Locus 6810

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Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 18021517 93 + 27905053
GAUACCCUGGACAAAGGGAUU-UCUAGGGUAUGUGGCAU---------CGA------------UGGCUCCAGAGGGCGUGCAGUUGUUUAAAUACUGUUUCAACUUUGGCGUACC
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>DroSec_CAF1 64181 91 + 1
GACACCCUGGACUAAGGGGUU-UAUAGGGUAUGUGGCAU---------UGU------------UGGCUGAAGAGAAUCAGCAAUUGUUGAACUACUGUUUCG-CUUUGGCGUAU-
.((((((((((((....))))-..)))))).........---------...------------..((..(((.((((((((....)))))((....))))).-)))..))))..- ( -23.00)
>DroSim_CAF1 66039 92 + 1
GAUACCCUGGACUAAGGGAUU-UCUAGGGUAUGUGGCAU---------UGU------------UGACUGAAGAGAACCAGCAAUUGUUAAACUACUGUUUCAACUUUGGCGUAC-
.((((((((((..........-))))))))))..(.((.---------.((------------((((((........))).........(((....))))))))..)).)....- ( -22.50)
>DroEre_CAF1 65867 78 + 1
UAUACCCUGGAUUUGGGGAUUUUCUAGGGUAUGUUGCAC---------UCU------------UGUCUCUAGCGCGCUUGCAAUGUGCAAACAAUU---------------UGC-
(((((((((((...........)))))))))))((((((---------..(------------(((....((....)).)))).))))))......---------------...- ( -23.50)
>DroYak_CAF1 67257 93 + 1
UAUACCCUGGAUUUAAGGAUUUCCUAGGGUAUGUUGCAU---------UGU------------UGUCUCUAGUGAGCCUGCAAAUUGUACACUUCUGUUUCAACUUUGAAUUGC-
(((((((((((..........))).))))))))...((.---------.((------------((.(...((((.((.........)).))))...)...))))..))......- ( -21.10)
>DroAna_CAF1 61470 109 + 1
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(((.((((.(((...((((((((.(((((.((((((.............--.....)))).)).))))).)))).-))))...)))..((.......))....--)))).))).- ( -25.47)
>consensus
GAUACCCUGGACUAAGGGAUU_UCUAGGGUAUGUGGCAU_________UGU____________UGGCUCAAGAGAGCCUGCAAUUGUUAAACUACUGUUUCAACUUUGGCGUAC_
.((((((((((...........))))))))))................................................................................... ( -9.70 = -10.53 +   0.83) 

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Window 8

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>3R_DroMel_CAF1 18021517 93 - 27905053
GGUACGCCAAAGUUGAAACAGUAUUUAAACAACUGCACGCCCUCUGGAGCCA------------UCG---------AUGCCACAUACCCUAGA-AAUCCCUUUGUCCAGGGUAUC
(((((((...(((((..............)))))))..((((...)).))..------------..)---------.))))..(((((((.((-.(......).)).))))))). ( -17.64)
>DroSec_CAF1 64181 91 - 1
-AUACGCCAAAG-CGAAACAGUAGUUCAACAAUUGCUGAUUCUCUUCAGCCA------------ACA---------AUGCCACAUACCCUAUA-AACCCCUUAGUCCAGGGUGUC
-....((..(((-.(((.((((((((....)))))))).))).)))..))..------------...---------.......(((((((.((-(.....)))....))))))). ( -20.00)
>DroSim_CAF1 66039 92 - 1
-GUACGCCAAAGUUGAAACAGUAGUUUAACAAUUGCUGGUUCUCUUCAGUCA------------ACA---------AUGCCACAUACCCUAGA-AAUCCCUUAGUCCAGGGUAUC
-((..((..(((..(((.((((((((....)))))))).))).)))..))..------------)).---------.......(((((((.((-..........)).))))))). ( -18.90)
>DroEre_CAF1 65867 78 - 1
-GCA---------------AAUUGUUUGCACAUUGCAAGCGCGCUAGAGACA------------AGA---------GUGCAACAUACCCUAGAAAAUCCCCAAAUCCAGGGUAUA
-...---------------....((((((.....))))))(((((.......------------..)---------))))...(((((((.((...........)).))))))). ( -21.80)
>DroYak_CAF1 67257 93 - 1
-GCAAUUCAAAGUUGAAACAGAAGUGUACAAUUUGCAGGCUCACUAGAGACA------------ACA---------AUGCAACAUACCCUAGGAAAUCCUUAAAUCCAGGGUAUA
-(((.....((((((..((....))...))))))...(.(((....))).).------------...---------.)))...(((((((.(((..........)))))))))). ( -19.30)
>DroAna_CAF1 61470 109 - 1
-UCAUGCCCU--UUAUGAUCGUGGGUCUUGAAUUUCGGG-UCUUUUCAGGGGAAUACUUUUUUA--AAUGUUUAGGACUAAGUUUACCCUGGAAAGCCCACCUUUCUAGGGUACG
-...((((((--....((..(((((.((((.....))))-.((((((((((....(((((((((--(....))))))..))))...)))))))))))))))...)).)))))).. ( -35.40)
>consensus
_GCACGCCAAAGUUGAAACAGUAGUUUAACAAUUGCAGGCUCUCUUCAGACA____________ACA_________AUGCAACAUACCCUAGA_AAUCCCUUAGUCCAGGGUAUC
...................................................................................(((((((.((...........)).))))))). ( -7.21 =  -7.27 +   0.06) 

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