Locus 6383

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	16,756,528 – 16,756,722
Length	194
Max. P	0.999444

overview

Window 0

Location	16,756,528 – 16,756,648
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.72
Mean single sequence MFE	-45.43
Consensus MFE	-43.29
Energy contribution	-43.82
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.02
Mean z-score	-1.00
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.61
SVM RNA-class probability	0.800096
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16756528 120 + 27905053
CAGGCGUUGUUGAUGCUGCUGCUGCUGGCGGAGGAUGAUUUGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGG
...(((((((((........(((((..(((((......))))))))))((((((((((((((((((.....)))))....)))).)))))))))))))))))).(((((....).)))). ( -46.20)
>DroPse_CAF1 37672 120 + 1
CAGGCGUUGUUGAUGCUGCUGCUGCUGGAGGAGGAUGAUUUGCGCAGUGACGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGACGG
....((((((..((.((.((.(....).)).)).))(((((((((.(.((((((((((((((((((.....)))))....)))).))))))))))(....))))))...)))))))))). ( -44.10)
>DroSim_CAF1 52393 120 + 1
CAGGCGUUGUUGAUGCUGCUGCUGCUGGCGGAGGAUGAUUUGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGG
...(((((((((........(((((..(((((......))))))))))((((((((((((((((((.....)))))....)))).)))))))))))))))))).(((((....).)))). ( -46.20)
>DroEre_CAF1 51204 120 + 1
CAGGCGUUGUUGAUGCUGCUGCUGCUGGCGGAGGAUGAUUUGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGG
...(((((((((........(((((..(((((......))))))))))((((((((((((((((((.....)))))....)))).)))))))))))))))))).(((((....).)))). ( -46.20)
>DroYak_CAF1 34351 120 + 1
CAGGCGUUGUUGAUGCUGCUGCUGCUGGCGGAGGAUGAUUUGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGG
...(((((((((........(((((..(((((......))))))))))((((((((((((((((((.....)))))....)))).)))))))))))))))))).(((((....).)))). ( -46.20)
>DroAna_CAF1 32169 120 + 1
CAGGCGUUGUUGAUGCUGCUGCUGCUGGAGGAGGAUGAUUUGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGG
...(((((((((.....(((((.((................)))))))((((((((((((((((((.....)))))....)))).)))))))))))))))))).(((((....).)))). ( -43.69)
>consensus
CAGGCGUUGUUGAUGCUGCUGCUGCUGGCGGAGGAUGAUUUGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGG
...(((((((((........(((((..(((((......))))))))))((((((((((((((((((.....)))))....)))).)))))))))))))))))).(((((....).)))). (-43.29 = -43.82 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	16,756,568 – 16,756,685
Length	117
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.64
Mean single sequence MFE	-37.88
Consensus MFE	-36.06
Energy contribution	-35.92
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.17
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	3.61
SVM RNA-class probability	0.999444
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16756568 117 + 27905053
UGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGGUCACUGUUGUACCAAAUACCUGAAAAAUGUCAAUAUA
((((((((((((((((((((((((((.....)))))....)))).))))))))).(((..((((........))))...))))))).)))).......................... ( -35.80)
>DroPse_CAF1 37712 115 + 1
UGCGCAGUGACGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGACGGUCACUGUUGUACCAGAUGCCUGCAAAAAAAGAGGA--
...((((.((((((((((((((((((.....)))))....)))).))))))))))((((.((((........))))..(((.((....)))))...)))))))............-- ( -41.20)
>DroSec_CAF1 59003 117 + 1
UGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGGUCACUGUUGUACCAAAUACCUGGAAAAUAUCAAAAUA
((((((((((((((((((((((((((.....)))))....)))).))))))))).(((..((((........))))...))))))).))))(((......))).............. ( -37.90)
>DroSim_CAF1 52433 117 + 1
UGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGGUCACUGUUGUACCAAAUACCUGGAAAAUAUCAAAAUA
((((((((((((((((((((((((((.....)))))....)))).))))))))).(((..((((........))))...))))))).))))(((......))).............. ( -37.90)
>DroEre_CAF1 51244 117 + 1
UGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGGUCACUGUUGUACCAAAUACCUGGAAUAUAUUAAUAUA
((((((((((((((((((((((((((.....)))))....)))).))))))))).(((..((((........))))...))))))).))))(((......))).............. ( -37.90)
>DroYak_CAF1 34391 116 + 1
UGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGGUCACUGUUGUACCAAAUACCUGCAAAAUAU-AAUAUA
(((((.(.((((((((((((((((((.....)))))....)))).))))))))))(....)))))).......((((((((.((....)))))).....)))).......-...... ( -36.60)
>consensus
UGCGCAGUGAUGAUGGUCUCAACCCUUUGACAGGGUACAAUGGGUACUAUCGUCCGGCAACGCGUACCCAAUCGCGGUGGUCACUGUUGUACCAAAUACCUGGAAAAUAUCAAUAUA
