Locus 6697

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 17,623,947 – 17,624,075
Length 128
Max. P 0.980503
window10885 window10886

overview

Window 5

Location 17,623,947 – 17,624,046
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.70
Mean single sequence MFE -39.80
Consensus MFE -35.33
Energy contribution -36.00
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.84
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.86
SVM RNA-class probability 0.980503
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17623947 99 - 27905053
CCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCAUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGUGGUUGCCAGCCCAGCCACA---------------------
..(((((((((((..(((((((((.((((((.(((((((.((.......))))))))).)))))).)))))))))..))))))))..))).........--------------------- ( -38.20)
>DroVir_CAF1 30589 102 - 1
CCGCUCAAUUACCGUGACAUAGUCGUACGGUGAAUGUUGUGUAU-GGAGUCCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGUGGUUGUUAGCUAAUCAACA---GCGA--------------
..((((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((.(...-.....)))))))).)))))).))))))))).)))))))))..))).........---....-------------- ( -41.80)
>DroGri_CAF1 20053 106 - 1
UCGCUCAAUUACCAUGACAUAGUCGUACGGUGAAUGUUGUGUUU-GGAGUCCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUUGGUGGUUGCCAGCCAAGCAACA--AGCGAUGA-----------
(((((....(((((.(((((((((.((((((.(((((((..(..-...)..))))))).)))))).))))))))).)))))(((((.......))))).--)))))...----------- ( -43.20)
>DroEre_CAF1 18652 118 - 1
CCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCAUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGUGGUUGCCAGCCCAGCCACACCAGCCAC-ACCAGCCACAG-
..(((((((((((..(((((((((.((((((.(((((((.((.......))))))))).)))))).)))))))))..))))))))..))).................-...........- ( -38.20)
>DroYak_CAF1 22455 114 - 1
CCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCAUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGUGGUUGCCA-----GCCACACCAGCCAC-AUCAGCCACAUC
..(((((((((((..(((((((((.((((((.(((((((.((.......))))))))).)))))).)))))))))..))))))))..)-----))............-............ ( -38.20)
>DroPer_CAF1 10264 97 - 1
CCGCUCAAUUACCAUGACAUAGUCGUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGG--ACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGUGGUUGUCAGCCAAGCAGCA---------------------
..(((((((((((..(((((((((.((((((.(((((((.((.....--))))))))).)))))).)))))))))..))))))))..))).........--------------------- ( -39.20)
>consensus
CCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCAUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGUGGUUGCCAGCCAAGCAACA___GC_A______________
..(((((((((((..(((((((((.((((((.(((((((.((.......))))))))).)))))).)))))))))..))))))))..))).............................. (-35.33 = -36.00 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 17,623,966 – 17,624,075
Length 109
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.90
Mean single sequence MFE -34.70
Consensus MFE -26.75
Energy contribution -26.75
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.55
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.63
SVM RNA-class probability 0.968994
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17623966 109 - 27905053
UGUAGCC----GAUG---AACGGAGAAGAAA-GGAUG-CCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCAUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGU
....(((----((((---(.(((........-.....-))).)))........(((((((((.((((((.(((((((.((.......))))))))).)))))).)))))))))))))) ( -36.72)
>DroVir_CAF1 30612 96 - 1
------------AU-----AAGGACA---GCGAGUCG-CCGCUCAAUUACCGUGACAUAGUCGUACGGUGAAUGUUGUGUAU-GGAGUCCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGU
------------..-----......(---(((.....-.)))).....((((.(((((((((.((((((.(((((((.(...-.....)))))))).)))))).))))))))).)))) ( -35.80)
>DroGri_CAF1 20080 99 - 1
------------AU-----AAGGACAAGAGACAGCAG-UCGCUCAAUUACCAUGACAUAGUCGUACGGUGAAUGUUGUGUUU-GGAGUCCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUUGGU
------------..-----.......((.(((....)-)).)).....((((.(((((((((.((((((.(((((((..(..-...)..))))))).)))))).))))))))).)))) ( -32.90)
>DroYak_CAF1 22489 98 - 1
------------------AAUCGAGAAGAAA-GGAUG-CCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCAUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGU
------------------.(((((...((..-((...-))..)).........(((((((((.((((((.(((((((.((.......))))))))).)))))).)))))))))))))) ( -30.80)
>DroAna_CAF1 27567 112 - 1
CGUUGCC----GUUGCCAAAGGACCAAAAAA-GGAUG-CCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCGUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAAAGCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGU
....(((----(........((.((......-))...-)).............(((((((((.((((((.((((((((..........)))))))).)))))).))))))))).)))) ( -33.90)
>DroPer_CAF1 10283 113 - 1
CGCCGCCAGGAGAUGU--GAAGGAGCCCAAA-GGAUGCCCGCUCAAUUACCAUGACAUAGUCGUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGG--ACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGU
.((((...((.(((.(--((.((.((((...-))..))))..)))))).))..(((((((((.((((((.(((((((.((.....--))))))))).)))))).))))))))).)))) ( -38.10)
>consensus
____________AU____AAAGGACAAGAAA_GGAUG_CCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCGUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGU
................................................(((..(((((((((.((((((.(((((((............))))))).)))))).)))))))))..))) (-26.75 = -26.75 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

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