Locus 6939

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,294,785 – 18,294,880
Length 95
Max. P 0.986004
window11257

overview

Window 7

Location 18,294,785 – 18,294,880
Length 95
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.60
Mean single sequence MFE -32.85
Consensus MFE -15.58
Energy contribution -15.88
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.83
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 2.03
SVM RNA-class probability 0.986004
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18294785 95 + 27905053
GCGUGCUAUUCGCUUAUUACGCAUGUGUGAGUGGGCAGCUGGUGUCUAUGUGUGCG----------UUUGUGUGUUAGUAGUACACAUAUGCAUGCCUCGUGCGA
(((((.((......)).))))).((..((((((((((.....)))))).(((((((----------(.((((((.......)))))).))))))))))))..)). ( -33.10)
>DroPse_CAF1 6606 94 + 1
GCGU-----------AUUACGCAUGUGUGAGUGGGCCGUAUGUGUGUAUCUGUGUGACUGUGGAUAUUUGUGUGUUAGUAGUACGCAUAUGCAUGCCUCGUGCGA
((.(-----------(((.(((....))))))).))(((((((((((((.((((((.(((..(((((....)))))..))))))))).))))))))...))))). ( -30.70)
>DroEre_CAF1 6502 95 + 1
GCGUGCUAUUCGCUCAUUACGCAUGUGUGAGUGGGCAGCUGGUGUCUAUGUGUGCG----------UUUGUGUGUUAGUAGUACGCAUAUGCAUGCCUCGUGCGA
((((((((((.((.(((.(((((..(....(((((((.....))))))))..))))----------)..))).)).))))))))))...((((((...)))))). ( -37.90)
>DroYak_CAF1 6395 95 + 1
GCGUGCUAUUCGCUCAUUACGCAUGUGUGAGUGGGCAGCUGGUGUCUAUGUGUGCG----------UUUGUGUGUUAGUAGUACGCAUAUGCAUGCCUCGUGCGA
((((((((((.((.(((.(((((..(....(((((((.....))))))))..))))----------)..))).)).))))))))))...((((((...)))))). ( -37.90)
>DroAna_CAF1 6921 72 + 1
GCGUGAUAUGCGCACAUUACGCAUGUGUGGGU-----------------------G----------UUUGUGUGUUAGUAGUACGCAUAUGAAUGCCUCGUGCGA
((((.....))))......((((((...((((-----------------------(----------((..(((((.........)))))..))))))))))))). ( -26.80)
>DroPer_CAF1 6867 94 + 1
GCGU-----------AUUACGCAUGUGUGAGUGGGCCGUAUGUGUGUAUCUGUGUGACUGUGGAUAUUUGUGUGUUAGUAGUACGCAUAUGCAUGCCUCGUGCGA
((.(-----------(((.(((....))))))).))(((((((((((((.((((((.(((..(((((....)))))..))))))))).))))))))...))))). ( -30.70)
>consensus
GCGUGCUAUUCGCUCAUUACGCAUGUGUGAGUGGGCAGCUGGUGUCUAUGUGUGCG__________UUUGUGUGUUAGUAGUACGCAUAUGCAUGCCUCGUGCGA
(((((............))))).((..((((...((.....(..(......)..).............(((((((.......))))))).))....))))..)). (-15.58 = -15.88 +   0.31)

alignment

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secondary structure

Postscript

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