Locus 6942

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,308,851 – 18,309,092
Length 241
Max. P 0.995437
window11260 window11261 window11262

overview

Window 0

Location 18,308,851 – 18,308,950
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.08
Mean single sequence MFE -40.58
Consensus MFE -28.84
Energy contribution -29.20
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.669868
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18308851 99 - 27905053
CGCCCGGACCCACCCAUGCCGCCACCAGCUAUAUAAAUAUCAUAGGGCGUGGUUUCCCGCUCGGUGACCGUACUCCGGAUCUCCGGUGGCGGUGUGGCU
.(((.((......))(((((((((((..................(((((.((...)))))))((.(((((.....))).)).)))))))))))))))). ( -43.20)
>DroPse_CAF1 21008 99 - 1
CUGCCAGAACCACCCAUGCCACCUCCGGCCACGUAGAUAUCGAAGGGCGUUGUUUCCCGCUCGGUGACAGUGCUCCUAAUCUCCGGUGGUGGCGUGGCC
.............((((((((((.((((...((.......)).(((((((((((.((.....)).)))))))).))).....)))).)))))))))).. ( -40.60)
>DroSim_CAF1 21201 99 - 1
CGACCGGACCCACCCAUGCCGCCACCAGCGAUAUAAACAUCAUAGGGCGUGGUGUCCCGCUCGGUGACCGUACUCCGGAUCUCCGGAGGCGGUGUGGCC
.....((......))..(((((((((((((......(((((((.....)))))))..)))).))))(((((.((((((....)))))))))))))))). ( -43.30)
>DroEre_CAF1 20725 99 - 1
CGCCCGGAGCCGCCCAUGCCGCCACCAGCGACAUACACAUCAUAGGGCGUGGUGUCCCGCUCGGUAACCGUACUUCGGAUCUCCGGAGGCGGUGUGGCC
.((((.((((.(((((((((((.....))((........))....))))))).))...)))).)..(((((.((((((....)))))))))))..))). ( -40.20)
>DroAna_CAF1 21408 99 - 1
CGACCGGAGCCGCCCAUUCCACCGCCUGCAAUGUACACGUCGUACGGCGUGGUCUCCCUCUCCGUGACUGUACUUCGGAUUUCCGGAGGCGGCGUAGCC
.....((.((((((..................(((((.(((..((((.(.((....)).).))))))))))))(((((....)))))))))))....)) ( -35.60)
>DroPer_CAF1 21422 99 - 1
CUGCCAGAACCACCCAUGCCACCUCCGGCCACGUAGAUAUCGAAGGGCGUUGUUUCCCGCUCGGUGACAGUGCUCCUAAUCUCCGGUGGUGGCGUGGCC
.............((((((((((.((((...((.......)).(((((((((((.((.....)).)))))))).))).....)))).)))))))))).. ( -40.60)
>consensus
CGACCGGAACCACCCAUGCCACCACCAGCCACAUAAACAUCAUAGGGCGUGGUUUCCCGCUCGGUGACCGUACUCCGGAUCUCCGGAGGCGGCGUGGCC
.............((((((((((.((..................(((((........)))))((.(((((.....))).)).)))).)))))))))).. (-28.84 = -29.20 +   0.36)

alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 18,308,950 – 18,309,061
Length 111
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.82
Mean single sequence MFE -47.32
Consensus MFE -30.08
Energy contribution -29.78
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.02
SVM RNA-class probability 0.901004
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18308950 111 - 27905053
GUGUUGCCGCCAUAAGGUCCGUACGGAGGUGGAUC---UUGCGGCGGAAUGGGUGGCGGCAACGGUGGCAGUGGGUGGUGCUCGUCCGGCAGCUGCAUGCGAUCGUGAUCAU---UU
..(((((((((((....(((((.((.(((.....)---)).)))))))....)))))))))))(((.((((..(.((.((......)).)).)..).))).)))........---.. ( -49.90)
>DroGri_CAF1 24819 111 - 1
GUGUUGCCGCCAUACGGUCCAUAUGGCGGUGGAUCUGGCUGUGGUGGCAACGGUGCUGGCAUCGGCGGCAAU---GGAUUCUCAUCGGGCAACUGUAUACGCUCAUGAUCAU---GA
..((((((((((((.(((((((......)))))))....))))))))))))(.(((((....))))).).((---((....((((.((((..........))))))))))))---.. ( -42.00)
>DroWil_CAF1 28454 111 - 1
GUAUUGCCGCCAUAUGGUCCGUAUGGUGGUGGAUC---UUGUGGUGGCAGGGGCGGUGGCAUUGGUGGCAAGGGAUGAUGCUCCUCCGGCAAUUGCAUGUUCUCGUGAUCGA---UG
...(((((((((((.((((((........))))))---.)))))))))))(((((...((((((.(((...((((......))))))).))).))).)))))(((....)))---.. ( -42.70)
>DroMoj_CAF1 22157 111 - 1
GUGUUGCCGCCAUAGGGCCCGUACGGUGGUGGGUCUGGCUGUGGUGGCAAUGGCGGUGGCAGCGGGGGCAGC---UGGUGCUCGUCCGGCAGCUGCAUACGCUCGUGAUCUC---GA
..(((((((((((((((((((........))))))...))))))))))))).(.(((.((((((...(((((---((.((......)).)))))))...)))).)).))).)---.. ( -55.70)
>DroAna_CAF1 21507 114 - 1
GUAUUUCCGCCGUAAGGACCAUAUGGCGGUGGAUC---CUGUGGCGGUAGUGGAGGUGGUAGUGGGGGCAUUGGAUGGUGUUCGUCCGGCAGCUGCAUGCGAUCAUGAUCAUGGCUG
..(((.(((((...((((((((......)))).))---))..))))).)))((..(((((.((((..((((((((((.....))))))((....))))))..)))).)))))..)). ( -40.80)
>DroPer_CAF1 21521 111 - 1
GUAUUGCCGCCAUAGGGUCCGUACGGAGGUGGAUC---CUGCGGCGGCAAUGGUGGCGGAAGCGGUGGCAAUGGGUGGUGCUCGUCCGGCAGCUGCAUGCGAUCGUGAUCGU---UC
.((((((((((.(((((((((........))))))---))).))))))))))..(((((..(((((.(((....(..(((((.....)))).)..).))).)))))..))))---). ( -52.80)
>consensus
GUAUUGCCGCCAUAAGGUCCGUACGGAGGUGGAUC___CUGUGGCGGCAAUGGUGGUGGCAGCGGUGGCAAUGG_UGGUGCUCGUCCGGCAGCUGCAUGCGAUCGUGAUCAU___UA
.(((((((((((((.((((((........))))))....)))))))))))))(((((.((..(((.((((........))))...))))).)))))..................... (-30.08 = -29.78 +  -0.30)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 2

