Locus 6483

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	17,060,556 – 17,060,646
Length	90
Max. P	0.999716

overview

Window 0

Location	17,060,556 – 17,060,646
Length	90
Sequences	5
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.56
Mean single sequence MFE	-21.96
Consensus MFE	-3.55
Energy contribution	-5.48
Covariance contribution	1.93
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-4.06
Structure conservation index	0.16
SVM decision value	3.67
SVM RNA-class probability	0.999506
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17060556 90 + 27905053
UGUUUGCCCACUAUAUAUGUAUAGUACUACAUG-------UGUAUUUAUUUGAGCAUAUAU--------AGUAUGCAAGCUAGUACUAUACUAUCUGCAUACAAU
.((((((..(((((((((((..((((.(((...-------.)))..))))...))))))))--------)))..))))))(((((...)))))............ ( -21.90)
>DroSec_CAF1 10993 95 + 1
UGUUUGCCCACUAUACAUAUAU---ACUACAUA-------UAUAUUUAUUUGAGCAUAUAUGUACAUGUGGUAUGCAAGCUAGUACUAUACUAUCUGCAUACAAU
........(((..(((((((((---.((.((.(-------((....))).)))).)))))))))...)))(((((((.(.(((((...))))).))))))))... ( -25.00)
>DroSim_CAF1 10797 83 + 1
UGUUUGCCCACUAUACAUAUAU---ACUACAUA-------UAUAUUUAUUUGAGCAUAUAUGUGCAUA------------UAGUACUAUACUAUCUGCAUACAAU
(((.(((.((..(((.((((((---(.....))-------))))).))).)).))).)))((((((.(------------(((((...)))))).)))))).... ( -18.30)
>DroEre_CAF1 11124 85 + 1
UGUUUGCCCACUAUA----UAU---ACUACAUAUAUGUAGUAUGUAUACUUGAGCAUA-------------UAUGUAAGCUCGCGUUCUACUAUCUGCAUACAAU
(((.(((....((((----(((---((((((....)))))))))))))...((((.((-------------....)).))))..............))).))).. ( -22.80)
>DroYak_CAF1 11289 86 + 1
UGUUUGCCCACUAUA----UAU---ACUACAUG-------UACAUAUACUCGAGCAUAUGUAU--AU---GUAUGUAAGCUCGUAGUAUACUAUCUGCAUACAAU
...............----...---..((((((-------(((((((.(....).))))))))--))---)))((((.((..((((....))))..)).)))).. ( -21.80)
>consensus
UGUUUGCCCACUAUA_AU_UAU___ACUACAUA_______UAUAUUUAUUUGAGCAUAUAU_U__AU___GUAUGCAAGCUAGUACUAUACUAUCUGCAUACAAU
(((.(((..............................................((((((...........)))))).((.(((((...))))).))))).))).. ( -3.55 =  -5.48 +   1.93)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	17,060,556 – 17,060,646
Length	90
Sequences	5
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.56
Mean single sequence MFE	-24.98
Consensus MFE	-5.68
Energy contribution	-5.72
Covariance contribution	0.04
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-4.46
Structure conservation index	0.23
SVM decision value	3.94
SVM RNA-class probability	0.999716
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17060556 90 - 27905053
AUUGUAUGCAGAUAGUAUAGUACUAGCUUGCAUACU--------AUAUAUGCUCAAAUAAAUACA-------CAUGUAGUACUAUACAUAUAUAGUGGGCAAACA
...((((((((.(((((...)))))..)))))))).--------.....(((((.......(((.-------...)))..((((((....))))))))))).... ( -22.60)
>DroSec_CAF1 10993 95 - 1
AUUGUAUGCAGAUAGUAUAGUACUAGCUUGCAUACCACAUGUACAUAUAUGCUCAAAUAAAUAUA-------UAUGUAGU---AUAUAUGUAUAGUGGGCAAACA
.((((((((((.(((((...)))))..)))))).((((.((((((((((((((((.(((....))-------).)).)))---)))))))))))))))))))... ( -33.70)
>DroSim_CAF1 10797 83 - 1
AUUGUAUGCAGAUAGUAUAGUACUA------------UAUGCACAUAUAUGCUCAAAUAAAUAUA-------UAUGUAGU---AUAUAUGUAUAGUGGGCAAACA
.((((..(((.((((((...)))))------------).)))(((((((((((((.(((....))-------).)).)))---)))))))).......))))... ( -21.80)
>DroEre_CAF1 11124 85 - 1
AUUGUAUGCAGAUAGUAGAACGCGAGCUUACAUA-------------UAUGCUCAAGUAUACAUACUACAUAUAUGUAGU---AUA----UAUAGUGGGCAAACA
..((((((.((...((.....))...))..))))-------------))((((((..((((.((((((((....))))))---)).----)))).)))))).... ( -21.90)
>DroYak_CAF1 11289 86 - 1
AUUGUAUGCAGAUAGUAUACUACGAGCUUACAUAC---AU--AUACAUAUGCUCGAGUAUAUGUA-------CAUGUAGU---AUA----UAUAGUGGGCAAACA
...((((((.....)))))).....((((((.(((---((--.(((((((((....)))))))))-------.)))))..---...----....))))))..... ( -24.90)
>consensus
AUUGUAUGCAGAUAGUAUAGUACUAGCUUACAUAC___AU__A_AUAUAUGCUCAAAUAAAUAUA_______UAUGUAGU___AUA_AU_UAUAGUGGGCAAACA
....(((((.....)))))..............................((((((........................................)))))).... ( -5.68 =  -5.72 +   0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:22:29 2006