Locus 6454

Window 4

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16905905 117 + 27905053
AAGUACUCACCUUCGCAGUCCAUGGUAAAUGGACUGUAUUGAUCACAAUAGGC---UGUUGGCUGAACAGCGGCUGCGGCGGCAACAGCGGCCGCCUGGAAGUGGGGCAUGAAGAGCGAG
.....(((.((((((((((((((.....)))))))))..((.((((....(((---(((((......))))))))(((((.((....)).)))))......))))..)).)))).).))) ( -51.50)
>DroVir_CAF1 8602 114 + 1
AAUAGCUCACCUUCACAAUCCAG---AAACGGGCUGUACUGAUCACAAUAGGC---GCCUGGCUGUGCUGCCGCAGCGGCUGCCACCGCGGCGGCCUGAAAGUGUGGCAUGAAGAGCGAA
....((((.(((((........)---))..))((..((((..(((...(((..---..)))((((((....))))))(((((((.....)))))))))).))))..)).....))))... ( -42.30)
>DroPse_CAF1 6231 116 + 1
-UGUACUCACCUUCACAGUCCAUGGCAAACGGACUGUAUUGAUCACAAUAGCC---UGUCGGUUGGGCGGCGGCUGCUGCAGCAACGGCUGCUGCCUGGAAGUGGGGCAUAAAGAGCGAA
-....(((......(((((((.........))))))).............(((---(..(..(..(((((((((((.((...)).)))))))))))..)..)..)))).....))).... ( -44.80)
>DroGri_CAF1 7884 113 + 1
-AGAUCUUACCUUCGCAAUCCAG---GAACGGGCUAUAUUGAUCACAAUAGGC---AGCUGGUUGUGCUGCGGCUGCUGCUGCGACGGCAGCGGCUUGAAAGUGUGUCAUGAAGUGGGAA
-...((((((.((((...(((..---....)))......(((((((.....((---(((.......)))))(((((((((((...))))))))))).....))).)))))))))))))). ( -40.70)
>DroWil_CAF1 5603 117 + 1
GUUUACCCACCUUCGCAGUCCAG---AAAUGGAGCAUAUUGAUCGCAGUAGCCAGCCGACGGCUGAGCGGCAGCUGCUGCUGCCACAGCUGCCGCCUGAAAGUGGGGCAUAAAGAGCGAA
.....(((((.(((((..((((.---...)))))).........(((((.(((((((...))))).))((((((....))))))...))))).....))).)))))((.......))... ( -49.90)
>DroAna_CAF1 8341 117 + 1
GAAGACCUACCUUCGCAGUCCAUGGCGAAAGGACUAUACUGAUCACAAUAGGC---UGUGGGUUGGACGGCGGCUGCGGCUGCCACGGCAGCUGCCUGGAAAUGGGGCAUGAAGAGCGAG
.....((((..(((.((..(((((((((.((.......))..)).(....)))---)))))..))...(((((((((.(......).))))))))).)))..))))((.......))... ( -39.20)
>consensus
_AGUACUCACCUUCGCAGUCCAG___AAACGGACUAUAUUGAUCACAAUAGGC___UGUUGGCUGAGCGGCGGCUGCGGCUGCCACGGCAGCCGCCUGAAAGUGGGGCAUGAAGAGCGAA
.....(((((.((((((((((.........)))...(((((....)))))............)))....(((((.((((......)))).))))).)))).)))))((.......))... (-22.17 = -21.73 +  -0.44) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 5

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16905905 117 - 27905053
CUCGCUCUUCAUGCCCCACUUCCAGGCGGCCGCUGUUGCCGCCGCAGCCGCUGUUCAGCCAACA---GCCUAUUGUGAUCAAUACAGUCCAUUUACCAUGGACUGCGAAGGUGAGUACUU
(((((.((((......(((......(((((.((....)).)))))....((((((.....))))---)).....))).......((((((((.....)))))))).)))))))))..... ( -44.20)
>DroVir_CAF1 8602 114 - 1
UUCGCUCUUCAUGCCACACUUUCAGGCCGCCGCGGUGGCAGCCGCUGCGGCAGCACAGCCAGGC---GCCUAUUGUGAUCAGUACAGCCCGUUU---CUGGAUUGUGAAGGUGAGCUAUU
............((..(((((((..((.((((((((((...)))))))))).))(((((((((.---((...(((((.....)))))...)).)---)))).))))))))))).)).... ( -43.90)
>DroPse_CAF1 6231 116 - 1
UUCGCUCUUUAUGCCCCACUUCCAGGCAGCAGCCGUUGCUGCAGCAGCCGCCGCCCAACCGACA---GGCUAUUGUGAUCAAUACAGUCCGUUUGCCAUGGACUGUGAAGGUGAGUACA-
...(((.....((((.........))))(((((....)))))))).(((((((((.........---)))............((((((((((.....))))))))))..)))).))...- ( -37.90)
>DroGri_CAF1 7884 113 - 1
UUCCCACUUCAUGACACACUUUCAAGCCGCUGCCGUCGCAGCAGCAGCCGCAGCACAACCAGCU---GCCUAUUGUGAUCAAUAUAGCCCGUUC---CUGGAUUGCGAAGGUAAGAUCU-
.................((((((.....(((((....))))).(((((((((((.......)))---)).(((((....)))))..........---..)).)))))))))).......- ( -30.70)
>DroWil_CAF1 5603 117 - 1
UUCGCUCUUUAUGCCCCACUUUCAGGCGGCAGCUGUGGCAGCAGCAGCUGCCGCUCAGCCGUCGGCUGGCUACUGCGAUCAAUAUGCUCCAUUU---CUGGACUGCGAAGGUGGGUAAAC
...((.......))(((((((((..((((.(((.((((((((....)))))))).(((((...)))))))).)))).........((((((...---.))))..)))))))))))..... ( -51.60)
>DroAna_CAF1 8341 117 - 1
CUCGCUCUUCAUGCCCCAUUUCCAGGCAGCUGCCGUGGCAGCCGCAGCCGCCGUCCAACCCACA---GCCUAUUGUGAUCAGUAUAGUCCUUUCGCCAUGGACUGCGAAGGUAGGUCUUC
((..(.((((((((..........(((.(((((.((....)).))))).)))........((((---(....)))))....))))(((((.........)))))..)))))..))..... ( -33.40)
>consensus
UUCGCUCUUCAUGCCCCACUUCCAGGCAGCAGCCGUGGCAGCAGCAGCCGCCGCACAACCAACA___GCCUAUUGUGAUCAAUACAGUCCGUUU___AUGGACUGCGAAGGUGAGUACU_
(((((.((((..............(((.((.((.((....)).)).)).)))..................(((((....)))))(((((((.......))))))).)))))))))..... (-21.84 = -21.87 +   0.03) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:21:54 2006