Locus 67

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 465,104 – 465,217
Length 113
Max. P 0.849347
window119 window120

overview

Window 9

Location 465,104 – 465,217
Length 113
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.82
Mean single sequence MFE -55.02
Consensus MFE -31.99
Energy contribution -33.04
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.763157
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 465104 113 + 27905053
--CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUGUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCGCCUCCACCACCGUUAGUGGCGGGGACAUUGCGCA
--..((((....)))).......((((((((((((.((((((......)))))).((((...)))).)))))))).((((.((.((((........)))).))))))...)))). ( -57.90)
>DroPse_CAF1 15942 106 + 1
AGCUGACGCUGAUGUCGCUCAACACGCUCGGAGGCGCCACCCACAGAGGGCCGACGGUUUCCCAGUCGCUGGCGAAGGCCGCC--CACUGCC----GUGGCGGAGCGA---CGAG
(((....)))..((((((((.....(((....)))(((((...(((.((((((((((....)).))))..(((....))))))--).)))..----))))).))))))---)).. ( -50.50)
>DroSec_CAF1 15723 113 + 1
--CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUCUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCGCCUCCACCUCCGUUGGUGGCGGGGACAUUGCGCA
--..((((....)))).......((((((((((((.((((((......)))))).(((.....))).)))))))).((((.((.(((((......))))).))))))...)))). ( -62.00)
>DroEre_CAF1 21454 107 + 1
--CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUGUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCAC------CUCCGUUGGUGGCGGGGACAAUGCGAA
--.(((((((((.(.(((.....)))))))))))))((((((......))))))(((((((((.((((((..((.((.....------)).))..)))))).))))))..))).. ( -56.00)
>DroYak_CAF1 19686 113 + 1
--CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUGUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCACCUCCACCUCCGUUUGUGGCGGGGAUAGUGCGAA
--.(((((((((.(.(((.....))))))))))))).(((((......)))))((((((((((.(((((.((.((.((........)).)).))..))))).))))))))))... ( -56.40)
>DroPer_CAF1 23129 106 + 1
AGCUGACGCUGAUGUCGCUCAACACGCUCGGAGGCGCCACCCACAGAGGGCCGACGGUUUCCCAGUCGCUGGCGAAGGCCGCC--CACUGCC----GAGGCGGAGCGA---CGAG
(((....)))..((((((((....(((((((.((......)).(((.((((((((((....)).))))..(((....))))))--).)))))----)).)))))))))---)).. ( -47.30)
>consensus
__CUGUCGCUGACGACGCUCAACGCGCUCGGCGGCACCGCCCACAGAAGGGCGGCGCUGUCCUAGCCGCUGCCGAAGUCCGCC__CACCUCCGUU_GUGGCGGGGACA_UGCGAA
....((((....))))........(((((((((((...((((......))))(((.........)))))))))))...(((((...............))))).......))).. (-31.99 = -33.04 +   1.06) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 465,104 – 465,217
Length 113
Sequences 6
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.82
Mean single sequence MFE -57.72
Consensus MFE -39.01
Energy contribution -39.29
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.849347
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 465104 113 - 27905053
UGCGCAAUGUCCCCGCCACUAACGGUGGUGGAGGCGGACUUCGGCAGCGGCUAGGACAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG--
(((((..((((.(((((((.....))))))).))))(((..((.((((((((.((.(.(((((((((......))))))))).))).))).)))))..))..))).))).)).-- ( -62.90)
>DroPse_CAF1 15942 106 - 1
CUCG---UCGCUCCGCCAC----GGCAGUG--GGCGGCCUUCGCCAGCGACUGGGAAACCGUCGGCCCUCUGUGGGUGGCGCCUCCGAGCGUGUUGAGCGACAUCAGCGUCAGCU
...(---((((((.(((((----.((((.(--((((((....)))..((((.((....)))))))))).)))).).))))((......)).....)))))))...(((....))) ( -54.50)
>DroSec_CAF1 15723 113 - 1
UGCGCAAUGUCCCCGCCACCAACGGAGGUGGAGGCGGACUUCGGCAGCGGCUAGGAGAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG--
.((((...((((((.(((((......))))).)).))))....))(((((((.((.(.(((((((((......)))))))))).)).))).))))..))((((....))))..-- ( -62.70)
>DroEre_CAF1 21454 107 - 1
UUCGCAUUGUCCCCGCCACCAACGGAG------GUGGACUUCGGCAGCGGCUAGGACAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG--
...((...((((((.((......)).)------).)))).....((((((((.((.(.(((((((((......))))))))).))).))).))))).))((((....))))..-- ( -54.60)
>DroYak_CAF1 19686 113 - 1
UUCGCACUAUCCCCGCCACAAACGGAGGUGGAGGUGGACUUCGGCAGCGGCUAGGACAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG--
.((((..((((.(((((.(.....).))))).))))(((..((.((((((((.((.(.(((((((((......))))))))).))).))).)))))..))..))).))))...-- ( -56.70)
>DroPer_CAF1 23129 106 - 1
CUCG---UCGCUCCGCCUC----GGCAGUG--GGCGGCCUUCGCCAGCGACUGGGAAACCGUCGGCCCUCUGUGGGUGGCGCCUCCGAGCGUGUUGAGCGACAUCAGCGUCAGCU
...(---(((((((((((.----.((((.(--((((((....)))..((((.((....)))))))))).)))))))))((((......))))...)))))))...(((....))) ( -54.90)
>consensus
UUCGCA_UGUCCCCGCCAC_AACGGAGGUG__GGCGGACUUCGGCAGCGGCUAGGACAGCGCCGCCCUUCUGUGGGCGGUGCCGCCGAGCGCGUUGAGCGUCGUCAGCGACAG__
...((.......(((((...............)))))...(((((.(((.((.((...(((((((((......)))))))))..)).))))))))))))((((....)))).... (-39.01 = -39.29 +   0.28) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:32:07 2006