAUGUGUACUAUAUGUAUUUUACGCUAUCGCCUA--CCGUAUGUAAUAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCCA----CCGCACCG ...((((..((((((((((.((((.((.....))--.))))...)))))))))).((((((((((((.......))))))))))))....----..)))).. ( -23.00) >DroEre_CAF1 23628 96 + 1 UAUGUGUGCUAUAUGUAUUUAACA-UACUUUAUAAAACGUAUGUAAAAUAUAUAUAACGCCCAUAUACUGCCUAUGUAUGUGUAUUUCU-----UCGCACCG ...(.(((((((((((((((.(((-(((..........)))))).))))))))))).....(((((((.......))))))).......-----..))))). ( -25.80) >DroWil_CAF1 47367 100 + 1 UGUAUGUGGUAUAUGUAUUUUACA-CUAUGUGAA-AGCGUAUGUAAAAUAUAUAUAGUGCAUAUAUUCUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCCUUUUCUUGCACCG ((((((((.(((((((((((((((-.(((((...-.)))))))))))))))))))).))))))))..............(((((...........))))).. ( -31.70) >DroYak_CAF1 29465 95 + 1 UAUGUGCGCUAUAUGUAUUUAACA-UACUACAUA-AACGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCCCAUAUACUGAAUAUGUAUGUGUAUUUCU-----UCGCACCG ...(((((.(((((((((((.(((-(((......-...)))))).))))))))))).....(((((((.......))))))).......-----.))))).. ( -26.90) >DroPer_CAF1 25693 96 + 1 UAUGUGUACUAUAUGUAUUUUACGCUAUCGCCUA--CCGUAUGUAAUAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCCA----CCGCACUG ...((((..((((((((((.((((.((.....))--.))))...)))))))))).((((((((((((.......))))))))))))....----..)))).. ( -23.40) >consensus UAUGUGUGCUAUAUGUAUUUAACA_UACUGCAUA_AACGUAUGUAAAAUAUAUAUAAUGCACAUAUACUGCAUAUGUAUGUGUAUUUCC_____UCGCACCG .....(((.(((((((((((.(((.(((..........)))))).))))))))))).))).(((((((.......))))))).................... (-15.46 = -15.60 + 0.14)
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