Locus 6787

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	17,920,812 – 17,920,913
Length	101
Max. P	0.972392

overview

Window 5

Location	17,920,812 – 17,920,913
Length	101
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.88
Mean single sequence MFE	-32.70
Consensus MFE	-18.04
Energy contribution	-19.44
Covariance contribution	1.40
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.48
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	1.69
SVM RNA-class probability	0.972392
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17920812 101 + 27905053
GGCAGAUA-----UGUCCUCUGUCUGUUUGCAGAUACAGAUAAGAUGUCUUCCAUAUAUGCACAUAU-------GUACGUGUGGGGGUGCACAUGCUGCAUAUAGAAGUCGCA
((.(((((-----(.(..((((((((....))))..))))..).)))))).)).(((((((((((.(-------((((........))))).))).))))))))......... ( -33.50)
>DroSec_CAF1 9257 101 + 1
GGCAGAUA-----UGUCCUCUGUCUGUUUGCAGAUACAGAUAAGAUGUCUUCCAUAUAUGCACAUAU-------GUACGUGUGGGCGUGCACAUGCUGCAUAUAGGAGUCGCA
((((((((-----(.(..((((((((....))))..))))..).))))))(((.(((((((((((.(-------((((((....))))))).))).))))))))))))))... ( -40.00)
>DroEre_CAF1 8828 107 + 1
GGCAGAUA-----UGUCCUCUGUCUGUUUGCAGAUACAGAUAAGAUGUCUUCCACAUAUGCACAUAUGUAUGUAGUACGUGCGGGGG-GCACAUGCGGCAUGUAGGAGUCGCA
((((....-----))))((.((((((....)))))).))......((((((((.((..(((((((....)))).)))..)).)))))-)))..((((((........)))))) ( -35.70)
>DroYak_CAF1 10509 99 + 1
GGCAGAUA-----UGUCCUCUGUCUGUUUGCAGAUACAGAUAAGAUGUCUUGCACAUAUGUAUAU---------GUACGUGUGGAGGUGCACAUGCUGCACAUAGGAGUCGCA
.(((((((-----(.(..((((((((....))))..))))..).))))).))).((((((((...---------.))))))))...(((((.....)))))............ ( -30.00)
>DroAna_CAF1 9466 90 + 1
GGCAGAUAUACAAUGUCCUCUAUCUGUUUGCAGAUAUAGAUAAGAUGUCGCCCAUUCCUAC------------------U----GUGUGCAUAUGCUGCAUAUAUGGCU-UCG
(((.(((((....((((...((((((....))))))..))))..)))))))).....(((.------------------(----(((((((.....)))))))))))..-... ( -24.30)
>consensus
GGCAGAUA_____UGUCCUCUGUCUGUUUGCAGAUACAGAUAAGAUGUCUUCCAUAUAUGCACAUAU_______GUACGUGUGGGGGUGCACAUGCUGCAUAUAGGAGUCGCA
.((((........((((...((((((....))))))..))))...(((((((((((..(((.............)))..)))))))).)))....)))).............. (-18.04 = -19.44 +   1.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	17,920,812 – 17,920,913
Length	101
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.88
Mean single sequence MFE	-26.04
Consensus MFE	-11.02
Energy contribution	-11.98
Covariance contribution	0.96
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.42
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.649555
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17920812 101 - 27905053
UGCGACUUCUAUAUGCAGCAUGUGCACCCCCACACGUAC-------AUAUGUGCAUAUAUGGAAGACAUCUUAUCUGUAUCUGCAAACAGACAGAGGACA-----UAUCUGCC
.(((.((((((((((((.((((((.((........)).)-------))))))))))))..)))))...(((..((((..((((....)))))))))))..-----....))). ( -26.70)
>DroSec_CAF1 9257 101 - 1
UGCGACUCCUAUAUGCAGCAUGUGCACGCCCACACGUAC-------AUAUGUGCAUAUAUGGAAGACAUCUUAUCUGUAUCUGCAAACAGACAGAGGACA-----UAUCUGCC
.((...(((((((((((.((((((.(((......))).)-------))))))))))))).)))(((.((.((.((((..((((....)))))))).)).)-----).))))). ( -31.10)
>DroEre_CAF1 8828 107 - 1
UGCGACUCCUACAUGCCGCAUGUGC-CCCCCGCACGUACUACAUACAUAUGUGCAUAUGUGGAAGACAUCUUAUCUGUAUCUGCAAACAGACAGAGGACA-----UAUCUGCC
.(((.((.(((((((..((((((((-.....))))))...((((....)))))).))))))).))...(((..((((..((((....)))))))))))..-----....))). ( -24.90)
>DroYak_CAF1 10509 99 - 1
UGCGACUCCUAUGUGCAGCAUGUGCACCUCCACACGUAC---------AUAUACAUAUGUGCAAGACAUCUUAUCUGUAUCUGCAAACAGACAGAGGACA-----UAUCUGCC
..............((((.(((((..((((.....((((---------(((....)))))))...........(((((........)))))..)))).))-----))))))). ( -25.60)
>DroAna_CAF1 9466 90 - 1
CGA-AGCCAUAUAUGCAGCAUAUGCACAC----A------------------GUAGGAAUGGGCGACAUCUUAUCUAUAUCUGCAAACAGAUAGAGGACAUUGUAUAUCUGCC
...-..........((((.(((((((...----.------------------((((((.((.....))))))))((.((((((....)))))).)).....))))))))))). ( -21.90)
>consensus
UGCGACUCCUAUAUGCAGCAUGUGCACCCCCACACGUAC_______AUAUGUGCAUAUAUGGAAGACAUCUUAUCUGUAUCUGCAAACAGACAGAGGACA_____UAUCUGCC
..............((((.((((((((.......................))))))))..........(((..((((..((((....)))))))))))..........)))). (-11.02 = -11.98 +   0.96)

alignment

secondary structure

dotplot

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