Locus 6832

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	18,062,484 – 18,062,592
Length	108
Max. P	0.961538

overview

Window 9

Location	18,062,484 – 18,062,592
Length	108
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.92
Mean single sequence MFE	-32.82
Consensus MFE	-16.38
Energy contribution	-19.46
Covariance contribution	3.08
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-4.03
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	1.25
SVM RNA-class probability	0.935681
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18062484 108 + 27905053
CCGUUGCGCACUUUUUUAUGAUUUCCAGUUUCA-UCUUACCACCA--CACCAUAACCUCCUGUAUAUGUUGGUGUGUAUGCACUGGAAAAAAAGAAGAAUGCGCAAUCUAG--
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>DroSec_CAF1 103305 112 + 1
CCGUUGCGCACUUUUUUAUGAUUUCCAGUUUCA-GCUUACCACCACACACCAUAACCUCCGGUGUGUGUUGGUGUGUAUGCACUGGAAAAAAAUAAGAAUGCACAAUCUAGUU
..((((.(((..(((((((..((((((((....-((.(((((.((((((((.........)))))))).))))).))....))))))))...)))))))))).))))...... ( -40.30)
>DroSim_CAF1 106712 108 + 1
CCGUUGCGCACUUUUUUAUGAUUUCCAGUUUCA-GCUUACCACCACACACCAUAACCUCCGGUGUGUGUUGGUGUGUAUGCACUGGAAAAAUAUAAGAAUGCACAAUCU----
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>DroEre_CAF1 106846 93 + 1
CCGUUGCGCACUUUUUUAUGAUUUCCAGUUUCA-GCUUACCACCA--CACCGUAACCUCCUGUGUGUG----------UGCACUGAAAAAA-----AAACGUGCAAUCGAA--
.((((((((..((((((.((.....)).(((((-(.....(((((--(((.(.......).))))).)----------))..)))))))))-----))).)))))).))..-- ( -20.80)
>DroYak_CAF1 107873 104 + 1
CCGUUGCGCACUUUUUUAUGAUUUCCAGUUUCAGGCUUACCACCA--CACCAUAACCUCCUGUGUGUGUUGGUGUGUAUGCACUGAAAAAA-----GGAUGUACAAUCUAA--
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>consensus
CCGUUGCGCACUUUUUUAUGAUUUCCAGUUUCA_GCUUACCACCA__CACCAUAACCUCCUGUGUGUGUUGGUGUGUAUGCACUGGAAAAA_A_AAGAAUGCACAAUCUAA__
..((((.(((.(((((.....((((((((.....((.(((((((...(((((((......)))).)))..)))).))).)))))))))).....)))))))).))))...... (-16.38 = -19.46 +   3.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	18,062,484 – 18,062,592
Length	108
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.92
Mean single sequence MFE	-32.98
Consensus MFE	-22.03
Energy contribution	-23.47
Covariance contribution	1.44
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.96
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.53
SVM RNA-class probability	0.961538
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18062484 108 - 27905053
--CUAGAUUGCGCAUUCUUCUUUUUUUCCAGUGCAUACACACCAACAUAUACAGGAGGUUAUGGUG--UGGUGGUAAGA-UGAAACUGGAAAUCAUAAAAAAGUGCGCAACGG
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>DroSec_CAF1 103305 112 - 1
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>DroSim_CAF1 106712 108 - 1
----AGAUUGUGCAUUCUUAUAUUUUUCCAGUGCAUACACACCAACACACACCGGAGGUUAUGGUGUGUGGUGGUAAGC-UGAAACUGGAAAUCAUAAAAAAGUGCGCAACGG
----...(((((((((.((.(((.((((((((........((((.(((((((((.......))))))))).))))....-....))))))))..))).)).)))))))))... ( -41.09)
>DroEre_CAF1 106846 93 - 1
--UUCGAUUGCACGUUU-----UUUUUUCAGUGCA----------CACACACAGGAGGUUACGGUG--UGGUGGUAAGC-UGAAACUGGAAAUCAUAAAAAAGUGCGCAACGG
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>DroYak_CAF1 107873 104 - 1
--UUAGAUUGUACAUCC-----UUUUUUCAGUGCAUACACACCAACACACACAGGAGGUUAUGGUG--UGGUGGUAAGCCUGAAACUGGAAAUCAUAAAAAAGUGCGCAACGG
--.....((((...(((-----...((((((.((.(((.(((((.(((..((.....))....)))--)))))))).))))))))..)))...(((......))).))))... ( -25.80)
>consensus
__CUAGAUUGUGCAUUCUU_U_UUUUUCCAGUGCAUACACACCAACACACACAGGAGGUUAUGGUG__UGGUGGUAAGC_UGAAACUGGAAAUCAUAAAAAAGUGCGCAACGG
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alignment

secondary structure

dotplot

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