Locus 6907

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,243,975 – 18,244,095
Length 120
Max. P 0.639693
window11212

overview

Window 2

Location 18,243,975 – 18,244,095
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.61
Mean single sequence MFE -40.15
Consensus MFE -25.50
Energy contribution -24.90
Covariance contribution -0.60
Combinations/Pair 1.53
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.22
SVM RNA-class probability 0.639693
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18243975 120 - 27905053
UUUGCCGGACUGUUGGUCUUCAGGGCAUUCAUCGAAGGGGCCGGGGCACUGGGCUUGCCCGACUUGCUCAUCAGCAGAUUGUCCAGGUCAAUGUUCAUCUUGCCGCCCUUCAGGUCGCCC
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>DroGri_CAF1 356 120 - 1
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>DroWil_CAF1 144 120 - 1
UUGGCAGGACUCUGAGUCUUAAGGGCAUUCAUCGAUGGUGCCGGAUUAUUGGAUUUGCCCGUUUUACUGAUCAAUAGAUUGUCCAAAUCGAUAUUUAGAUUGCCUGCCUUCAGAUUACCC
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>DroMoj_CAF1 164 120 - 1
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>DroAna_CAF1 137 120 - 1
UUCGCCGGACUCUGCGUCUUAAGGGCAUUCAUCGACAGCGCUGGGGCACCUGAUUUGCCCGACUUGCUCACUAGCAAGUUGUCCAGAUCGAUGUUUAGGUUUCCGGCCUUCAGGUUGCCC
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>DroPer_CAF1 153 120 - 1
UUGGCCGGACUCUGUGUCUUUAAAGCAUUCAUCGAGAGAGCGGGCGCAUUGGAUUUGCCCGUUUUGCUCAUCAGCAGAUUGUCCAGAUCAAUGUUGAGGUUCCCGGCCUUCAGAUUGCCC
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>consensus
UUGGCCGGACUCUGCGUCUUCAGGGCAUUCAUCGACAGUGCCGGCGCAUUGGAUUUGCCCGAUUUGCUCAUCAGCAGAUUGUCCAGAUCAAUGUUCAGAUUGCCGGCCUUCAGAUUGCCC
..((((((..((((..........((.............))....(((((.((((((..(((((((((....)))))))))..))))))))))).))))...))))))............ (-25.50 = -24.90 +  -0.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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