Locus 6791

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 17,938,473 – 17,938,647
Length 174
Max. P 0.980161
window11021 window11022 window11023 window11024 window11025

overview

Window 1

Location 17,938,473 – 17,938,577
Length 104
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.56
Mean single sequence MFE -21.10
Consensus MFE -16.88
Energy contribution -17.24
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -3.83
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 1.85
SVM RNA-class probability 0.980161
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17938473 104 + 27905053
AUCAGCGACC-GCAACAAAAACAAUUAAGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAGCACAAAUACAGGCAAACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUA
(((((((...-((...............)).((((((((((((((...(.....).......(((((....)))))...))))))))))))))..)).))))).. ( -24.06)
>DroPse_CAF1 16873 102 + 1
GACAACGAAAAA--AAAAAAACAAUUACGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAUCCCAAACACAGAC-AACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUA
............--........(((((.((.((((((((((((((...(((..............-......)))....))))))))))))))...)).))))). ( -18.65)
>DroEre_CAF1 17344 104 + 1
AUCAGCGACC-GCAACAAAAACAAUUAAGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGUAGCACAAAUACAGGCAAACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUA
(((((((...-((...............)).((((((((((((((...(((.......))).(((((....)))))...))))))))))))))..)).))))).. ( -27.26)
>DroYak_CAF1 12535 104 + 1
AUCAGCGACC-GCAACAAAAACAAUUAAGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAGCACAAAUACAGGCGAACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUA
(((((((...-((...............)).((((((((((((((...(.....).......(((((....)))))...))))))))))))))..)).))))).. ( -23.76)
>DroAna_CAF1 15123 104 + 1
AACGACAACC-GCAACAAAAACAAUUAAGCAAAAUGGUCAUAAUUACAGCAGCACAAACACAGACCAACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUA
..........-...........(((((.((.((((.(((((((((...((((...................))))....))))))))).))))...)).))))). ( -14.21)
>DroPer_CAF1 20626 104 + 1
GACAACGAAAAACAAAAAAAACAAUUACGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAUCACAAACACAGAC-AACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUA
......................(((((.((.((((((((((((((...(((..............-......)))....))))))))))))))...)).))))). ( -18.65)
>consensus
AACAACGACC_GCAACAAAAACAAUUAAGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAGCACAAACACAGAC_AACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUA
......................(((((.((.((((((((((((((...((((...................))))....))))))))))))))...)).))))). (-16.88 = -17.24 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 17,938,473 – 17,938,577
Length 104
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.56
Mean single sequence MFE -32.61
Consensus MFE -24.48
Energy contribution -25.45
Covariance contribution 0.97
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -4.29
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 1.54
SVM RNA-class probability 0.962180
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17938473 104 - 27905053
UAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUUGCCUGUAUUUGUGCUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCUUAAUUGUUUUUGUUGC-GGUCGCUGAU
....(((((((..(((((((((.....)))))))))..))))))).......((.((((((((...(((((((......)))))))...)))))-))).)).... ( -37.80)
>DroPse_CAF1 16873 102 - 1
UAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU-GUCUGUGUUUGGGAUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCGUAAUUGUUUUUUU--UUUUUCGUUGUC
....((((((((((.(((((((.....))))))))))))-))))).......((((..........(((((((......))))))).....--.....))))... ( -26.45)
>DroEre_CAF1 17344 104 - 1
UAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUUGCCUGUAUUUGUGCUACUGUAAUUAUGACAAUUUUGCUUAAUUGUUUUUGUUGC-GGUCGCUGAU
....(((((((..(((((((((.....)))))))))..))))))).......((.((((((((...(((((((......)))))))...)))))-))).)).... ( -37.50)
>DroYak_CAF1 12535 104 - 1
UAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUCGCCUGUAUUUGUGCUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCUUAAUUGUUUUUGUUGC-GGUCGCUGAU
....(((((((..(((((((((.....)))))))))..))))))).......((.((((((((...(((((((......)))))))...)))))-))).)).... ( -39.80)
