Locus 6536

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	17,244,207 – 17,244,367
Length	160
Max. P	0.998926

overview

Window 8

Location	17,244,207 – 17,244,327
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.44
Mean single sequence MFE	-38.43
Consensus MFE	-36.51
Energy contribution	-36.57
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.36
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	1.65
SVM RNA-class probability	0.969854
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17244207 120 + 27905053
CCGUUUAAAAAACUACACACUAAUUGAGUUAGAAGUUCGUUGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUG
(((((.....(((......(((((...)))))..((((...((.(.((((((.((((...)))).)))))).).))((((((.....))))))........)))))))...))))).... ( -37.70)
>DroSec_CAF1 40619 120 + 1
CCGUUUAAAAAACUACACACUAAUUGAGUUAGAAGUUCGUUGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUG
(((((.....(((......(((((...)))))..((((...((.(.((((((.((((...)))).)))))).).))((((((.....))))))........)))))))...))))).... ( -37.70)
>DroSim_CAF1 41345 120 + 1
CCGUUUAAAAAACUACACACUAAUUGAGUUAGAAGUUCGUUGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUG
(((((.....(((......(((((...)))))..((((...((.(.((((((.((((...)))).)))))).).))((((((.....))))))........)))))))...))))).... ( -37.70)
>DroEre_CAF1 41442 118 + 1
CCGUUUAAAAAACUACACACUAAUUGAGUUAGAAGUUCGUCGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGA--AAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCGCAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUG
(((((.....(((......(((((...)))))..((((.((((.((((.......)))).)))).--....(((((((((......)))))))))......)))))))...))))).... ( -42.10)
>DroYak_CAF1 63401 120 + 1
CCGUUUAAAAAACUACACACUAAUUGAGUUAGAAGUUCGUCGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUG
(((((.....(((......(((((...)))))..((((...((.(.((((((.((((...)))).)))))).).))((((((.....))))))........)))))))...))))).... ( -38.00)
>DroAna_CAF1 32505 119 + 1
CCGUUUAAAAAACUACACACUAAUUGAGUUAGAAGUUCGU-GGGGGCUUUGAACUGGCCGACGGAUCAAAGGUGCCGCCACUUUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUG
(((((.....(((......(((((...)))))..((((..-.(...((((((.(((.....))).))))))(((((((((......)))))))))..)...)))))))...))))).... ( -37.40)
>consensus
CCGUUUAAAAAACUACACACUAAUUGAGUUAGAAGUUCGUUGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUG
(((((.....(((......(((((...)))))..((((...((.(.((((((.(((.....))).)))))).).))((((((.....))))))........)))))))...))))).... (-36.51 = -36.57 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	17,244,247 – 17,244,367
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.89
Mean single sequence MFE	-42.65
Consensus MFE	-41.30
Energy contribution	-41.05
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	3.29
SVM RNA-class probability	0.998926
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17244247 120 + 27905053
UGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUGUAAAGCCAACAAUGCCCCAAGCAGCCACUAGAUGAAUGGA
.((.(.((((((.((((...)))).)))))).).)).(((.((..((((((((.((((.......)))).....(((((((.......)).))))).......))))))))..)).))). ( -42.20)
>DroSec_CAF1 40659 120 + 1
UGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUGUAAAGCCAACAAUGCCCCAAGCAGCCUCUAGAUGAAUGGA
..(((((.(((...((((.(((........)))(((((((((.....)))))).((((.......)))).....))).......)))).))).)))))........((((......)))) ( -42.40)
>DroSim_CAF1 41385 120 + 1
UGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUGUAAAGCCAACAAUGCCCCAAGCAGCCACUAGAUGAAUGGA
.((.(.((((((.((((...)))).)))))).).)).(((.((..((((((((.((((.......)))).....(((((((.......)).))))).......))))))))..)).))). ( -42.20)
>DroEre_CAF1 41482 118 + 1
CGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGA--AAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCGCAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUGUAAAGCCAACAAUGCCCCAAGCAGCCACUAGAUGAAUGGA
..(((((.(((...((((.(((...--...)))(((((((((.....))))))(((((.......)))).)...))).......)))).))).))))).........(((......))). ( -42.20)
>DroYak_CAF1 63441 120 + 1
CGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUGUAAAGCCAACAAUGCCCCAAGCAGCCACUAGAUGAAUGGA
(((.(.((((((.((((...)))).)))))).).)))(((.((..((((((((.((((.......)))).....(((((((.......)).))))).......))))))))..)).))). ( -43.30)
>DroAna_CAF1 32545 119 + 1
-GGGGGCUUUGAACUGGCCGACGGAUCAAAGGUGCCGCCACUUUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUGUAAAGCCAACAAUGCCCCAAGCAGCCACCAGAUGAAUGGA
-.(((((.(((...((..(((((..((....(((((((((......)))))))))......)).))))).))..(((.......)))..))).))))).........(((......))). ( -43.60)
>consensus
UGGGGGCUUUGAACUGGCCGCCGGAUCAAAGGCGCCGCCGCUCUAUUGGUGGCACAACAAAGAGCGUUGACAACGGCAUGUAAAGCCAACAAUGCCCCAAGCAGCCACUAGAUGAAUGGA
..(((((.(((...((((.(((........)))(((((((((.....)))))).((((.......)))).....))).......)))).))).))))).........(((......))). (-41.30 = -41.05 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	17,244,247 – 17,244,367
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.89
Mean single sequence MFE	-42.05
Consensus MFE	-39.66
Energy contribution	-40.05
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.33
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.44
SVM RNA-class probability	0.954572
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17244247 120 - 27905053
UCCAUUCAUCUAGUGGCUGCUUGGGGCAUUGUUGGCUUUACAUGCCGUUGUCAACGCUCUUUGUUGUGCCACCAAUAGAGCGGCGGCGCCUUUGAUCCGGCGGCCAGUUCAAAGCCCCCA
.(((((.....)))))......(((((.(((((((((......(((((......((((((..((((......)))))))))))))))(((........)))))))))..))).))))).. ( -43.30)
>DroSec_CAF1 40659 120 - 1
UCCAUUCAUCUAGAGGCUGCUUGGGGCAUUGUUGGCUUUACAUGCCGUUGUCAACGCUCUUUGUUGUGCCACCAAUAGAGCGGCGGCGCCUUUGAUCCGGCGGCCAGUUCAAAGCCCCCA
......................(((((.(((((((((......(((((......((((((..((((......)))))))))))))))(((........)))))))))..))).))))).. ( -41.00)
>DroSim_CAF1 41385 120 - 1
UCCAUUCAUCUAGUGGCUGCUUGGGGCAUUGUUGGCUUUACAUGCCGUUGUCAACGCUCUUUGUUGUGCCACCAAUAGAGCGGCGGCGCCUUUGAUCCGGCGGCCAGUUCAAAGCCCCCA
.(((((.....)))))......(((((.(((((((((......(((((......((((((..((((......)))))))))))))))(((........)))))))))..))).))))).. ( -43.30)
>DroEre_CAF1 41482 118 - 1
UCCAUUCAUCUAGUGGCUGCUUGGGGCAUUGUUGGCUUUACAUGCCGUUGUCAACGCUCUUUGUUGCGCCACCAAUAGAGCGGCGGCGCCUUU--UCCGGCGGCCAGUUCAAAGCCCCCG
.(((((.....)))))......(((((.(((((((((......(((((......((((((..((((......)))))))))))))))(((...--...)))))))))..))).))))).. ( -43.20)
>DroYak_CAF1 63441 120 - 1
UCCAUUCAUCUAGUGGCUGCUUGGGGCAUUGUUGGCUUUACAUGCCGUUGUCAACGCUCUUUGUUGUGCCACCAAUAGAGCGGCGGCGCCUUUGAUCCGGCGGCCAGUUCAAAGCCCCCG
.(((((.....)))))......(((((.(((((((((......(((((......((((((..((((......)))))))))))))))(((........)))))))))..))).))))).. ( -43.30)
>DroAna_CAF1 32545 119 - 1
UCCAUUCAUCUGGUGGCUGCUUGGGGCAUUGUUGGCUUUACAUGCCGUUGUCAACGCUCUUUGUUGUGCCACCAAUAAAGUGGCGGCACCUUUGAUCCGUCGGCCAGUUCAAAGCCCCC-
.(((((....(((((((.((..(((((.(((.((((.......))))....))).)))))..))...)))))))....))))).((...((((((.............))))))..)).- ( -38.22)
>consensus
UCCAUUCAUCUAGUGGCUGCUUGGGGCAUUGUUGGCUUUACAUGCCGUUGUCAACGCUCUUUGUUGUGCCACCAAUAGAGCGGCGGCGCCUUUGAUCCGGCGGCCAGUUCAAAGCCCCCA
.(((((.....)))))......(((((.(((((((((......(((((......((((((..((((......)))))))))))))))(((........)))))))))..))).))))).. (-39.66 = -40.05 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

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