Location 18,308,987 – 18,309,092
Length 105
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.43
Mean single sequence MFE -48.13
Consensus MFE -27.52
Energy contribution -27.50
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -3.52
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 2.58
SVM RNA-class probability 0.995437
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18308987 105 - 27905053
UGGACGGUAGU------UGUUCAUGU---UGGUGUUGUACGUGUUGCCGCCAUAAGGUCCGUACGGAGGUGGAUC---UUGCGGCGGAAUGGGUGGCGGCAACGGUGGCAGUGGGUG
((((((.....------))))))..(---((.(((..(...((((((((((((....(((((.((.(((.....)---)).)))))))....)))))))))))))..))).)))... ( -41.70)
>DroPse_CAF1 21144 105 - 1
GGGCCGGUAGU------UGUUCACGU---UCGUGUUAUACGUGUUGCCGCCAUAGGGUCCGUACGGAGGUGGAUC---CUGCGGCGGCAAUGGUGGCGGAAGCGGUGGCAAUGGGUG
..(((....((------((((..(((---(..((((((....(((((((((.(((((((((........))))))---))).))))))))).))))))..))))..)))))).))). ( -47.50)
>DroGri_CAF1 24856 108 - 1
CGGACGAUAGU------UGUUCACAUUGUUGCUGUUGUACGUGUUGCCGCCAUACGGUCCAUAUGGCGGUGGAUCUGGCUGUGGUGGCAACGGUGCUGGCAUCGGCGGCAAU---GG
.((((((...)------))))).(((((((((((..((((.(((((((((((((.(((((((......)))))))....)))))))))))))))))......))))))))))---). ( -52.20)
>DroWil_CAF1 28491 105 - 1
GGGCCGAUAGU------UAUUCAAAU---UGGUGUUGUAUGUAUUGCCGCCAUAUGGUCCGUAUGGUGGUGGAUC---UUGUGGUGGCAGGGGCGGUGGCAUUGGUGGCAAGGGAUG
..(((((....------...))..((---..((((..(.(((.(((((((((((.((((((........))))))---.)))))))))))..))))..))))..)))))........ ( -41.90)
>DroMoj_CAF1 22194 111 - 1
GGGUCGGUAGCUGCCGCUGUUCACGU---UGCUGGUGUAGGUGUUGCCGCCAUAGGGCCCGUACGGUGGUGGGUCUGGCUGUGGUGGCAAUGGCGGUGGCAGCGGGGGCAGC---UG
.....(((....)))(((((((.(((---(((((.(((....(((((((((((((((((((........))))))...))))))))))))).))).)))))))).)))))))---.. ( -57.90)
>DroPer_CAF1 21558 105 - 1
GGGCCGGUAGU------UGUUCACGU---UCGUGUUAUACGUAUUGCCGCCAUAGGGUCCGUACGGAGGUGGAUC---CUGCGGCGGCAAUGGUGGCGGAAGCGGUGGCAAUGGGUG
..(((.((.((------..(((((..---.((((...))))((((((((((.(((((((((........))))))---))).)))))))))))))((....))))..)).)).))). ( -47.60)
>consensus
GGGCCGGUAGU______UGUUCACGU___UGGUGUUGUACGUGUUGCCGCCAUAGGGUCCGUACGGAGGUGGAUC___CUGCGGCGGCAAUGGUGGCGGCAGCGGUGGCAAUGGGUG
.....................................(((.((((((((((....((((((........))))))...((((.((.((....)).)).)))).)))))))))).))) (-27.52 = -27.50 +  -0.02)

alignment

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