Locus 6938

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,294,653 – 18,294,744
Length 91
Max. P 0.866557
window11255 window11256

overview

Window 5

Location 18,294,653 – 18,294,744
Length 91
Sequences 4
Columns 93
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.11
Mean single sequence MFE -34.05
Consensus MFE -29.09
Energy contribution -28.77
Covariance contribution -0.31
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.866557
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18294653 91 + 27905053
UGUCAGCUUGAGUUGGUGUGUG--UGAGUGUGCGUGCGGCCACAGGACACCCACGCACACAGCUGAACAUGCAUAUGUGUGUAUCCAUGUGAA
..((((((.......(((((((--((.((((.((((....))).).)))).)))))))))))))))(((((.((((....)))).)))))... ( -35.31)
>DroSec_CAF1 7401 91 + 1
UGUCCGUUUGAGUUGGUGUGUG--UGAGUGUGCGUGCGGCCACAGGACACCCACGCACACAGCUGAACAUGCAUAUGUGUGUAUCCAUGUGAA
.....((((.(((((.((((((--((.((((.((((....))).).)))).)))))))))))))))))...((((((........)))))).. ( -33.50)
>DroSim_CAF1 6370 91 + 1
UGUCCGUUUGAGUUGGUGUGUG--UGAGUGUGCGUGCGGCCACAGGACACCCACGCACACAGCUGAACAUGCAUAUGUGUGUAUCCAUGUGAA
.....((((.(((((.((((((--((.((((.((((....))).).)))).)))))))))))))))))...((((((........)))))).. ( -33.50)
>DroEre_CAF1 6368 93 + 1
UGUCCGUUUGAGCUGGUGUGUGUUUGAGUGUGCGUGCGCCCGCAGGACACCCACGCACACAGCUAAACAAGCAUAUGUGUGUAUCCAUGUGAA
.....((((.((((((((((((...(.((((.(.(((....))).))))))))))))).)))))))))...((((((........)))))).. ( -33.90)
>consensus
UGUCCGUUUGAGUUGGUGUGUG__UGAGUGUGCGUGCGGCCACAGGACACCCACGCACACAGCUGAACAUGCAUAUGUGUGUAUCCAUGUGAA
.....((((.((((((((((((...(.((((.((((....))).).)))))))))))).)))))))))...((((((........)))))).. (-29.09 = -28.77 +  -0.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 18,294,653 – 18,294,744
Length 91
Sequences 4
Columns 93
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.11
Mean single sequence MFE -29.38
Consensus MFE -23.76
Energy contribution -23.82
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.783059
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18294653 91 - 27905053
UUCACAUGGAUACACACAUAUGCAUGUUCAGCUGUGUGCGUGGGUGUCCUGUGGCCGCACGCACACUCA--CACACACCAACUCAAGCUGACA
...(((((.(((......))).)))))(((((((((((.(((((((((.(((....))).).)))))))--).))))).......)))))).. ( -33.81)
>DroSec_CAF1 7401 91 - 1
UUCACAUGGAUACACACAUAUGCAUGUUCAGCUGUGUGCGUGGGUGUCCUGUGGCCGCACGCACACUCA--CACACACCAACUCAAACGGACA
((((((((.(((......))).)))))......(((((.(((((((((.(((....))).).)))))))--).)))))..........))).. ( -27.60)
>DroSim_CAF1 6370 91 - 1
UUCACAUGGAUACACACAUAUGCAUGUUCAGCUGUGUGCGUGGGUGUCCUGUGGCCGCACGCACACUCA--CACACACCAACUCAAACGGACA
((((((((.(((......))).)))))......(((((.(((((((((.(((....))).).)))))))--).)))))..........))).. ( -27.60)
>DroEre_CAF1 6368 93 - 1
UUCACAUGGAUACACACAUAUGCUUGUUUAGCUGUGUGCGUGGGUGUCCUGCGGGCGCACGCACACUCAAACACACACCAGCUCAAACGGACA
.....(((........))).((..((((((((((.(((.(((..((...((((......))))....))..))).)))))))).)))))..)) ( -28.50)
>consensus
UUCACAUGGAUACACACAUAUGCAUGUUCAGCUGUGUGCGUGGGUGUCCUGUGGCCGCACGCACACUCA__CACACACCAACUCAAACGGACA
...(((((.(((......))).)))))...(.((((((..((((((((.(((....))).).)))))))..)))))).).............. (-23.76 = -23.82 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:33:43 2006