((((((((((((((((((((((((((.....)))))....)))).))))))))).(((..((((........))))...))))))).)))).......................... (-36.06 = -35.92 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	16,756,568 – 16,756,685
Length	117
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.64
Mean single sequence MFE	-34.13
Consensus MFE	-31.72
Energy contribution	-31.72
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-0.94
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	0.08
SVM RNA-class probability	0.573615
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16756568 117 - 27905053
UAUAUUGACAUUUUUCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCAUUGUACCCUGUCAAAGGGUUGAGACCAUCAUCACUGCGCA
....((((......))))((((...))))..((((((.....(((((.((((((.((((....))))...)))))))))))(((((.....)))))...........)))))).... ( -32.40)
>DroPse_CAF1 37712 115 - 1
--UCCUCUUUUUUUGCAGGCAUCUGGUACAACAGUGACCGUCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCAUUGUACCCUGUCAAAGGGUUGAGACCAUCGUCACUGCGCA
--...........(((..((.....))....(((((((.((((((((.((((((.((((....))))...)))))))))))(((((.....)))))...)))....))))))).))) ( -38.10)
>DroSec_CAF1 59003 117 - 1
UAUUUUGAUAUUUUCCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCAUUGUACCCUGUCAAAGGGUUGAGACCAUCAUCACUGCGCA
..............((((....)))).....((((((.....(((((.((((((.((((....))))...)))))))))))(((((.....)))))...........)))))).... ( -32.60)
>DroSim_CAF1 52433 117 - 1
UAUUUUGAUAUUUUCCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCAUUGUACCCUGUCAAAGGGUUGAGACCAUCAUCACUGCGCA
..............((((....)))).....((((((.....(((((.((((((.((((....))))...)))))))))))(((((.....)))))...........)))))).... ( -32.60)
>DroEre_CAF1 51244 117 - 1
UAUAUUAAUAUAUUCCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCAUUGUACCCUGUCAAAGGGUUGAGACCAUCAUCACUGCGCA
..((((((.((((.....))))))))))...((((((.....(((((.((((((.((((....))))...)))))))))))(((((.....)))))...........)))))).... ( -32.80)
>DroYak_CAF1 34391 116 - 1
UAUAUU-AUAUUUUGCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCAUUGUACCCUGUCAAAGGGUUGAGACCAUCAUCACUGCGCA
......-.......((((.....((((.((((..((((....(((((.((((((.((((....))))...))))))))))).....))))....))))..))))......))))... ( -36.30)
>consensus
UAUAUUGAUAUUUUCCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCAUUGUACCCUGUCAAAGGGUUGAGACCAUCAUCACUGCGCA
...............(((.....((((.((((..((((....(((((.((((((.((((....))))...))))))))))).....))))....))))..))))......))).... (-31.72 = -31.72 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	16,756,608 – 16,756,722
Length	114
Sequences	5
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.17
Mean single sequence MFE	-28.58
Consensus MFE	-20.56
Energy contribution	-21.48
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.920613
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16756608 114 - 27905053
GCAACCAAAUUUCAACAUACAGAAUAA---UUGUAACAAAUAUAUUGACAUUUUUCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCA
((........(((........)))...---(((((.(((((((.((((......))))))))))).)))))...........))...(((((((.((((....))))...))))))) ( -26.20)
>DroSec_CAF1 59043 114 - 1
ACAAUCAAAACUCAACAUACAGAAUAU---UUGUAGCAAAUAUUUUGAUAUUUUCCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCA
..((((.....................---(((((.(((((((((.((.....)).))))))))).)))))..(((.....)))))))((((((.((((....))))...)))))). ( -31.40)
>DroSim_CAF1 52473 112 - 1
--AAUCAAAACUCAACAUGCAGAAUAA---UUGUAGCAAAUAUUUUGAUAUUUUCCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCA
--((((.....................---(((((.(((((((((.((.....)).))))))))).)))))..(((.....)))))))((((((.((((....))))...)))))). ( -31.20)
>DroEre_CAF1 51284 94 - 1
-----------------------ACCAACUAUAUACCAAAUAUAUUAAUAUAUUCCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCA
-----------------------....((((.(((((.((((((....))))))...))))).))))......(((.....)))...(((((((.((((....))))...))))))) ( -25.10)
>DroYak_CAF1 34431 113 - 1
GACACCAAAAGUCACUAUACGGAACCA---UUAAACCAAAUAUAUU-AUAUUUUGCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCA
..........((((((....(....).---....(((((((((..(-(.....))...))))))))).....)))))).........(((((((.((((....))))...))))))) ( -29.00)
>consensus
__AACCAAAACUCAACAUACAGAAUAA___UUGUACCAAAUAUAUUGAUAUUUUCCAGGUAUUUGGUACAACAGUGACCACCGCGAUUGGGUACGCGUUGCCGGACGAUAGUACCCA
...............................((((.(((((((...((.....))...))))))).))))...(((.....)))...(((((((.((((....))))...))))))) (-20.56 = -21.48 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

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