| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,117,219 – 17,117,336 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.888909 |
| Location | 17,117,219 – 17,117,336 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.64 |
| Mean single sequence MFE | -48.53 |
| Consensus MFE | -30.13 |
| Energy contribution | -31.44 |
| Covariance contribution | 1.31 |
| Combinations/Pair | 1.39 |
| Mean z-score | -1.99 |
| Structure conservation index | 0.62 |
| SVM decision value | 0.95 |
| SVM RNA-class probability | 0.888909 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 17117219 117 + 27905053 CGUCCAGCUGCUCCCACCGGAGGGCACUGUCGUUGUACGACUUGGUGGCCGCAGCCGCC---GAGAUCAAGCUGGUGGUCGCCGGCGAUAGGUUCAGCAAGUUGGAAUAGUAGGUGGAUG ((((((.(((((.(((.(...((((.(((((.......(((((((((((....))))))---))).))..((((((....))))))))))))))).....).)))...))))).)))))) ( -53.40) >DroVir_CAF1 31952 117 + 1 CAUCGAGUUGAUCCCAGCGCAGCAAGCUGUCAUUGUACGACUUGGUGGCCGCCGCCGCC---GUAAUCAGGCUCGUGGUGGCCGGCGACAUGUUCAGCAGGCUGGCAUAAUAGCUGGACG ..((.(((((((.(((((((((....))))..(((.(((..(((.((((((((((.(((---.......)))..)))))))))).)))..))).)))...))))).))..))))).)).. ( -47.20) >DroGri_CAF1 30603 117 + 1 CAUCCAGUUGCUCCCAGCGUAAAUUGCUAUCAUUGUAGGAUUUGGUCGUGGACACGGAU---GAGAUCAGGCUCGUCGUUGCCGGCGACAUGCUCAGCAAGCUGGCAUAGUAGGUGGAUG ((((((.(((((.(((((.((((((.((((....))))))))))(((((.(.((..(((---(((......))))))..)).).)))))...........)))))...))))).)))))) ( -42.40) >DroWil_CAF1 30153 120 + 1 CAUCGAUUUGCUCCCAGUGCAGGGAACUGUCAUUGUAGGAUUUGGUGGCUGCUGCUGCUGCAGUAAUUAUGCUGGUGGUUGCCGGCGAUAUGCUCAGCAAGUUGGCAUAGUAGGUGGACG ..((.(((((((((((((((((....))).)))))...((((((.((((((((((....))))))....(((((((....)))))))....)).)).))))))))...))))))).)).. ( -44.00) >DroMoj_CAF1 31662 117 + 1 CGUCCAGUUGCUCCCAGCGCAGAAUGCUGUCGUUAUAGGACUUGGUGGCAGCAGCGGCU---GUGAUCAGGCUAGUCGUAGCCGGCGACAUAUUCAGCAGGCUGGCAUAGUAGGUGGAUG ((((((.(((((.(((((((.(((((.(((((((........((((.(((((....)))---)).))))(((((....))))))))))))))))).))..)))))...))))).)))))) ( -53.60) >DroAna_CAF1 28105 117 + 1 CGUCCAGCUGCUCCCACCGCAGGACACUGUCGUUGUAGGAUUUGGUGGCCGCGGCCGCC---GAGAUCAGACUGGUGGUGGCGGGCGACAUGUUUAGCAAGUUUGCAUAAUAGGUGGAUG ((((((.(((((((((((((..(((...)))...((..(((((((((((....))))))---.)))))..))..))))))).))))..........(((....))).....)).)))))) ( -50.60) >consensus CAUCCAGUUGCUCCCAGCGCAGGAAACUGUCAUUGUAGGACUUGGUGGCCGCAGCCGCC___GAGAUCAGGCUGGUGGUGGCCGGCGACAUGUUCAGCAAGCUGGCAUAGUAGGUGGAUG ((((((.(((((.(((((((((....))))..((((.((((...((.(((((.((((((..............)))))).)).))).))..)))).)))))))))...))))).)))))) (-30.13 = -31.44 + 1.31)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:22:50 2006