Locus 6534

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	17,242,600 – 17,242,702
Length	102
Max. P	0.961854

overview

Window 3

Location	17,242,600 – 17,242,702
Length	102
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.83
Mean single sequence MFE	-30.92
Consensus MFE	-26.62
Energy contribution	-26.10
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.72
SVM RNA-class probability	0.833248
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17242600 102 + 27905053
--UACCAAUCCCAAUUCCGAUCCCGAACCCCAUCCUUGGCAU-------CCGCCACAUGAUUCACGAUCGGACCGUUGCGCAUGCGCUACGCAAAGCUUCGGAUGGACAAC
--..(((........(((((((..(((...(((...((((..-------..)))).))).)))..)))))))(((..((...((((...))))..))..))).)))..... ( -29.50)
>DroSec_CAF1 39099 102 + 1
--UGCCAAUCCCGAUUCCGAUCCCGAUCCCCAUGCUUGGCAU-------CCGCCACAUGAUUCACGAUCGGACCGUUGCGCAUGCGCUACGCAAAGCUUCGGAUGGACAAC
--(((((...((((.(((((((..((....((((..((((..-------..))))))))..))..))))))).(((.(((....))).))).......)))).))).)).. ( -33.10)
>DroSim_CAF1 39679 102 + 1
--UGCCAAUCCCGAUUCCGAUCCCGAUCCCCAUGCUUGGCAU-------CCGCCACAUGAUUCACGAUCGGACCGUUGCGCAUGCGCUACGCAAAGCUUCGGAUGGACAAC
--(((((...((((.(((((((..((....((((..((((..-------..))))))))..))..))))))).(((.(((....))).))).......)))).))).)).. ( -33.10)
>DroEre_CAF1 39869 104 + 1
CGUUCCGAUCUCGAUCCCGAUCCCGAUCCCCAUCCUUGGCAU-------CCGCCACAUGAUUCACGAUCGGACCGUUGCGCAUGCGCUACGCAGAGUUUUGGAUGGACAAG
...(((((.(((..........((((((...(((..((((..-------..))))...)))....))))))..(((.(((....))).)))..)))..)))))........ ( -30.10)
>DroYak_CAF1 61898 105 + 1
---UCCGACC---GUUCCGAUCCCGAUCCCCAUCCUUGGCAUCCAACAUCCGCCACAUGAUUCACGAUCGGACCGUUGCGCAUGCGCUACGCAAAGUUUUGGAUGGGCAAC
---.....((---((.((((..((((((...(((..((((...........))))...)))....))))))..(((.(((....))).))).......))))))))..... ( -28.80)
>consensus
__UGCCAAUCCCGAUUCCGAUCCCGAUCCCCAUCCUUGGCAU_______CCGCCACAUGAUUCACGAUCGGACCGUUGCGCAUGCGCUACGCAAAGCUUCGGAUGGACAAC
....(((........(((((((..((....(((...((((...........)))).)))..))..)))))))(((..((...((((...))))..))..))).)))..... (-26.62 = -26.10 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	17,242,600 – 17,242,702
Length	102
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.83
Mean single sequence MFE	-40.50
Consensus MFE	-35.14
Energy contribution	-35.70
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.86
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.53
SVM RNA-class probability	0.961854
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17242600 102 - 27905053
GUUGUCCAUCCGAAGCUUUGCGUAGCGCAUGCGCAACGGUCCGAUCGUGAAUCAUGUGGCGG-------AUGCCAAGGAUGGGGUUCGGGAUCGGAAUUGGGAUUGGUA--
.....((((((.((.(.(((((((.....))))))).).(((((((.((((((...((((..-------..)))).......)))))).))))))).)).))).)))..-- ( -39.60)
>DroSec_CAF1 39099 102 - 1
GUUGUCCAUCCGAAGCUUUGCGUAGCGCAUGCGCAACGGUCCGAUCGUGAAUCAUGUGGCGG-------AUGCCAAGCAUGGGGAUCGGGAUCGGAAUCGGGAUUGGCA--
..((((.((((......(((((((.....)))))))((((((((((.(((.(((((((((..-------..)))..))))))...))).)))))).)))))))).))))-- ( -43.90)
>DroSim_CAF1 39679 102 - 1
GUUGUCCAUCCGAAGCUUUGCGUAGCGCAUGCGCAACGGUCCGAUCGUGAAUCAUGUGGCGG-------AUGCCAAGCAUGGGGAUCGGGAUCGGAAUCGGGAUUGGCA--
..((((.((((......(((((((.....)))))))((((((((((.(((.(((((((((..-------..)))..))))))...))).)))))).)))))))).))))-- ( -43.90)
>DroEre_CAF1 39869 104 - 1
CUUGUCCAUCCAAAACUCUGCGUAGCGCAUGCGCAACGGUCCGAUCGUGAAUCAUGUGGCGG-------AUGCCAAGGAUGGGGAUCGGGAUCGGGAUCGAGAUCGGAACG
(((((((...........((((((.....)))))).((((((((((.(..(((...((((..-------..))))..))).).)))).))))))))).))))......... ( -37.40)
>DroYak_CAF1 61898 105 - 1
GUUGCCCAUCCAAAACUUUGCGUAGCGCAUGCGCAACGGUCCGAUCGUGAAUCAUGUGGCGGAUGUUGGAUGCCAAGGAUGGGGAUCGGGAUCGGAAC---GGUCGGA---
....(((((((....(.(((((((.....))))))).)(((((..((((...))))...))))).((((...)))))))))))(((((.........)---))))...--- ( -37.70)
>consensus
GUUGUCCAUCCGAAGCUUUGCGUAGCGCAUGCGCAACGGUCCGAUCGUGAAUCAUGUGGCGG_______AUGCCAAGGAUGGGGAUCGGGAUCGGAAUCGGGAUUGGAA__
.....((((((......(((((((.....)))))))((((((((((.(((.((((.(((((.........)))))...))))...))).)))))).)))))))).)).... (-35.14 = -35.70 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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