Locus 6819

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,031,711 – 18,031,809
Length 98
Max. P 0.666041
window11070

overview

Window 0

Location 18,031,711 – 18,031,809
Length 98
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.89
Mean single sequence MFE -26.70
Consensus MFE -16.05
Energy contribution -17.67
Covariance contribution 1.62
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.666041
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18031711 98 + 27905053
AGAUAUAUAUAUAUCGCUAUGGCUAUGAAGGAUAUAUAUCUAUCGCUAUACGGCUAU--------GUGGCUAUAACGGCAGCUUCGAGGACCGAACUGUCAGUUAA
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>DroSec_CAF1 74296 92 + 1
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>DroSim_CAF1 76211 92 + 1
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..(((------(((((.(((((((((...((((....)))))))))))))))).)))--------)).....(((((((((.((((.....))))))))).)))). ( -26.50)
>DroEre_CAF1 76188 84 + 1
AGAUA------UAUCGCUAUGGCCAUGAAGGAUAUAUAUCUAUGGCUAU----------------GUGGCUAUAACGGCAGCUUCGAGGACCGAACUGUCAGUUAA
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>DroYak_CAF1 77943 100 + 1
AGAUA------UAUCGCUAUGGCUAUGAAGGAUAUAUAUCUAUCGCUAUAUGGCUAUAUGGCUACAUGGCUAUAACGGCAGCUUCGAGGACCGAACUGUCUGUUAA
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>DroAna_CAF1 70942 84 + 1
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>consensus
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.((((......))))..(((((((((...((((....))))...(((....)))...........)))))))))..(((((.((((.....)))))))))...... (-16.05 = -17.67 +   1.62)

alignment

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secondary structure

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