Locus 6303

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	16,451,912 – 16,452,023
Length	111
Max. P	0.998171

overview

Window 3

Location	16,451,912 – 16,452,023
Length	111
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	67.62
Mean single sequence MFE	-50.45
Consensus MFE	-19.06
Energy contribution	-19.70
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-3.11
Structure conservation index	0.38
SVM decision value	3.02
SVM RNA-class probability	0.998171
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16451912 111 + 27905053
GGCUCAGCGGCCGCCGCUGCUGCAGCUGCUGCUGCGAGAUUAUCGCCCCAAUCGGCCUAUCACGCGUUCGCGUAUAACGGAGUGGGAG---CGGCUGUUGCCGCUGCAGCAGCU
(((((((((((....))))))).))))((((((((...........((((.((.(..(((.((((....))))))).).)).))))((---((((....)))))))))))))). ( -58.70)
>DroPse_CAF1 7550 99 + 1
--------AGCAG-------UUCGGCUGCAGCCGCGAGACUGUCACCUCCCUCGCCGUAUCAUCCGUUUGCCUAUAAUGGCGUCGGAGCAGCCGCUGUAGCGGCUGCUGCAGCU
--------.....-------...(((((((((.(((((............))))).))....((((..((((......)))).))))((((((((....))))))))))))))) ( -47.10)
>DroGri_CAF1 10232 104 + 1
AUUCGAGCAGCGG-------U---GGAGCCGUGGCUCGACUAUCACCACAAUCGCCGUAUCAUCCUUUUGGCUAUAAUGGUGUGAGUGCUGCGGCUGUUGCUGUUGCCGCGGCC
...(((((.((((-------.---....)))).)))))(((..(((((..((.((((...........)))).))..)))))..)))((((((((..........)))))))). ( -43.70)
>DroSec_CAF1 7962 110 + 1
GGCUCAGCGGCCGCCGCUGCUGCAGCUGCUGCUGCGAGAUUAUCGCCACAAUCGGCGUAUCACGCGUUCACGUAUA-CGGAGUGAGAG---CGGCUGUUGCCGCUGCAGCAGCU
.((.((((((...))))))..))(((((((((.(((.(((...((((......)))).))).))).(((((.....-....)))))((---((((....))))))))))))))) ( -56.90)
>DroYak_CAF1 8620 111 + 1
AGUUCAGCGGCCGCCGCUGCUGCAGCUGCUGCUGCGAGAUUAUCGCCCCAAUCGGCCUAUCACGCAUUCGCGUAUAACGGAGUGGGGG---CGGCUGUUGCCGCAGCAGCAGCA
....(((((((....)))))))..((((((((((((.(((..(((((((..((.(..(((.((((....))))))).).))...))))---)))..)))..)))))))))))). ( -61.90)
>DroMoj_CAF1 7947 101 + 1
AGACGAGUAG----------U---GCGGCUGGAGCACGAUUAUCACCACAAUCGCCGUAUCAUCCAUUUAGCUAUAAUGGUGUUAAUGCGGCCGCUGUGGCAGUCGCAGCGGCU
.....(((..----------(---(((((((((.........)).(((((...(((((((((.(((((.......)))))))...)))))))...)))))))))))))...))) ( -34.40)
>consensus
AGCUCAGCAGCCG_______UGCAGCUGCUGCUGCGAGAUUAUCACCACAAUCGCCGUAUCACCCGUUCGCCUAUAACGGAGUGAGAG___CGGCUGUUGCCGCUGCAGCAGCU
........................((((((((.((..((((........)))).......................................(((....))))).)))))))). (-19.06 = -19.70 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	16,451,912 – 16,452,023
Length	111
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	67.62
Mean single sequence MFE	-47.59
Consensus MFE	-18.99
Energy contribution	-19.55
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.94
Structure conservation index	0.40
SVM decision value	2.91
SVM RNA-class probability	0.997704
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16451912 111 - 27905053
AGCUGCUGCAGCGGCAACAGCCG---CUCCCACUCCGUUAUACGCGAACGCGUGAUAGGCCGAUUGGGGCGAUAAUCUCGCAGCAGCAGCUGCAGCAGCGGCGGCCGCUGAGCC
(((((((((((((((....))))---))((((.((.(((.(((((....)))))...))).)).))))((((.....)))).)))))))))((..((((((...)))))).)). ( -57.20)
>DroPse_CAF1 7550 99 - 1
AGCUGCAGCAGCCGCUACAGCGGCUGCUCCGACGCCAUUAUAGGCAAACGGAUGAUACGGCGAGGGAGGUGACAGUCUCGCGGCUGCAGCCGAA-------CUGCU--------
.((((((((((((((....))))))))((((..(((......)))...)))).....(.((((((..(....)..)))))).).))))))....-------.....-------- ( -48.50)
>DroGri_CAF1 10232 104 - 1
GGCCGCGGCAACAGCAACAGCCGCAGCACUCACACCAUUAUAGCCAAAAGGAUGAUACGGCGAUUGUGGUGAUAGUCGAGCCACGGCUCC---A-------CCGCUGCUCGAAU
.((.(((((..........))))).)).....((((((....(((.............)))....))))))....((((((..(((....---.-------)))..)))))).. ( -38.32)
>DroSec_CAF1 7962 110 - 1
AGCUGCUGCAGCGGCAACAGCCG---CUCUCACUCCG-UAUACGUGAACGCGUGAUACGCCGAUUGUGGCGAUAAUCUCGCAGCAGCAGCUGCAGCAGCGGCGGCCGCUGAGCC
(((((((((((((((....))))---)).((((....-.....))))..(((.(((.(((((....)))))...))).))).)))))))))((..((((((...)))))).)). ( -53.40)
>DroYak_CAF1 8620 111 - 1
UGCUGCUGCUGCGGCAACAGCCG---CCCCCACUCCGUUAUACGCGAAUGCGUGAUAGGCCGAUUGGGGCGAUAAUCUCGCAGCAGCAGCUGCAGCAGCGGCGGCCGCUGAACU
.((((((((((((((....)))(---((((...((.(((.(((((....)))))...))).))..))))).........))))))))))).....((((((...)))))).... ( -56.00)
>DroMoj_CAF1 7947 101 - 1
AGCCGCUGCGACUGCCACAGCGGCCGCAUUAACACCAUUAUAGCUAAAUGGAUGAUACGGCGAUUGUGGUGAUAAUCGUGCUCCAGCCGC---A----------CUACUCGUCU
.(((((((.(.....).)))))))........(((((((.......))))).))....(((((..((((((.....((.((....)))))---)----------))))))))). ( -32.10)
>consensus
AGCUGCUGCAGCGGCAACAGCCG___CUCCCACUCCAUUAUACGCAAACGCAUGAUACGCCGAUUGUGGCGAUAAUCUCGCAGCAGCAGCUGCA_______CGGCCGCUGAACU
.((((((((..((((....))))......................................(((((......)))))..))))))))........................... (-18.99 = -19.55 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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