Locus 6934

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,284,036 – 18,284,143
Length 107
Max. P 0.570028
window11250

overview

Window 0

Location 18,284,036 – 18,284,143
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.64
Mean single sequence MFE -45.05
Consensus MFE -27.28
Energy contribution -27.90
Covariance contribution 0.62
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.570028
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18284036 107 - 27905053
GGUCUUCAUGCCCUGCUGCGUGGCCACCGUGUUGUUCCGGUUGAACACGCAGUUGCCGUGGAGCAGAGAGGUGGUGGACAGCAUCACCAUGUUGCUGCCGCCUGCUC-------------
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>DroVir_CAF1 19510 109 - 1
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.............(((((((((((((..(((((.((......)).)))))..))))))))))))).((((..(((((..(((((....)))))....)))))..)))).----------- ( -39.00)
>DroGri_CAF1 17200 120 - 1
GGUCUUCAUGCCCUGCUGUGUGGCGACGGUGUUGUUGCGAUUGAACACACAAUUGCCGUGCAGCAGCGAUGUGGUCGACAGCAUGACCAUGUUGGUGCCAUCUAAUCCGGAAUGCAGCAG
........(((.((((((..((((((..((((.(((.......)))))))..))))))..))))))(((((((((((......))))))))))).(((..(((.....)))..)))))). ( -45.80)
>DroWil_CAF1 37610 116 - 1
GGUCUUCAUGCCCUGCUGGGUGGCCACCGUGUUAUUGCGAUUGAACACACAAUUGCCAUGCAGAAGUGAGGUUGUCGACAGCAUCACCAUAUUGCUGCCGUCUGCAUCAGCA----UCCG
((((.....((((....))))))))...(((((...(((((((......))))))).(((((((.((((.((((....)))).))))((......))...))))))).))))----)... ( -33.90)
>DroMoj_CAF1 18666 119 - 1
GGUCUUCAUGCCCUGCUGUGUGGCGACGGUGUUGUUGCGGUUGAACACGCAAUUGCCGUGCAGCAGCGAUGUGGUGGACAACAUGACCAUGUUGCUCCCAUCUGAUCCGGAGUGCAGCA-
((((..(((..(((((((..((((((..((((.(((.......)))))))..))))))..)))))).)..)))(((.....))))))).((((((.(((.........)).).))))))- ( -47.50)
>DroAna_CAF1 15358 113 - 1
GGUCUUCAUGCCCUGCUGCGUGGCCACCGUGUUGUUGCGGUUGAAUACGCAGUUGCCGUGGAGCAGCGACGUGGUGGACAGCAUCACCAUGUUGCUGCCGUCUGGUUCGCCGG-------
....((((((.(..((((((((..((((((......)))).))..)))))))).).))))))(((((((((((((((......)))))))))))))))...((((....))))------- ( -53.50)
>consensus
GGUCUUCAUGCCCUGCUGCGUGGCCACCGUGUUGUUGCGAUUGAACACGCAAUUGCCGUGCAGCAGCGAUGUGGUGGACAGCAUCACCAUGUUGCUGCCAUCUGAUCCGG__________
(((......)))((((((((((((....((((.(((.......)))))))....)))))))))))).((((((((((.((((((....)))))))))))))...)))............. (-27.28 = -27.90 +   0.62)

alignment

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secondary structure

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