Locus 6915

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,258,278 – 18,258,384
Length 106
Max. P 0.646370
window11221

overview

Window 1

Location 18,258,278 – 18,258,384
Length 106
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.00
Mean single sequence MFE -28.05
Consensus MFE -17.86
Energy contribution -18.06
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.23
SVM RNA-class probability 0.646370
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18258278 106 + 27905053
CGAUUAGGGCCCAUUUGGCUGACUGU-UAUUUGCAUAUUUAUGUGCAUUUAAUUGGGUUUCGGUUGCGUGUAAGCCGU-CGCAGAUAGAUGGCAUAUCGUCU---AUUCA---------C
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>DroSec_CAF1 14356 93 + 1
CGAUUAGGGCCCAUUUGGCUGACUGU-UAUUUGCAUAUUUAUGUGCAUUUAAUUGGGUUUUGGUUGCGUGUAA--------------GAUGGCAUAUCGGCU---AUUCG---------C
(((((((((((((...........((-((..((((((....))))))..))))))))))))))))).(((...--------------((((((......)))---)))))---------) ( -25.90)
>DroSim_CAF1 14935 93 + 1
CGAUUAGGGCCCAUUUGGCUGACUGU-UAUUUGCAUAUUUAUGUGCAUUUAAUUGGGUUUUGGUUGCGUGUAA--------------GAUGGCAUAUCGGCU---AUUCG---------C
(((((((((((((...........((-((..((((((....))))))..))))))))))))))))).(((...--------------((((((......)))---)))))---------) ( -25.90)
>DroEre_CAF1 14922 99 + 1
CGAUUAGGGCCCAUUUCGCUGACUGU-UAUUUGCAUAUUUAUGUGCAUUUAAUUGGGUUUUGGUUGCGUGUAAGCAGC-UGUAGAUACAUGCCAUAUC----------CA---------C
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>DroYak_CAF1 14589 108 + 1
CGAUUAGGGCCCAUUUCGCUGACUAUUUAUUUGCAUAUUUAUGUGCAUUUAAUUGGGCUUUGGUUGCGUGUAAGCUGUUUGUAGAUAGUUGCCAUAUCGGCU---CUUCA---------C
.((..((((((.((...((.((((((((((..(((..((((..((((.((((.......)))).))))..)))).)))..))))))))))))...)).))))---)))).---------. ( -31.80)
>DroAna_CAF1 15028 115 + 1
CGAUUAGGGCCCAUUUUGCUGACUGU-UAUUUGCAUAUUGAUGUGCAUUUAAUUGGGU-UUGGUUGCGUGUAAGCCCU-CGAAGCU--GCGGCAUAUCCGAUGGCAUUCAUAUAACAUAA
.....(((((.(((...((..(((((-((..((((((....))))))..))))..)).-)..))...)))...)))))-.((((((--((((.....))).)))).)))........... ( -28.50)
>consensus
CGAUUAGGGCCCAUUUGGCUGACUGU_UAUUUGCAUAUUUAUGUGCAUUUAAUUGGGUUUUGGUUGCGUGUAAGC_GU__G_AGAU_GAUGGCAUAUCGGCU___AUUCA_________C
(((((((((((((..............((..((((((....))))))..))..)))))))))))))...................................................... (-17.86 = -18.06 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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