| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,408,038 – 18,408,158 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.780116 |
| Location | 18,408,038 – 18,408,158 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.56 |
| Mean single sequence MFE | -45.12 |
| Consensus MFE | -30.25 |
| Energy contribution | -31.45 |
| Covariance contribution | 1.20 |
| Combinations/Pair | 1.54 |
| Mean z-score | -1.36 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| SVM decision value | 0.55 |
| SVM RNA-class probability | 0.780116 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 18408038 120 - 27905053 CUCGCUGGAGAAGAACACAGUGCUCAACGAGCAGUCACUGUGCGUUGGACUGGCCCGUGUUGGCCAGGAGUCGCAGCAGAUUGCCGUUGGCACGCUGCUUGAGAUGCGCUCGACCGAUUU .(((.(.(((.........((((.(((((.((((((..((((((.....((((((......))))))....)))).)))))))))))))))))...((.......)).))).).)))... ( -47.00) >DroVir_CAF1 2173 120 - 1 UGCUCUGGAACGGAAUACAGUGCUAAAUGAGCAGUCGCUGUGCGUGGGCCUGGCACGUGUUGGCCAGGAUACGCAACAGAUUGUUGUUAGCACCCUGCACGGUAUGCGUGCCACCGAUCU ......(((.(((......(((((((...(((((((....((((((..((((((........)))))).))))))...))))))).)))))))...(((((.....)))))..))).))) ( -50.80) >DroPse_CAF1 1615 120 - 1 UGCGCUGGAGCGCAACACAGUGCUCAAUGAGCAAUCCUUGUGCGUGGGCCUGGCACGUGUUGGCCAAGAGACGCAACAGAUUGCCGUGACUACGCUGCUCGAAAUGCGCUCCACAGACCU ...(.(((((((((...(((((....(((.((((((....(((((.((((.(((....))))))).....)))))...))))))))).....))))).......))))))))))...... ( -45.20) >DroWil_CAF1 8857 120 - 1 UGCCUUGGAGCGGAACACAGUGCUGAACGAGCAAUCGCUCUGUGUGGGCUUAGCCCGUGUGGGUCAGGACACGCAACAGAUUGUCGUUACGACGCUUCAGGAAAUGCGCUCCACAGAUUU .(((((((((((.((((((((.(((...((((....))))((((((..(((..(((....)))..))).)))))).)))))))).)))....)))))))))....))............. ( -44.10) >DroMoj_CAF1 1760 120 - 1 CGCUCUAGAGCGCAACACUGUGCUGAACGAACAAUCGUUAUGCGUGGGCCUGGCCCGCGUUGGUCAGGAUACGCAACAAAUUGUGGUUAGCACGUUGCACGGGAUGCGUGCCACGGAUCU .(((....)))(((((...(((((((....(((((.....((((((..(((((((......))))))).))))))....)))))..))))))))))))...((((.((.....)).)))) ( -47.70) >DroAna_CAF1 1408 120 - 1 UUCUUUGGAGAAGAACACCGUGCUGAACGAGCAGUCGUUAUGCGUAGGAUUAGCUCGUGUGGGCCAAGAGUCACAGCAGAUUGCUGUGGGUACGCUACUCGAGAUGCGAUCCACCGAUAU ....((((.............((..(((((....)))))..))...(((((..((((.((((.(....(.(((((((.....))))))).)..))))).))))....))))).))))... ( -35.90) >consensus UGCUCUGGAGCGGAACACAGUGCUGAACGAGCAAUCGCUGUGCGUGGGCCUGGCCCGUGUUGGCCAGGAGACGCAACAGAUUGCCGUUAGCACGCUGCACGAGAUGCGCUCCACCGAUCU .....((((((........(((((((.((.((((((....((((((...((((((......))))))..))))))...)))))))))))))))((..........))))))))....... (-30.25 = -31.45 + 1.20)
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