Locus 6415

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 16,790,710 – 16,790,830
Length 120
Max. P 0.994521
window10457

overview

Window 7

Location 16,790,710 – 16,790,830
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.67
Mean single sequence MFE -42.45
Consensus MFE -39.60
Energy contribution -39.35
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 2.49
SVM RNA-class probability 0.994521
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16790710 120 - 27905053
UUGAACUCGGCACGGUUACAGAGAGUGGCAAUGCGAGAGAGCGCCUUGAAUCCAGGGCUGGUUCUAUCGUAUUGAACACCCGACUGAUCCUCAGUUGUGUCGGCCUCGAUGAUCUGAUUA
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>DroPse_CAF1 1273 120 - 1
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>DroGri_CAF1 2989 120 - 1
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>DroWil_CAF1 17085 120 - 1
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>DroAna_CAF1 2642 120 - 1
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>DroPer_CAF1 2698 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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