Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,202,643 – 17,202,762 |
Length | 119 |
Max. P | 0.768663 |
Location | 17,202,643 – 17,202,762 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.44 |
Mean single sequence MFE | -44.27 |
Consensus MFE | -36.53 |
Energy contribution | -35.87 |
Covariance contribution | -0.66 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -2.10 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.52 |
SVM RNA-class probability | 0.768663 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 17202643 119 - 27905053 -CGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGCUUGUGCUGGAACAACUUCAACACGAAUUUGUCGGCCGGCUUCCACGAGUCGCUAUGCCGCGGCGACCUGGUGGACGUCUCGCUGGCC -..........((((((((((((((......))))))(((((.((((.(((.....))).))))...))))).(((((.(((((((.......))))).)).))))))))).)))).... ( -46.70) >DroPse_CAF1 25080 120 - 1 ACGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGUUGGAACAACUUCAACACGAAUCUGUCUGCGGGGUUCCACGAGUCUCUAAUCCGUGGCGAUCUCGUGGACGUCUCAUUGGUG .(((((........)))))..((((......((((((((((((.....))))))))))))..(((..((((((((((((.(........)))))).)))))))..)))).)))....... ( -47.40) >DroGri_CAF1 24948 120 - 1 UCGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGUUGGAACAAUUUCAACACAAAUCUGUCCGCUGGCUUUCACGAGUCACUAUGUCGUGGAGACCUGGUAGACGUAUCCCUGGCA ((((..(((..(((((((((........)).((((((((((((.....))))))))))))..)))))))..)))..))))(((((((.(((.....))).)))).)))............ ( -40.80) >DroWil_CAF1 35624 120 - 1 ACGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGCUGGAAUAAUUUCAACACAAAUCUGUCCGCUGGAUUCCACGAAUCGUUAUGUCGUGGAGAUUUGGUGGAUGUAUCUCUGGCC .(((((........)))))..(((.....(((((((((.((((.....)))).)))))).)))(((((..((((((((((.........))))))).)))..))))).....)))..... ( -41.30) >DroMoj_CAF1 37283 120 - 1 UCGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGCUGGAACAAUUUCAACACAAAUCUGUCUGCUGGGUUCCACGAAUCGCUAUGUCGUGGGGAUCUGGUGGAUGUUUCGUUGGCU (((((......))))).(((((((((...(((((((((.((((.....)))).)))))).)))((..(..((((((((((.........)))).))))))..)..)))).)))))))... ( -42.00) >DroPer_CAF1 25619 120 - 1 ACGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGUUGGAACAACUUCAACACGAAUCUGUCUGCGGGGUUCCACGAGUCUCUAAUCCGUGGCGAUCUCGUGGACGUCUCAUUGGUG .(((((........)))))..((((......((((((((((((.....))))))))))))..(((..((((((((((((.(........)))))).)))))))..)))).)))....... ( -47.40) >consensus ACGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGCUGGAACAACUUCAACACAAAUCUGUCUGCUGGGUUCCACGAGUCGCUAUGCCGUGGCGAUCUGGUGGACGUCUCACUGGCC .(((((........)))))....((......(((((((.((((.....)))).)))))))..(((((((((((((((((...........))))).)))))))))))).........)). (-36.53 = -35.87 + -0.66)
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