| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,911,624 – 16,911,738 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.889609 |
| Location | 16,911,624 – 16,911,738 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 72.55 |
| Mean single sequence MFE | -42.32 |
| Consensus MFE | -26.83 |
| Energy contribution | -26.59 |
| Covariance contribution | -0.25 |
| Combinations/Pair | 1.36 |
| Mean z-score | -1.50 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 0.96 |
| SVM RNA-class probability | 0.889609 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 16911624 114 + 27905053 AUCUGGUAACGAGGCUUUGGCUUGGGGGCGGUGGCGGUUGGAGCCGAAGGUUCUGUCGCAUUGCCGCCAAUUCCCUCCAGCACAGCCUCCACGUUUUCAGAGCUAAGGCAUAG-A .(((((.(((((((((...(((.(((((...((((((((((((((...))))))).......)))))))...))))).)))..))))))...))).)))))((....))....-. ( -49.11) >DroVir_CAF1 15757 99 + 1 AUCUGAUAGCGAGCUUUCGGCUUGGGUGCAGCGGCGG------------GCUCCU---GAUUGCUGCCAAUACCCUCGAGCACGGCCUCCACGUUAUCGGAGCUACAAAAUGG-U .((((((((((.(...(((((((((((((((((((((------------....))---).)))))))....))))..)))).)))....).))))))))))............-. ( -37.00) >DroSim_CAF1 12331 113 + 1 AUCUGGUAACGAGGCUUUGGCUUAGGGGCUGUGGCGGUUGGAGCCGAAGGUUCUGUCGCAUUGCCGCCAAUUCCCUCCAGCACAGCCUCCACGUU-UCAGAGCUAAAGUAUAG-A .(((((.(((((((((...(((..((((...((((((((((((((...))))))).......)))))))...))))..)))..))))))...)))-)))))............-. ( -44.11) >DroEre_CAF1 12439 115 + 1 AUCUGGUAACGAGGCUUUGGCUUGGGGGCUGUGGCGGUUGGAGCCGAAGGUUCUGUCGCGUUGCCGCCAAUUCCCUCCAACACAGCCUCCACGUUCUCGGAGCUAAGGUAUACAA .((((..(((((((((.((...((((((...((((((((((((((...))))))).......)))))))....)))))).)).))))))...)))..)))).............. ( -44.01) >DroMoj_CAF1 16052 99 + 1 AUCUGAUAGCGGGGCUUGGGCUUGGGAGCCGUGACGG------------GAUCCU---GAUUGCCGCCAAUGCCCUCCAGCACGGCCUCCACGUUGUCGGAACUGUAAAUGGG-A .((((((((((((((....))))((..((((((...(------------((....---.((((....))))....)))..))))))..)).))))))))))............-. ( -37.20) >DroAna_CAF1 14799 107 + 1 AUCUGGUAGCGGGGCUUUGGCUUGGGAGCAGCAGCC------GGCGAGGACUCGGUUGCAUUCCCGCCGAUCCCCUCAAGCACAGCUUCUACGUUGUCGGAACUGAAAUAC--CA .((((..(((((((..(((((..(((((..((((((------((.......)))))))).)))))))))).))))..((((...))))....)))..))))..........--.. ( -42.50) >consensus AUCUGGUAACGAGGCUUUGGCUUGGGGGCAGUGGCGG_____GCCGAAGGUUCUGUCGCAUUGCCGCCAAUUCCCUCCAGCACAGCCUCCACGUUGUCGGAGCUAAAAUAUAG_A .(((((.(((((((((...(((.(((((...((((((..........................)))))).)))))...)))..))))))...))).))))).............. (-26.83 = -26.59 + -0.25)
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