>DroAna_CAF1 15123 104 - 1
UAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUGGUCUGUGUUUGUGCUGCUGUAAUUAUGACCAUUUUGCUUAAUUGUUUUUGUUGC-GGUUGUCGUU
....((((((((((.(((((((.....)))))))))))).))))).......((.((((((((...(((.(((......))).)))...)))))-))).)).... ( -28.10)
>DroPer_CAF1 20626 104 - 1
UAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU-GUCUGUGUUUGUGAUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCGUAAUUGUUUUUUUUGUUUUUCGUUGUC
....((((((((((.(((((((.....))))))))))))-))))).....(((((......)))))(((((((......)))))))................... ( -26.00)
>consensus
UAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU_GCCUGUAUUUGUGCUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCUUAAUUGUUUUUGUUGC_GGUCGCUGAU
....((((((((((.(((((((.....)))))))))))).))))).......((.((((((((...(((((((......)))))))...))))).))).)).... (-24.48 = -25.45 +   0.97)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 17,938,497 – 17,938,607
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.88
Mean single sequence MFE -29.08
Consensus MFE -20.82
Energy contribution -20.93
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -3.73
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.779865
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17938497 110 + 27905053
UAAGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAGCACAAAUACAGGCAAACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUAAUGAGUGUCUGUGGUUCUCCGCCAGACAA----------A
...(((((.(((((((((((...(.....).......(((((....)))))...))))))))))))))))...............(((((((((....))).)))))).----------. ( -30.90)
>DroPse_CAF1 16896 109 + 1
UACGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAUCCCAAACACAGAC-AACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUAAUGACCGUCUGUGGCCAUCCACCAGACAC----------A
...(((((.(((((((((((...(((..............-......)))....))))))))))))))))................((((((((....))).)))))..----------. ( -26.15)
>DroEre_CAF1 17368 110 + 1
UAAGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGUAGCACAAAUACAGGCAAACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUAAUGAGUGUCUGUGGUUCUCCGCCAGACAA----------A
...(((((.(((((((((((...(((.......))).(((((....)))))...))))))))))))))))...............(((((((((....))).)))))).----------. ( -34.10)
>DroYak_CAF1 12559 104 + 1
UAAGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAGCACAAAUACAGGCGAACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUAAUGAGUGUCUGUGGUU------CAGACAA----------A
.........(((((..((((((((((.((..(((.((((((...(((((.(((.....))).)))))...)))))))))..))..)).))))))))------..)))))----------. ( -32.10)
>DroAna_CAF1 15147 120 + 1
UAAGCAAAAUGGUCAUAAUUACAGCAGCACAAACACAGACCAACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUAAUGACUGUCUGUGGCUCUCCACCAAAAAAUAGAGAGUUAA
...(((..(((((((((((((..((.(((...............(((((.(((.....))).)))))))).)).))))).)))))))).)))(((((((............))))))).. ( -25.06)
>DroPer_CAF1 20651 109 + 1
UACGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAUCACAAACACAGAC-AACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUAAUGACCGUCUGUGGCCAUCCACCAGACAC----------A
...(((((.(((((((((((...(((..............-......)))....))))))))))))))))................((((((((....))).)))))..----------. ( -26.15)
>consensus
UAAGCAAAAUUGUCAUAAUUACAGCAGCACAAACACAGAC_AACAAUUGCCACAAAUUGUGACAAUUUGCCGCCUGAUUAAUGACUGUCUGUGGCUCUCCACCAGACAA__________A
......((((((((((((((...((((...................))))....))))))))))))))(((((..(((........))).)))))......................... (-20.82 = -20.93 +   0.11)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 17,938,497 – 17,938,607
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.88
Mean single sequence MFE -35.65
Consensus MFE -26.47
Energy contribution -26.50
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.48
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.799582
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17938497 110 - 27905053
U----------UUGUCUGGCGGAGAACCACAGACACUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUUGCCUGUAUUUGUGCUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCUUA
.----------(((((....((....))((((.((..(((.((((((((((..(((((((((.....)))))))))..))))))).))).))).))))))......)))))......... ( -33.20)
>DroPse_CAF1 16896 109 - 1
