Locus 6940

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,299,104 – 18,299,217
Length 113
Max. P 0.976037
window11258

overview

Window 8

Location 18,299,104 – 18,299,217
Length 113
Sequences 5
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.69
Mean single sequence MFE -45.22
Consensus MFE -42.00
Energy contribution -41.56
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.76
SVM RNA-class probability 0.976037
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18299104 113 + 27905053
AUCGCUCUGGUGGCGGGAAGGGUGCGGGCCAGUGUGCGGUUGAGCGAUCGUGAGAAGGUAAGUCUUUCCGUGGGAGGUGCUCAACGUGGCAACAUUUGUCCUUCGCUCCAGAA
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>DroSec_CAF1 11859 113 + 1
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>DroSim_CAF1 10824 113 + 1
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>DroEre_CAF1 10854 113 + 1
AUCGCUCUGGUGGCGGGAAGGGUGCGGGCCAGUGUGCGGUUGAGCGAUCGUGAGAAGGUAAGUUUUUCCGGGGGUGCUGCUCCACGUGGCAACAUUUGUCCUGCGCUCCAGAA
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>DroYak_CAF1 10713 113 + 1
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>consensus
AUCGCUCUGGUGGCGGGAAGGGUGCGGGCCAGUGUGCGGUUGAGCGAUCGUGAGAAGGUAAGUCUUUCCGGGGGAGGUGCUCAACGUGGCAACAUUUGUCCUGCGCUCCAGAA
.....(((((.(((((((..((((...(((((....).((((((((.((.((.(((((.....))))))).))....)))))))).))))..))))..)))))).).))))). (-42.00 = -41.56 +  -0.44)

alignment

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secondary structure

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