Locus 683

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	2,458,080 – 2,458,278
Length	198
Max. P	0.937144

overview

Window 3

Location	2,458,080 – 2,458,198
Length	118
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.82
Mean single sequence MFE	-42.83
Consensus MFE	-37.60
Energy contribution	-37.73
Covariance contribution	0.13
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.32
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	1.26
SVM RNA-class probability	0.937144
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2458080 118 - 27905053
UGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUGGCAUUGUUUUUUGGUGG--GAGCACACUCGAGCCACAAAAGCGAAGAAAAAAAGGAGCAGGGAUCGUUGGCCCUCGCAAU
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>DroSec_CAF1 17091 120 - 1
UGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUGGCAUUGUUUUUUGGUGGGGGAGCACACUCGAGCCACAAAAGCGAAGGAAAAAAGGAGCAGGGAUCGUUGGCCCUCGCAAU
((((((((..(((.((((((((((...((((((((.((((((.(((......((((.(....).)))))))))))))..))))))))..)))))).)))).))).))))).....))).. ( -42.10)
>DroSim_CAF1 13815 118 - 1
UGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUGGCAUUGUUUUUUGGUGG--GAGCACACUCGAGCCACAAAAGCAAAGGAAAAAAGGAGCAGGGAUCGUUGGCCCUCGCAAU
((((((((..(((.((((((((((...((((((((.((((((.(((.......(((.--...)))...)))))))))..))))))))..)))))).)))).))).))))).....))).. ( -42.90)
>DroEre_CAF1 18577 118 - 1
UGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUGGCAUUGUUUUUCGGUGG--AAGCACAUUCCAGCCACAAAAGCAAAGGAAAAAAGGGCCAGGGAUCGGUGGCCCUCGGAAU
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>consensus
UGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUGGCAUUGUUUUUUGGUGG__GAGCACACUCGAGCCACAAAAGCAAAGGAAAAAAGGAGCAGGGAUCGUUGGCCCUCGCAAU
...(((((..(((.((((((((((...((((((((.((((((.(((......((((........)))))))))))))..))))))))..)))))).)))).))).))))).......... (-37.60 = -37.73 +   0.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	2,458,158 – 2,458,278
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.08
Mean single sequence MFE	-36.53
Consensus MFE	-35.00
Energy contribution	-35.75
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.06
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	1.05
SVM RNA-class probability	0.906458
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2458158 120 - 27905053
AUAAAUGGACUGACGAACGCGAAAGGAUAACAGCAGGAUAUAUCGUUCAGGAAUACAAAUGUGGGGAGCAUGUUUGUUUUUGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUG
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>DroSec_CAF1 17171 120 - 1
AUAAAUGGACUGACGAACGCGAAAGGAUAACAGCAGGAUAUAUCGUUCAGGAAUACAAAUGUGGGUAGCAUGUUUGUUUUUGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUG
....(((((..((.((((((((((((....(((((((((.....))))......((((((.(((((((((....)))...))))))))))))))))).))))))))))))))..))))). ( -37.70)
>DroSim_CAF1 13893 114 - 1
------GGACUGACGAACGCGAAAGGAUAACAGCAGGAUAUAUCGUUCAGGAAUACAAAUGUGGGGAGCAUGUUUGUUUUUGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUG
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>DroEre_CAF1 18655 120 - 1
AUAAAUGGACUGACGAACGCGAAAGGAUAACAGCAGGAUAUAUCGUUCAGGAAUACAAAUGUGGGGAGCAUGUUUGUUUUUGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUG
....(((((..((.((((((((((((....(((((((((.....))))......((((((.(((((((((....)))))...))))))))))))))).))))))))))))))..))))). ( -36.60)
>consensus
AUAAAUGGACUGACGAACGCGAAAGGAUAACAGCAGGAUAUAUCGUUCAGGAAUACAAAUGUGGGGAGCAUGUUUGUUUUUGCCCAAUUUGUUGCUGCCCUUUUGCGUUUUUGCUCUGUG
....(((((..((.((((((((((((....(((((((((.....))))......((((((.(((((((((....)))))...))))))))))))))).))))))))))))))..))))). (-35.00 = -35.75 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

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