| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,252,430 – 17,252,543 |
| Length | 113 |
| Max. P | 0.661578 |
| Location | 17,252,430 – 17,252,543 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.33 |
| Mean single sequence MFE | -35.62 |
| Consensus MFE | -25.50 |
| Energy contribution | -26.47 |
| Covariance contribution | 0.97 |
| Combinations/Pair | 1.15 |
| Mean z-score | -1.71 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| SVM decision value | 0.27 |
| SVM RNA-class probability | 0.661578 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 17252430 113 + 27905053 UGGGGCUGCUGUUGUGCCGAUGAAGGUGUUAAAUGCUUUGUUGACAUUGCCCACAGUAGCAGCCCAUAUAGAUA-----UAGAACUAUAUAUAUACCGAUCU--GAGGAAGCAAUUCGGG ..((((((((((((((.((((((((((((...))))))).....)))))..))))))))))))))((((((...-----.....)))))).....((((..(--(......))..)))). ( -37.30) >DroSec_CAF1 48981 116 + 1 UGGGGCUGCUGUUGUGCCGCUGAAGGUGUUAAAUGCUUUGUUGACACUGCCCACAGUAGCAGCCCAUAUAGAUAUACCAUAGAACUAUA--UAUACCGAUCU--GUGGAAGCGAUUCGGG ..((((((((((((((..((....((((((((........)))))))))).))))))))))))))((((((.............)))))--)...((((..(--((....)))..)))). ( -40.62) >DroSim_CAF1 49569 111 + 1 UGGGGCUGCUGUUGUGCCGCUGAAGGUGUUAAAUGCUUUGUUGACACUGCCCACAGUAGCAGCCCAUAUAGAUA-----UAGAACUAUA--UAUACCGAUCU--GAGGCAGCGAUUCGGG ..((((((((((((((..((....((((((((........)))))))))).))))))))))))))((((((...-----.....)))))--)...((((..(--(......))..)))). ( -40.00) >DroEre_CAF1 50859 107 + 1 UGGGGUUGCUGUUGUGCCGAUGAAGGUGUGAAAUGCUUUGUUGACAUUGCCCACAGUGGCAGCCCAG---CAUA-----UAGAACUAUA--UAUACCGAUCU--GAG-AAGCGAUUCGGG ..(((((((..(((((.((((((((((((...))))))).....)))))..)))))..)))))))..---.(((-----((......))--))).((((..(--(..-...))..)))). ( -33.40) >DroYak_CAF1 71672 110 + 1 UGGGGUUGCUGUUGUGCCGCUGAAGGUGUUAAAUGCUUUGUUGACAUAGCCCACAGUGGCAGCCCAG---CAUA-----UAGAACUAUAUAUAUACCGAUCU--GAGGAAGCGAUUCGGG ..(((((((..(((((..(((....(((((((........)))))))))).)))))..)))))))..---.(((-----((......)))))...((((..(--(......))..)))). ( -35.70) >DroAna_CAF1 39875 100 + 1 UGGGGUUGCUAUU----UGAUGAAGGUGUUAAAUGUUUUGUUGACAUUGCAGCCACUCGCACCC---------A-----UUGGGCUUGG--GAUGCCGCUCAUGGAGGAAACGAUUCGGG ..((((((...((----(.((((.(((....((((((.....))))))...)))....((((((---------(-----.......)))--).)))...)))).)))....))))))... ( -26.70) >consensus UGGGGCUGCUGUUGUGCCGAUGAAGGUGUUAAAUGCUUUGUUGACAUUGCCCACAGUAGCAGCCCAU___GAUA_____UAGAACUAUA__UAUACCGAUCU__GAGGAAGCGAUUCGGG ..((((((((((((((........((((((((........))))))))...))))))))))))))..............................((((................)))). (-25.50 = -26.47 + 0.97)
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