Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,844,295 – 16,844,415 |
Length | 120 |
Max. P | 0.827116 |
Location | 16,844,295 – 16,844,415 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.56 |
Mean single sequence MFE | -45.23 |
Consensus MFE | -31.24 |
Energy contribution | -33.22 |
Covariance contribution | 1.98 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.57 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.70 |
SVM RNA-class probability | 0.827116 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 16844295 120 - 27905053 UUCAGCAGACUGCAGGCGGUAGGCAGGUUGAGCUCAUCAACGGCGGAGUCGUGCUCCCGGUUGUUGUACAACCGCUUGAAGUGCAUCAGACGCGUCUUGAUGGGCUCAAUCUUGUAGAUC ....((..((((....))))..))((((((((((((((((.((((..(((((((((.((((((.....))))))...))...))))..))).))))))))))))))))))))........ ( -51.10) >DroVir_CAF1 802 120 - 1 UUGAGCAAACUACAGGCGGUCGGUAUAUUCAGCUCAUCCACAGAUGCAUCGUACUCGCGAUUGUUGUACAGGCGUUUGUAGUGCAUCAGACGCGUCUUGAUGGGCUCCACCUUGUAAAUA ..((((..((((((((((.((.(((((..((((((.......)).))(((((....))))))).))))).)))))))))))).(((((((....)).))))).))))............. ( -34.30) >DroSec_CAF1 842 120 - 1 UUCAGCAGACUGCAGGCGGUAGGCAGGUUGAGCUCAUCAACGGCGGAAUCGUGCUCCCGGUUGUUGUACAACCGCUUAAAGUGCAUCAGACGCGUCUUGAUGGGCUCAAUCUUGUAGAUC ....((..((((....))))..))((((((((((((((((.(((((..(.((((.(.((((((.....))))))......).)))).)..).))))))))))))))))))))........ ( -47.10) >DroWil_CAF1 791 120 - 1 UUCAAAAGACUGCAAGCGGUGGGUAAAGUCAUUUCAUCCACAUCCUUGUCAUACUCUCGAUUGUUAUACAAGCGCUUAUAGUGCAUAAGUUGAGACCGAAUCGGCUCCACCUUGUAGAUU .........((((((..(((((....((((..(((....(((....))).....(((((((((.....)..((((.....))))...))))))))..)))..)))))))))))))))... ( -29.80) >DroYak_CAF1 798 120 - 1 UUCAGCAGACUGCAGGCGGUAGGCAGGUUGAGCUCAUCGACGGCGGAGUCGUGCUCCCGGUUGUUGUACAACCGCUUAAAGUGCAUCAGACGCGUCUUGAUGGGCUCAAUCUUGUAGAUC ....((..((((....))))..))((((((((((((((((.((((..(((((((.(.((((((.....))))))......).))))..))).))))))))))))))))))))........ ( -50.40) >DroAna_CAF1 751 120 - 1 UUCAGCAGACUGCAGGCGGUGGGCAGGUUGAGCUCAUCAACGGCGGCGUCGUGCUCUCGAUUGUUGUACAAUCGCUUAUAGUGCAUCAGACGCGCCUUGAUGGGCUCAACCUUAUAGAUA ....((..((((....))))..))((((((((((((((((.((((.((((((((.((((((((.....)))))).....)).))))..))))))))))))))))))))))))........ ( -58.70) >consensus UUCAGCAGACUGCAGGCGGUAGGCAGGUUGAGCUCAUCAACGGCGGAGUCGUGCUCCCGAUUGUUGUACAACCGCUUAAAGUGCAUCAGACGCGUCUUGAUGGGCUCAACCUUGUAGAUC ....((..((((....))))..))((((((((((((((((..(((.....(((((..((((((.....)))))).....)))))......)))...))))))))))))))))........ (-31.24 = -33.22 + 1.98)
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