Locus 6506

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	17,160,208 – 17,160,349
Length	141
Max. P	0.999993

overview

Window 0

Location	17,160,208 – 17,160,312
Length	104
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.58
Mean single sequence MFE	-26.05
Consensus MFE	-23.90
Energy contribution	-24.40
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.63
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	3.03
SVM RNA-class probability	0.998175
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17160208 104 + 27905053
GAG-----AUAGAGAUAU--AUAGAAAAAUAUAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCC
(((-----((.(((.(((--((......)))))((((....)))).......))).((((.((((((((((............)))))))))).)))))))))........ ( -23.00)
>DroVir_CAF1 93180 94 + 1
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-------------....----.....((((((.......)))))).....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))... ( -27.60)
>DroGri_CAF1 65266 94 + 1
-------------AGUAAU----AAAAAAUAUAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCC
-------------......----..........((((....)))).....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))... ( -26.10)
>DroWil_CAF1 88150 101 + 1
--------AUUGUAAUAA--UAAAAAAAGUAUAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCC
--------..........--......((((((.......)))))).....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))... ( -27.60)
>DroMoj_CAF1 76444 98 + 1
-------------AUUAAUUGGAAAAAAGUAUAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCC
-------------.......((....((((((.......)))))).....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....)))))))). ( -28.40)
>DroAna_CAF1 62649 109 + 1
UAGAGGAUAGAGAGAUAU--AGAGAAAAAUAUAAAUUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCC
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>consensus
_____________AAUAA___GAAAAAAAUAUAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCC
.................................((((....)))).....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))... (-23.90 = -24.40 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	17,160,208 – 17,160,312
Length	104
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.58
Mean single sequence MFE	-18.56
Consensus MFE	-17.50
Energy contribution	-17.50
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.20
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.11
SVM RNA-class probability	0.588197
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17160208 104 - 27905053
GGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAACUUUAUAUUUUUCUAU--AUAUCUCUAU-----CUC
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>DroVir_CAF1 93180 94 - 1
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...((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).)))))))))).............................----....------------- ( -17.50)
>DroGri_CAF1 65266 94 - 1
GGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAACUUUAUAUUUUUU----AUUACU-------------
...((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))...........................----......------------- ( -17.50)
>DroWil_CAF1 88150 101 - 1
GGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAACUUUAUACUUUUUUUA--UUAUUACAAU--------
...((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))(((((((.......................--...)))))))-------- ( -19.47)
>DroMoj_CAF1 76444 98 - 1
GGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAACUUUAUACUUUUUUCCAAUUAAU-------------
(((((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))..((((((.......))))))......))).......------------- ( -19.30)
>DroAna_CAF1 62649 109 - 1
GGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAAAUUUAUAUUUUUCUCU--AUAUCUCUCUAUCCUCUA
(((((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))..((((((.......)))))).........--...........))).... ( -18.90)
>consensus
GGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAACUUUAUACUUUUUUA___UUAUU_____________
...((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).)))))))))).................................................. (-17.50 = -17.50 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	17,160,232 – 17,160,349
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.08
Mean single sequence MFE	-32.92
Consensus MFE	-32.83
Energy contribution	-33.17
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.39
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	5.75
SVM RNA-class probability	0.999993
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17160232 117 + 27905053
UAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACU---U
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>DroPse_CAF1 67863 117 + 1
UAAAAUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACU---U
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>DroWil_CAF1 88171 120 + 1
UAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUUGUU
..((((.(((((..((...(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))...))..)))))((((.....))))...........))))... ( -34.80)
>DroMoj_CAF1 76462 117 + 1
UAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACU---U
..........(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))..................---. ( -34.10)
>DroAna_CAF1 62678 117 + 1
UAAAUUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACU---U
..........(((((....((((((((((.((((((((((............)))))))))).))))....))))))((((.......)))).)))))..................---. ( -30.20)
>DroPer_CAF1 79800 117 + 1
UAAAAUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACU---U
..........(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))..................---. ( -34.10)
>consensus
UAAAGUUAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACU___U
..........(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))...................... (-32.83 = -33.17 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	17,160,232 – 17,160,349
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.08
Mean single sequence MFE	-27.50
Consensus MFE	-27.25
Energy contribution	-27.25
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.17
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	1.77
SVM RNA-class probability	0.976623
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17160232 117 - 27905053
A---AGUGAUCAUAGGGGGGGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAACUUUA
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>DroPse_CAF1 67863 117 - 1
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>DroWil_CAF1 88171 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 76462 117 - 1
A---AGUGAUCAUAGGGGGGGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAACUUUA
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>DroAna_CAF1 62678 117 - 1
A---AGUGAUCAUAGGGGGGGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAAAUUUA
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>DroPer_CAF1 79800 117 - 1
A---AGUGAUCAUAGGGGGGGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAAUUUUA
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>consensus
A___AGUGAUCAUAGGGGGGGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUAACUUUA
....((((.((.((..((((.......))))..)).))((((.((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).)))))))))).))))...))))....... (-27.25 = -27.25 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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