Locus 6817

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 18,030,453 – 18,030,560
Length 107
Max. P 0.859793
window11066

overview

Window 6

Location 18,030,453 – 18,030,560
Length 107
Sequences 5
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.29
Mean single sequence MFE -31.00
Consensus MFE -18.38
Energy contribution -19.06
Covariance contribution 0.68
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.859793
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18030453 107 - 27905053
GGGGUGGUGGGCCAUAGGCUAAAGGAUAUAUAUUAUGUACACAUAUAUAUGCGUGUGUGUGUGUUUGGUAAUGCUACCCCUA--UUCCCAAUCGGUAUUCUGUAUCCUU
((((((((.((((...))))..........(((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))..))))))))..--.........(((((...)))))... ( -33.10)
>DroSec_CAF1 73114 89 - 1
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>DroSim_CAF1 75007 100 - 1
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(((((((..((.((((.(((.....((((((((.......)))))))).....))).)))).))-------..)))))))..--......................... ( -33.60)
>DroEre_CAF1 74872 105 - 1
GGGGUGGCGGCCUAUAGGCUAAAGGAUAUAUAUUAUGUAUAAAUA--UGCGUGUGUGUGUGUGUGUGGUAAUGCUACCCCUA--UUGCCAUUCGGUAUGCCGUAUCCUU
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>DroYak_CAF1 76678 107 - 1
AGGGUGGUGGCCCAUAGGCUAAAGGAUAUAUAUUAUGUAUAAAUA--UGUGUAAGUGUGUGUGUUUGGUAAUGCUACCCCUAUAUUCCCAUUCGGUAUUCCGUAUCCUU
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>consensus
GGGGUGGUGGCCCAUAGGCUAAAGGAUAUAUAUUAUGUAUAAAUAUAUAUGCAAGUGUGUGUGU_UGGUAAUGCUACCCCUA__UUCCCACUCGGUAUUCCGUAUCCUU
((((((((((((....)))).....((((((((.....................))))))))..........))))))))............................. (-18.38 = -19.06 +   0.68)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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