| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,430,725 – 18,430,825 |
| Length | 100 |
| Max. P | 0.796190 |
| Location | 18,430,725 – 18,430,825 |
|---|---|
| Length | 100 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 107 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.74 |
| Mean single sequence MFE | -41.58 |
| Consensus MFE | -29.16 |
| Energy contribution | -28.75 |
| Covariance contribution | -0.41 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -1.77 |
| Structure conservation index | 0.70 |
| SVM decision value | 0.60 |
| SVM RNA-class probability | 0.796190 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 18430725 100 + 27905053 AUCAGCGCCUCCGCUCGAGGGAGGGGUGGGCAGUCAGAAACGAUUCCAACGUCCGCUCCUGCCCAGCAAACAAUCCAAGCUGAUGCUGGUGAGUGCAAG-------A ....(((((.(((((.(.((.((((((((((.((..(((....)))..)))))))))))).))))))..........(((....))))).).))))...-------. ( -38.90) >DroPse_CAF1 18439 107 + 1 UUCGGCGCCGCCACUCGAGGGCGGGGUGGGCAGCCAGAAGCGAUUCCAGCGCCCACUCUUGCCCAGCAAGCAGACAAAACUGAUGGUGGCAAGUAUCUGAAUCGGGA (((((.(((((((.....(((((((((((((.((..(((....)))..)))))))).)))))))......(((......))).)))))))......)))))...... ( -44.50) >DroEre_CAF1 16678 100 + 1 AUCAGCGCCUCCGCUCGAGGGCGGGGUGGGCAGUCAGAAGCGAUUCCAGCGCCCGCUCCUGCCCAGCAAGCAAUCCAAGCUGUUGCUGGUGGGUACCAC-------A ....((.((((.....))))))(((((((((.((..(((....)))..)))))))))))((((((.((.(((((.......))))))).))))))....-------. ( -44.20) >DroYak_CAF1 16942 100 + 1 AUCAGCGCCUCCGCUCGAGGGCGGGGUGGGCAGUCAAAAGCGAUUCCAGCGUCCGCUCCUGCCCAGCAAACAAUCCAAGCUGUUGCUGGUGAGUACAAA-------A (((((((((((((((....)))))))(((((((.....((((...........)))).))))))))).((((........)))))))))).........-------. ( -36.90) >DroAna_CAF1 16133 100 + 1 UUCAGCGCCGCCGCUCGAAGGAGGAGUGGGCAGUCAGAAGAGGUUCCAGCGCCCGCUCUUGCCCAGCAAACAGUCCAAACUGAUGCUGGUAUGUGAAUG-------A (((((((....)))).)))(.((((((((((.((..(((....)))..)))))))))))).)((((((..((((....)))).))))))..........-------. ( -37.20) >DroPer_CAF1 16945 107 + 1 UUCGGCGCCGCCACUCGAGGGCGGGGUGGGCAGCCAGAAGCGAUUCCAGCGCCCACUCUUGCCCAGCAAGCAGACAAAACUGAUGGUGGCAAGUAUCUGCGUGGAGA (((.(((((((((.....(((((((((((((.((..(((....)))..)))))))).)))))))......(((......))).)))))))..((....)))).))). ( -47.80) >consensus AUCAGCGCCGCCGCUCGAGGGCGGGGUGGGCAGUCAGAAGCGAUUCCAGCGCCCGCUCCUGCCCAGCAAACAAUCCAAACUGAUGCUGGUAAGUACAAG_______A ......(((.........(((((((((((((.((..(((....)))..))))))))))).))))((((..((........)).)))))))................. (-29.16 = -28.75 + -0.41)
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