Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,369,932 – 17,370,035 |
Length | 103 |
Max. P | 0.616326 |
Location | 17,369,932 – 17,370,035 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.94 |
Mean single sequence MFE | -30.28 |
Consensus MFE | -22.05 |
Energy contribution | -21.97 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.48 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.17 |
SVM RNA-class probability | 0.616326 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 17369932 103 + 27905053 -------GAACACACGCCCGCAGUAUAAACAACUCAAUUUGAAUGCAUUUAACCGCGUAAUUGAGCCACGCGU--CGGGCAGCUACGCGUGCGCUA--UUUGCGGCCAACCCCG------ -------........(.((((((.(((......((((((...((((........))))))))))(((((((((--.((....))))))))).))))--))))))).).......------ ( -28.90) >DroVir_CAF1 30759 106 + 1 CC---GCCAGCGCACGCCCACAGUAUAAACAACUCAAUUUGAAUGCAUUUAACCGCGUAAUUGAGGCACGUGU--UGGAC-GCUACGCGUGCGCUA--UUUGUGGCUAAAGCAA------ ((---((.(((((((((.....((...((((.(((((((...((((........))))))))))).....)))--)..))-.....))))))))).--...)))).........------ ( -34.40) >DroGri_CAF1 23460 109 + 1 ACUGGACGAGCGUACGCCCACAGUAUAAACAACUCAAUUUGAAUGCAUUUAACCGCGUAAUUGACGCACGUGU--GGCAA-GCUACGCGUGCGCUA--UUUGUGGCUAAAGUAA------ ((((...(.((....)))..))))...................(((.((((.(((((.(((.(.(((((((((--((...-.)))))))))))).)--))))))).))))))).------ ( -34.20) >DroWil_CAF1 20515 111 + 1 -------CGCCACACGCCCACAGUAUAAACAACUCAAUUUGAAUGCAUUUAACCGCGUAAUUGAGCCACGUGU--UAGAGAGUUACGCGUGCGCUAUGUUUGUGGCCAACCCCCCCGUCU -------.((((((.((................((((((...((((........))))))))))(((((((((--.........))))))).))...)).)))))).............. ( -28.40) >DroMoj_CAF1 25968 103 + 1 CC---G---GCACACGCCCACAGUAUAAACAACUCAAUUUGAAUGCAUUUAACCGCGUAAUUGAGGCACGUGU--UGGAC-GUUACGCGUGCGCUA--UUUGUGGCUAAAGCAA------ ..---(---((....)))(((((.(((.....(((((((...((((........)))))))))))((((((((--.....-...))))))))..))--))))))((....))..------ ( -31.50) >DroPer_CAF1 15895 101 + 1 ---------GCACACGCCCACAGUAUAAACAACUCAAUUUGAAUGCAUUUAACCGCGUAAUUGAGCCACGUGCCACGGACUGCUACGCGUGCGCUA--UUUGUGGCCAACAA-------- ---------((.(((((...((((........(((((((...((((........)))))))))))...((.....)).))))....))))).))..--.((((.....))))-------- ( -24.30) >consensus ________AGCACACGCCCACAGUAUAAACAACUCAAUUUGAAUGCAUUUAACCGCGUAAUUGAGCCACGUGU__UGGAC_GCUACGCGUGCGCUA__UUUGUGGCCAAAGCAA______ ...............(((.((((.........(((((((...((((........))))))))))).(((((((...........)))))))........))))))).............. (-22.05 = -21.97 + -0.08)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:25:35 2006