Locus 6355

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	16,648,557 – 16,648,732
Length	175
Max. P	0.990636

overview

Window 5

Location	16,648,557 – 16,648,662
Length	105
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.27
Mean single sequence MFE	-32.02
Consensus MFE	-22.13
Energy contribution	-21.63
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.03
SVM RNA-class probability	0.902803
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16648557 105 + 27905053
UCACCACCCGUAAGACUCCUUGUGGUGAGGGUUCCAAGACCUGGGAUCGCUUCCAGGUGGGUU-AUCCCCUAUAAUAUAUAUAGUA-----ACAAACGGGCGAAUCUGAUA
(((((((....(((....))))))))))(((((((..(((((((((....))))))))(((..-..)))(((((.....)))))..-----.....)..).)))))).... ( -30.80)
>DroVir_CAF1 1393 106 + 1
UCACCACCCGUAAGACUCCUUGCGGUGAGGGUUCCAAGACCUGGGAUCGUUUCCAGGUGAGUC-U---CAAGUUCAGCCAUCGAUUGUUC-UUAAAUGGACAGAUCAGAUA
.......(((((((....)))))))(((((.((.....((((((((....)))))))))).))-)---)).........(((((((((((-......))))).))).))). ( -32.50)
>DroPse_CAF1 1047 106 + 1
UCACCACCCGUAAGACUCCUUGCGGUGAGGGUUCCAAGACUUGGGAUCGUUUCCAGGUGAGAU-C---UCCAUUCAUCAUUUAUUACCAC-AUGAAUGGGCAGAUCUGAUA
(((((..(((((((....))))))).((.(((((((.....))))))).))....)))))(((-(---(((((((((.............-))))))))..)))))..... ( -36.92)
>DroEre_CAF1 1114 105 + 1
UCACAACCCGUAAGACUCCUUGUGGUGAGGGUUCGAAGACCUGGGAUCGCUUCCAGGUGGGUU-AUUUCUUAUAGUAUACAUAAUU-----AAAAAUGGGCAGAUCUGAUA
(((.(((((....((..((((.....))))..))....((((((((....)))))))))))))-..........((...(((....-----....))).)).....))).. ( -25.80)
>DroAna_CAF1 7769 111 + 1
UCACCACCCGUAAGACUCCUUGCGGUGAGGGUUCCAAGACCUGGGAUCGCUUCCAGGUGGGUUUAUCUUCCAAGAACUGACUAUUACUUCUGUUAUUGGGCAGACCUGAUA
...((.((((((((....))))))).).))((((....((((((((....))))))))(((.......)))..))))....(((((..((((((....))))))..))))) ( -34.90)
>DroPer_CAF1 1064 106 + 1
UCACCACCCGUAAGACUCCUUGCGGUGAGGGUUCCAAGACUUGGGAUCGUUUCCAGGUGAGAU-C---CUUAUUUAACAUUUAUUACCAC-UUGAAUGGGCAGAUCUGAUA
(((((..(((((((....))))))).((.(((((((.....))))))).))....)))))(((-(---(((((((((.............-)))))))))..))))..... ( -31.22)
>consensus
UCACCACCCGUAAGACUCCUUGCGGUGAGGGUUCCAAGACCUGGGAUCGCUUCCAGGUGAGUU_A___CCUAUUAAACAUUUAUUAC__C_AUAAAUGGGCAGAUCUGAUA
...((.((((((((....))))))).).))((((....((((((((....))))))))(((.......)))..........................)))).......... (-22.13 = -21.63 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	16,648,631 – 16,648,732
Length	101
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.28
Mean single sequence MFE	-29.18
Consensus MFE	-22.53
Energy contribution	-21.90
Covariance contribution	-0.63
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	2.22
SVM RNA-class probability	0.990636
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16648631 101 + 27905053
UAUAUAUAGUA----ACAAACGGGCGAAUCUGAUAUCGUGGUUGGGCAUUCAACCAGUCGCUCCACAGUAUCA---AUGAUUUGCCCAGAUAAAACGUAUUCUCAUAG
...........----......(((((((((((((((.((((((((........)))).....)))).))))))---..)))))))))..................... ( -28.90)
>DroVir_CAF1 1464 105 + 1
AGCCAUCGAUUGUUCUUAAAUGGACAGAUCAGAUAUCGUGCUUUGGCACUUAAACUACCUUUGCACAGUAUCA---UCGAUUUGCCCAGAUUAAACGUAUUCUCAUAG
.((.(((((((((((......))))))....(((((.((((...((...........))...)))).))))).---)))))..))....................... ( -22.30)
>DroPse_CAF1 1118 108 + 1
AUCAUUUAUUACCACAUGAAUGGGCAGAUCUGAUAUCGUGGUUCGGUAUUAAACCUGCCGUUGCACAGUAUCAUAUGCGGUCUGCCCAGACUAAACGUGUUCUCAUAG
.............(((((..((((((((((((((((.(((...(((((.......)))))...))).)))))).....)))))))))).......)))))........ ( -33.40)
>DroEre_CAF1 1188 101 + 1
UAUACAUAAUU----AAAAAUGGGCAGAUCUGAUAUCGUGGUUGGGCGUUCAACCAGUCGUUCCACAGUAUUA---AUGAUUUGCCCAGAUAAAACGUAUUCUCAUAG
...........----.....((((((((((((((((.((((...(((.........)))...)))).))))))---..)))))))))).................... ( -28.00)
>DroMoj_CAF1 1468 103 + 1
AUCCCUGGAUUCUGCUUUUGUGGGCAGAUCAGAUAUCGUGGUUUGGCAC--AAUCUGCCAUUGUACAGUAUCA---CCGAUUUGCCCAGAGUAAACGUAUUCUCAUAG
(((....)))..(((((...((((((((((.(((((.(((...(((((.--....)))))...))).))))).---..)))))))))))))))............... ( -31.50)
>DroPer_CAF1 1135 108 + 1
AACAUUUAUUACCACUUGAAUGGGCAGAUCUGAUAUCGUGGUUCGGUAUUUAACCUGCCGUUGUACAGUAUCAUAUGCGGUCUGCCCAGACUAAACGUGUUCUCAUAG
............(((((...((((((((((((((((.(((...(((((.......)))))...))).)))))).....)))))))))).....)).)))......... ( -31.00)
>consensus
AACAUUUAAUAC__CAUAAAUGGGCAGAUCUGAUAUCGUGGUUCGGCAUUCAACCUGCCGUUGCACAGUAUCA___ACGAUUUGCCCAGAUUAAACGUAUUCUCAUAG
....................((((((((((((((((.(((....(((.........)))....))).)))))).....)))))))))).................... (-22.53 = -21.90 +  -0.63)

alignment

secondary structure

dotplot

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