U----------GUGUCUGGUGGAUGGCCACAGACGGUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU-GUCUGUGUUUGGGAUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCGUA
.----------.((((((((.(((((((......))))))).))))))))((((((((((((.....)))))))))(((-(((...((((((....))).)))...))))))..)))... ( -37.20)
>DroEre_CAF1 17368 110 - 1
U----------UUGUCUGGCGGAGAACCACAGACACUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUUGCCUGUAUUUGUGCUACUGUAAUUAUGACAAUUUUGCUUA
.----------.((((((..((....)).))))))..(((.((((((((((..(((((((((.....)))))))))..))))))).))).))).....((((...........))))... ( -32.20)
>DroYak_CAF1 12559 104 - 1
U----------UUGUCUG------AACCACAGACACUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUCGCCUGUAUUUGUGCUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCUUA
.----------(((((..------....((((.((..(((.((((((((((..(((((((((.....)))))))))..))))))).))).))).))))))......)))))......... ( -34.60)
>DroAna_CAF1 15147 120 - 1
UUAACUCUCUAUUUUUUGGUGGAGAGCCACAGACAGUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUGGUCUGUGUUUGUGCUGCUGUAAUUAUGACCAUUUUGCUUA
....(((((((((....)))))))))..((((.(((.(((.(((((((((((((.(((((((.....)))))))))))).))))).))).)))))))))).................... ( -38.80)
>DroPer_CAF1 20651 109 - 1
U----------GUGUCUGGUGGAUGGCCACAGACGGUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU-GUCUGUGUUUGUGAUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCGUA
.----------.((((((.(((....)))))))))(((((.(((((((((((((.(((((((.....))))))))))))-))))).))).)))))((...((((.....))))..))... ( -37.90)
>consensus
U__________UUGUCUGGUGGAGAACCACAGACACUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU_GCCUGUAUUUGUGCUGCUGUAAUUAUGACAAUUUUGCUUA
............((((.((.......))((((.....(((.(((((((((((((.(((((((.....)))))))))))).))))).))).)))...))))......)))).......... (-26.47 = -26.50 +   0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 17,938,537 – 17,938,647
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.61
Mean single sequence MFE -35.02
Consensus MFE -19.66
Energy contribution -19.22
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -3.14
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 1.72
SVM RNA-class probability 0.973807
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17938537 110 - 27905053
GCAAAUAAUCCCGCAUCUGGCCAACUGGCAUUCCGCUGGUU----------UUGUCUGGCGGAGAACCACAGACACUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUU
..........((((.(((((((....))).((((((..(..----------....)..)))))).....))))..((........))))))..(((((((((.....))))))))).... ( -37.00)
>DroPse_CAF1 16936 103 - 1
GCAAAUAAUCUCACAUCUGUGUGU------GUGUGUCUAUU----------GUGUCUGGUGGAUGGCCACAGACGGUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU-
((.((((..(.(((((......))------))).)..))))----------.((((((((.(((((((......))))))).)))))))))).(((((((((.....)))))))))...- ( -36.90)
>DroEre_CAF1 17408 110 - 1
GCAAAUAAUCUCGCAUCUGCCCAACUGUCAUUCCGCUGGUU----------UUGUCUGGCGGAGAACCACAGACACUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUU
((..........))...(((((..((((..((((((..(..----------....)..))))))....))))...((........))).))))(((((((((.....))))))))).... ( -30.30)
>DroYak_CAF1 12599 104 - 1
GCAAAUAAUCUCGCAUCUGCCCAACUGGCAUUCCGCUGGUU----------UUGUCUG------AACCACAGACACUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUC
((..........))..(((((.(((..((.....))..)))----------.((((((------.....))))))...........)))))..(((((((((.....))))))))).... ( -30.30)
>DroAna_CAF1 15187 112 - 1
GCAAAUAAUCUCACAUCUGCC--------AGUCUGCUGGCUUAACUCUCUAUUUUUUGGUGGAGAGCCACAGACAGUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUUG
.................((((--------.(((((.((((.....((((((((....))))))))))))))))).(((........)))))))(((((((((.....))))))))).... ( -38.90)
>DroPer_CAF1 20691 101 - 1
GCAAAUAAUCUCACAUCUGUGUG--------UGUGUCUAUU----------GUGUCUGGUGGAUGGCCACAGACGGUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU-
((.((((..(.(((((....)))--------)).)..))))----------.((((((((.(((((((......))))))).)))))))))).(((((((((.....)))))))))...- ( -36.70)
>consensus
GCAAAUAAUCUCACAUCUGCCCAA_____AUUCCGCUGGUU__________UUGUCUGGUGGAGAACCACAGACACUCAUUAAUCAGGCGGCAAAUUGUCACAAUUUGUGGCAAUUGUU_
..................................((((.((...........((((((...........))))))..........)).)))).(((((((((.....))))))))).... (-19.66 = -19.22 +  -0.44)

alignment

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