Locus 6871

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	18,173,820 – 18,173,913
Length	93
Max. P	0.872830

overview

Window 5

Location	18,173,820 – 18,173,913
Length	93
Sequences	6
Columns	93
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.97
Mean single sequence MFE	-26.80
Consensus MFE	-23.49
Energy contribution	-24.63
Covariance contribution	1.14
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.42
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.677374
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18173820 93 + 27905053
CUACCCACUUAUCAGGUGGCUGCGUUUGUUAGCCUGCUAACAAAUUUAGGCUAAUUAGUUGGACUUAAGCGCGGCUUAUGUGCCGUCUAAUGG
....(((((.....)))))..(((((((((((....)))))))))(((((((((....)))).)))))))(((((......)))))....... ( -28.40)
>DroSec_CAF1 202024 93 + 1
CUACCCACUUAUCAGGUGGCUGCGUUUGUUAGCCUGCUAACAAAUUUAGGCUAAUUAGUUGGACUUAAGCGCGGCUUAUGUGCCGUCUAAUGG
....(((((.....)))))..(((((((((((....)))))))))(((((((((....)))).)))))))(((((......)))))....... ( -28.40)
>DroSim_CAF1 209973 93 + 1
CUACCCACUUAUCAGGUGGCUGCGUUUGUUAGCCUGCUAACAAAUUUAGGCUAAUUAGUUGGACUUAAGCGCGGCUUAUGUGCCGUCUAAUGG
....(((((.....)))))..(((((((((((....)))))))))(((((((((....)))).)))))))(((((......)))))....... ( -28.40)
>DroEre_CAF1 217965 92 + 1
CUACCCACUUAUCAGGUGGCUGCGUUUGUUAGCCUGCU-ACAAAUUUAGGCUAAUUAGUUGGACUUAAGCGCGGCUUAUGUGCCGCCUAAUGG
.........(((.(((((((((((((((((((((((..-.......)))))))))...........)))))))((....))))))))).))). ( -27.90)
>DroYak_CAF1 212605 93 + 1
CUACCCACUUAUCAGGUGGCUGCGUUUGUUAGCCUGCCAACAAAUUUAGGCUAAUUAGUUGGACUUAAGCGCGGCUUAUGUGCCGUCUAAUGG
....(((.(((...((((((((((((((((((((((..........)))))))))...........)))))))))).....)))...)))))) ( -26.40)
>DroAna_CAF1 196967 82 + 1
GUACCCACUUAUCAGGUGGCU-----CGGUAGCCUCCUAACAAAUUUAGGCUAAUUAGUUGGACUUAAGCGCGGCUUAUGUGUCGCC------
.............(((.((((-----....)))).)))......((((((((((....)))).)))))).(((((......))))).------ ( -21.30)
>consensus
CUACCCACUUAUCAGGUGGCUGCGUUUGUUAGCCUGCUAACAAAUUUAGGCUAAUUAGUUGGACUUAAGCGCGGCUUAUGUGCCGUCUAAUGG
....(((((.....)))))..(((((((((((....)))))))))(((((((((....)))).)))))))(((((......)))))....... (-23.49 = -24.63 +   1.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	18,173,820 – 18,173,913
Length	93
Sequences	6
Columns	93
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.97
Mean single sequence MFE	-24.85
Consensus MFE	-21.69
Energy contribution	-22.55
Covariance contribution	0.86
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.88
SVM RNA-class probability	0.872830
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18173820 93 - 27905053
CCAUUAGACGGCACAUAAGCCGCGCUUAAGUCCAACUAAUUAGCCUAAAUUUGUUAGCAGGCUAACAAACGCAGCCACCUGAUAAGUGGGUAG
..(((((..((.((.(((((...))))).))))..)))))..((((..(((((((((..((((.........))))..))))))))))))).. ( -25.00)
>DroSec_CAF1 202024 93 - 1
CCAUUAGACGGCACAUAAGCCGCGCUUAAGUCCAACUAAUUAGCCUAAAUUUGUUAGCAGGCUAACAAACGCAGCCACCUGAUAAGUGGGUAG
..(((((..((.((.(((((...))))).))))..)))))..((((..(((((((((..((((.........))))..))))))))))))).. ( -25.00)
>DroSim_CAF1 209973 93 - 1
CCAUUAGACGGCACAUAAGCCGCGCUUAAGUCCAACUAAUUAGCCUAAAUUUGUUAGCAGGCUAACAAACGCAGCCACCUGAUAAGUGGGUAG
..(((((..((.((.(((((...))))).))))..)))))..((((..(((((((((..((((.........))))..))))))))))))).. ( -25.00)
>DroEre_CAF1 217965 92 - 1
CCAUUAGGCGGCACAUAAGCCGCGCUUAAGUCCAACUAAUUAGCCUAAAUUUGU-AGCAGGCUAACAAACGCAGCCACCUGAUAAGUGGGUAG
((((((((.(((((.(((((...))))).))........(((((((........-...)))))))........))).))))....)))).... ( -24.40)
>DroYak_CAF1 212605 93 - 1
CCAUUAGACGGCACAUAAGCCGCGCUUAAGUCCAACUAAUUAGCCUAAAUUUGUUGGCAGGCUAACAAACGCAGCCACCUGAUAAGUGGGUAG
((......((((......))))((((((.(.(((((.((((......)))).)))))).((((.........))))......))))))))... ( -24.30)
>DroAna_CAF1 196967 82 - 1
------GGCGACACAUAAGCCGCGCUUAAGUCCAACUAAUUAGCCUAAAUUUGUUAGGAGGCUACCG-----AGCCACCUGAUAAGUGGGUAC
------.(.(((...(((((...))))).)))).........((((..((((((((((.((((....-----)))).)))))))))))))).. ( -25.40)
>consensus
CCAUUAGACGGCACAUAAGCCGCGCUUAAGUCCAACUAAUUAGCCUAAAUUUGUUAGCAGGCUAACAAACGCAGCCACCUGAUAAGUGGGUAG
..(((((..((.((.(((((...))))).))))..)))))..((((..(((((((((..((((.........))))..))))))))))))).. (-21.69 = -22.55 +   0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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