Locus 6931

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	18,279,932 – 18,280,064
Length	132
Max. P	0.987003

overview

Window 3

Location	18,279,932 – 18,280,035
Length	103
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.78
Mean single sequence MFE	-28.75
Consensus MFE	-18.05
Energy contribution	-18.75
Covariance contribution	0.70
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.19
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	2.06
SVM RNA-class probability	0.987003
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18279932 103 - 27905053
UCU--UGGCCAUUGGCGAUUUCUGGCUAUUGGCUACUAGCCA-CUAGCUACUGGCUUCUAACUUCUACAAGGGCAAUAAAUUACAAAUUGUCAACACAUAUGGGCA
...--..(((.((((((((((.((((((.((((.....))))-.))))))...(((..(.........)..)))..........))))))))))((....))))). ( -26.60)
>DroSec_CAF1 5505 103 - 1
CCU--CGUCCAUUGGCGAUUUCUGGCUGUUAGCUACUAGCCA-CUAGCUACUGGCUUCUGACUUCUAACAGGGCAAUAAAUUACAAAUUGUCAACACAUAUGGGCA
...--.((((((((...........(((((((.....(((((-........)))))........)))))))((((((.........))))))....)).)))))). ( -26.22)
>DroSim_CAF1 6255 103 - 1
CCU--CGUCCAUUGGCGAUUUCUGGCUGUUAGCUGCUAGCCA-CUAGCUACUGGCUUCUGACUUCUAACAGGGCAAUAAAUUACAAAUUGUCAACACAUAUGGGCA
...--.((((((((...........(((((((..((.(((((-........)))))...).)..)))))))((((((.........))))))....)).)))))). ( -27.80)
>DroEre_CAF1 11540 78 - 1
------GUCCAUUGGCGAUUUCUGGCCACUG----------------------GCUACUGGCUUCUAGCAGGCCAAUAAAUUACAAAUUGUCAACACAUAUGGGCA
------(((((((((((((((.(((((...)----------------------)))).((((((.....)))))).........)))))))))......)))))). ( -24.40)
>DroYak_CAF1 5558 99 - 1
------GUCAAUUGGCGAUUUCUGGCCACUGGCCACUGGCUA-CUAACUACUGGCUACUGGCUUCUGGCAGGCCAAUAAAUUACAAAUUGUCAACACAUAUGGGCA
------(((.(((((((....)..((((..(((((.((((((-........)))))).)))))..))))..))))))......((...(((....)))..))))). ( -31.20)
>DroAna_CAF1 11008 100 - 1
AUUUGUGGCCACUGG---UUAAAGGGUAAUGGCUAAUGGCUAAAUGGCUACUGGCUACCGG---CUGGCGGGGCCAUAAAUUACCCAUUGUCAGUGCAAAUGGCCA
.....((((((....---.....((((((((((((.(((((....))))).)))))...((---((.....))))....))))))).((((....)))).)))))) ( -36.30)
>consensus
_CU___GUCCAUUGGCGAUUUCUGGCUAUUGGCUACUAGCCA_CUAGCUACUGGCUACUGACUUCUAGCAGGGCAAUAAAUUACAAAUUGUCAACACAUAUGGGCA
......(((((((((((((((.........(((((.((((......)))).))))).(((........))).............))))))))))......))))). (-18.05 = -18.75 +   0.70)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	18,279,965 – 18,280,064
Length	99
Sequences	5
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.92
Mean single sequence MFE	-32.92
Consensus MFE	-19.81
Energy contribution	-19.89
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.61
SVM RNA-class probability	0.800214
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18279965 99 - 27905053
GGAUUAGCCCAGCUUAGUCGAUUGCCAC----UUCU--UGGCCAUUGGCGAUUUCUGGCUAUUGGCUACUAGCCA-CUAGCUACUGGCUUCUAACUUCUACAAGGG
(((((((.((((....((((((.((((.----....--)))).))))))......((((((.((((.....))))-.))))))))))...)))).)))........ ( -31.90)
>DroSec_CAF1 5538 99 - 1
GGAUUAGCCCAGCUUAGUCGAUUGCCAC----UCCU--CGUCCAUUGGCGAUUUCUGGCUGUUAGCUACUAGCCA-CUAGCUACUGGCUUCUGACUUCUAACAGGG
.......(((.....(((((((.((((.----...(--((((....)))))....)))).)))(((((.((((..-...)))).)))))...)))).......))) ( -27.00)
>DroSim_CAF1 6288 99 - 1
GGAUUAGCCCAGCUUAGUCGAUUGCCAC----UCCU--CGUCCAUUGGCGAUUUCUGGCUGUUAGCUGCUAGCCA-CUAGCUACUGGCUUCUGACUUCUAACAGGG
.......(((.....(((((...((((.----...(--((((....)))))....)))).(((((..(((((...-)))))..)))))...))))).......))) ( -27.50)
>DroYak_CAF1 5591 94 - 1
GGAUUAGCCCAGCUUAGUCGAUUGCCAC-----------GUCAAUUGGCGAUUUCUGGCCACUGGCCACUGGCUA-CUAACUACUGGCUACUGGCUUCUGGCAGGC
......((((((....((((((((....-----------..)))))))).....)))((((..(((((.((((((-........)))))).)))))..)))).))) ( -35.50)
>DroAna_CAF1 11041 100 - 1
GGAUUAGUCCAGCUUAGCCGAUAGCCAGCCACUAUUUGUGGCCACUGG---UUAAAGGGUAAUGGCUAAUGGCUAAAUGGCUACUGGCUACCGG---CUGGCGGGG
(((....))).(((.(((((.(((((((...(((((..((((((.(((---(((........)))))).)))))))))))...))))))).)))---))))).... ( -42.70)
>consensus
GGAUUAGCCCAGCUUAGUCGAUUGCCAC____UCCU__CGUCCAUUGGCGAUUUCUGGCUAUUGGCUACUAGCCA_CUAGCUACUGGCUUCUGACUUCUAACAGGG
.......(((....(((((((((((((..................))))))))...)))))..(((((.((((......)))).)))))..............))) (-19.81 = -19.89 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:33:32 2006