Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 465,104 – 465,217 |
Length | 113 |
Max. P | 0.849347 |
Location | 465,104 – 465,217 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.82 |
Mean single sequence MFE | -55.02 |
Consensus MFE | -31.99 |
Energy contribution | -33.04 |
Covariance contribution | 1.06 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.22 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.51 |
SVM RNA-class probability | 0.763157 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 465104 113 + 27905053 --CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUGUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCGCCUCCACCACCGUUAGUGGCGGGGACAUUGCGCA --..((((....)))).......((((((((((((.((((((......)))))).((((...)))).)))))))).((((.((.((((........)))).))))))...)))). ( -57.90) >DroPse_CAF1 15942 106 + 1 AGCUGACGCUGAUGUCGCUCAACACGCUCGGAGGCGCCACCCACAGAGGGCCGACGGUUUCCCAGUCGCUGGCGAAGGCCGCC--CACUGCC----GUGGCGGAGCGA---CGAG (((....)))..((((((((.....(((....)))(((((...(((.((((((((((....)).))))..(((....))))))--).)))..----))))).))))))---)).. ( -50.50) >DroSec_CAF1 15723 113 + 1 --CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUCUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCGCCUCCACCUCCGUUGGUGGCGGGGACAUUGCGCA --..((((....)))).......((((((((((((.((((((......)))))).(((.....))).)))))))).((((.((.(((((......))))).))))))...)))). ( -62.00) >DroEre_CAF1 21454 107 + 1 --CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUGUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCAC------CUCCGUUGGUGGCGGGGACAAUGCGAA --.(((((((((.(.(((.....)))))))))))))((((((......))))))(((((((((.((((((..((.((.....------)).))..)))))).))))))..))).. ( -56.00) >DroYak_CAF1 19686 113 + 1 --CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUGUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCACCUCCACCUCCGUUUGUGGCGGGGAUAGUGCGAA --.(((((((((.(.(((.....))))))))))))).(((((......)))))((((((((((.(((((.((.((.((........)).)).))..))))).))))))))))... ( -56.40) >DroPer_CAF1 23129 106 + 1 AGCUGACGCUGAUGUCGCUCAACACGCUCGGAGGCGCCACCCACAGAGGGCCGACGGUUUCCCAGUCGCUGGCGAAGGCCGCC--CACUGCC----GAGGCGGAGCGA---CGAG (((....)))..((((((((....(((((((.((......)).(((.((((((((((....)).))))..(((....))))))--).)))))----)).)))))))))---)).. ( -47.30) >consensus __CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUGUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCGCC__CACCUCCGUU_GUGGCGGGGACA_UGCGAA ....((((....))))........(((((((((((...((((......))))(((.........)))))))))))...(((((...............))))).......))).. (-31.99 = -33.04 + 1.06)
Location | 465,104 – 465,217 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.82 |
Mean single sequence MFE | -57.72 |
Consensus MFE | -39.01 |
Energy contribution | -39.29 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -2.08 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.78 |
SVM RNA-class probability | 0.849347 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 465104 113 - 27905053 UGCGCAAUGUCCCCGCCACUAACGGUGGUGGAGGCGGACUUCGGCAGCGGCUAGGACAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG-- (((((..((((.(((((((.....))))))).))))(((..((.((((((((.((.(.(((((((((......))))))))).))).))).)))))..))..))).))).)).-- ( -62.90) >DroPse_CAF1 15942 106 - 1 CUCG---UCGCUCCGCCAC----GGCAGUG--GGCGGCCUUCGCCAGCGACUGGGAAACCGUCGGCCCUCUGUGGGUGGCGCCUCCGAGCGUGUUGAGCGACAUCAGCGUCAGCU ...(---((((((.(((((----.((((.(--((((((....)))..((((.((....)))))))))).)))).).))))((......)).....)))))))...(((....))) ( -54.50) >DroSec_CAF1 15723 113 - 1 UGCGCAAUGUCCCCGCCACCAACGGAGGUGGAGGCGGACUUCGGCAGCGGCUAGGAGAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG-- .((((...((((((.(((((......))))).)).))))....))(((((((.((.(.(((((((((......)))))))))).)).))).))))..))((((....))))..-- ( -62.70) >DroEre_CAF1 21454 107 - 1 UUCGCAUUGUCCCCGCCACCAACGGAG------GUGGACUUCGGCAGCGGCUAGGACAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG-- ...((...((((((.((......)).)------).)))).....((((((((.((.(.(((((((((......))))))))).))).))).))))).))((((....))))..-- ( -54.60) >DroYak_CAF1 19686 113 - 1 UUCGCACUAUCCCCGCCACAAACGGAGGUGGAGGUGGACUUCGGCAGCGGCUAGGACAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG-- .((((..((((.(((((.(.....).))))).))))(((..((.((((((((.((.(.(((((((((......))))))))).))).))).)))))..))..))).))))...-- ( -56.70) >DroPer_CAF1 23129 106 - 1 CUCG---UCGCUCCGCCUC----GGCAGUG--GGCGGCCUUCGCCAGCGACUGGGAAACCGUCGGCCCUCUGUGGGUGGCGCCUCCGAGCGUGUUGAGCGACAUCAGCGUCAGCU ...(---(((((((((((.----.((((.(--((((((....)))..((((.((....)))))))))).)))))))))((((......))))...)))))))...(((....))) ( -54.90) >consensus UUCGCA_UGUCCCCGCCAC_AACGGAGGUG__GGCGGACUUCGGCAGCGGCUAGGACAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG__ ...((.......(((((...............)))))...(((((.(((.((.((...(((((((((......)))))))))..)).))))))))))))((((....)))).... (-39.01 = -39.29 + 0.28)
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