Locus 6335

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	16,578,793 – 16,578,910
Length	117
Max. P	0.999964

overview

Window 1

Location	16,578,793 – 16,578,910
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.05
Mean single sequence MFE	-44.03
Consensus MFE	-37.32
Energy contribution	-38.36
Covariance contribution	1.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.79
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	4.05
SVM RNA-class probability	0.999775
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16578793 117 + 27905053
AAAUCGAUUGCUGGUUGUCAACGAUGCAGCAGCCAAGGAUUUAUGCCCCUUUCGAGAAAGUCCUUUCAGU---GCUUGGCCGCUGUAUCGUUUACACUCGUUGGUCAGAGAACUAGCAGC
.......(((((((((((.(((((((((((.((((((.(((.......((((....)))).......)))---.)))))).))))))))))).)).(((........)))))))))))). ( -46.04)
>DroSec_CAF1 135008 117 + 1
AAAUCGAUUGCUGGUUGUCAACGAUGCAGCAGCCAAGGAUUCAUGCCCCUUUCGAGAACGUCCUCUCAGU---GCUUGGCCGCUGUAUCGUUUACACUCGUUGUUCAGAGAACUAGCAGC
.......(((((((((((.(((((((((((.((((((.(((............((((......)))))))---.)))))).))))))))))).)).(((........)))))))))))). ( -46.50)
>DroSim_CAF1 140011 117 + 1
AAAUCGAUUGCUGGUUGUCAACGAUGCAGCAGCCAAGGAUUCAUGCCCCUUUCGAGAACGUCCUCUCAGU---GCUUGGCCGCUGUAUCGUUUACACUCGUUGUUCAGAGAACUAGCAGC
.......(((((((((((.(((((((((((.((((((.(((............((((......)))))))---.)))))).))))))))))).)).(((........)))))))))))). ( -46.50)
>DroEre_CAF1 139110 117 + 1
AAAUCGAUUGCUGGUUGUCAACGAUCCAGCGGCCAAGGACUCAUGCCCCUUUCGAGAACAUCCUCCCAAU---GCUUAGCCGCUGUAUCGUUUACACUCGUUGAUCAGAGAACUAGCAGC
.......(((((((((((.((((((.(((((((.((((.........))))..(((......))).....---.....))))))).)))))).)).(((........)))))))))))). ( -39.60)
>DroYak_CAF1 135126 120 + 1
AAAUCGAUUGCUGGUUGUCAACGAUGCAGCGGCCAAGCACUCACGCCCCUUUCGAGAACGUUCUCACAAAACAGCUUAGCCGCUGUAUCGUUUACACACGUUGUUCAGAGAUCUAGCAGC
.......(((((((.(.((((((((((((((((.((((.(((...........)))...(((.......))).)))).)))))))))))))).(((.....)))...)).).))))))). ( -41.50)
>consensus
AAAUCGAUUGCUGGUUGUCAACGAUGCAGCAGCCAAGGAUUCAUGCCCCUUUCGAGAACGUCCUCUCAGU___GCUUGGCCGCUGUAUCGUUUACACUCGUUGUUCAGAGAACUAGCAGC
.......(((((((((((.(((((((((((.((((((((............))(((......))).........)))))).))))))))))).)).(((........)))))))))))). (-37.32 = -38.36 +   1.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	16,578,793 – 16,578,910
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.05
Mean single sequence MFE	-44.52
Consensus MFE	-40.42
Energy contribution	-39.74
Covariance contribution	-0.68
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.27
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	4.95
SVM RNA-class probability	0.999964
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16578793 117 - 27905053
GCUGCUAGUUCUCUGACCAACGAGUGUAAACGAUACAGCGGCCAAGC---ACUGAAAGGACUUUCUCGAAAGGGGCAUAAAUCCUUGGCUGCUGCAUCGUUGACAACCAGCAAUCGAUUU
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>DroSec_CAF1 135008 117 - 1
GCUGCUAGUUCUCUGAACAACGAGUGUAAACGAUACAGCGGCCAAGC---ACUGAGAGGACGUUCUCGAAAGGGGCAUGAAUCCUUGGCUGCUGCAUCGUUGACAACCAGCAAUCGAUUU
((((...((((...))))......(((.((((((.(((((((((((.---.((....)).(((((((....)))).)))....))))))))))).)))))).)))..))))......... ( -45.10)
>DroSim_CAF1 140011 117 - 1
GCUGCUAGUUCUCUGAACAACGAGUGUAAACGAUACAGCGGCCAAGC---ACUGAGAGGACGUUCUCGAAAGGGGCAUGAAUCCUUGGCUGCUGCAUCGUUGACAACCAGCAAUCGAUUU
((((...((((...))))......(((.((((((.(((((((((((.---.((....)).(((((((....)))).)))....))))))))))).)))))).)))..))))......... ( -45.10)
>DroEre_CAF1 139110 117 - 1
GCUGCUAGUUCUCUGAUCAACGAGUGUAAACGAUACAGCGGCUAAGC---AUUGGGAGGAUGUUCUCGAAAGGGGCAUGAGUCCUUGGCCGCUGGAUCGUUGACAACCAGCAAUCGAUUU
((((......(((........)))(((.((((((.((((((((....---.(((((((....))))))).((((((....)))))))))))))).)))))).)))..))))......... ( -43.00)
>DroYak_CAF1 135126 120 - 1
GCUGCUAGAUCUCUGAACAACGUGUGUAAACGAUACAGCGGCUAAGCUGUUUUGUGAGAACGUUCUCGAAAGGGGCGUGAGUGCUUGGCCGCUGCAUCGUUGACAACCAGCAAUCGAUUU
((((.(((....))).........(((.((((((.((((((((((((.((((.....))))...(((....)))((....)))))))))))))).)))))).)))..))))......... ( -47.20)
>consensus
GCUGCUAGUUCUCUGAACAACGAGUGUAAACGAUACAGCGGCCAAGC___ACUGAGAGGACGUUCUCGAAAGGGGCAUGAAUCCUUGGCUGCUGCAUCGUUGACAACCAGCAAUCGAUUU
((((......(((........)))(((.((((((.(((((((((((.....((....))....((((....))))........))))))))))).)))))).)))..))))......... (-40.42 = -39.74 +  -0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

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