Locus 6286

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	16,400,618 – 16,400,806
Length	188
Max. P	0.998512

overview

Window 2

Location	16,400,618 – 16,400,731
Length	113
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.31
Mean single sequence MFE	-23.08
Consensus MFE	-17.83
Energy contribution	-17.75
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.28
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.516929
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16400618 113 + 27905053
A-----ACCUUUGUAAUCUGCGCAUUUGAGGUGACAAAUCCAUCGCAUAUUUGUUUACCGUGAUCUACGCAGAGAGAUUAAAACUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAUCUAAAAA-CC
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>DroVir_CAF1 9652 119 + 1
UUUUUGGCUAUUUUAUUCUGCACAUUUGAGGUGACAAAUUGAUUACAUAUUUGUUUACCGUGAUCUAUGCAGAUAGAUUAAAACUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUAAAUAUCA
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>DroGri_CAF1 6890 114 + 1
U-----AUCUUUUUAUUCUGUGCAUUUGAGGUGACAAAUUUACUGCAUAUUUGUUUACCGUGAUCUACGCAGAUAAAUAAAACCUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUAAAAAUCC
.-----...((((((.....((.((((((((((((((((.........))))).)))))((((((.((((((...........)))))).))))))....))))))))..))))))... ( -23.60)
>DroWil_CAF1 11459 104 + 1
---------CUUUUAUUCUGUGCAUUUGAGGUGGCAAAUUAAUUGAAUAUUUGUUUACCGUGAUCUACACAGAUAGAUUAA-AUUGGAUCGAUUUCCGUGUUAAAUCAACUGAA-----
---------.......((((((.(((...((((((((((.........))))).)))))..)))...))))))..((((.(-((((((......)))).))).)))).......----- ( -20.50)
>DroMoj_CAF1 8264 119 + 1
UUUUUGGUCAUUUUAUUCUGUGCAUUUGAGGUGACAAAUUUAAUGCAUAUUUGUUUACCGUGAUCUACACAGAUAGAUUAAAAUUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUGAAAAUCA
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>DroAna_CAF1 6691 113 + 1
G-----ACACUUAUAAUCUGUGCAUUUGAGGUGACAAAUUAAACUCAUAUUUGUUUACCGUGAUCUACACAGAGAGAUUAAAACUGUUUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUAACAA-CA
(-----((((......((((((.(((...((((((((((.........))))).)))))..)))...))))))(((((.......))))).......)))))..............-.. ( -22.30)
>consensus
U_____ACCAUUUUAUUCUGUGCAUUUGAGGUGACAAAUUAAUUGCAUAUUUGUUUACCGUGAUCUACACAGAUAGAUUAAAACUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUAAAAA_CA
.....................((((....((((((((((.........))))).)))))((((((.((((((...........)))))).)))))).)))).................. (-17.83 = -17.75 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	16,400,692 – 16,400,806
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.38
Mean single sequence MFE	-29.33
Consensus MFE	-14.97
Energy contribution	-14.91
Covariance contribution	-0.05
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-3.13
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	3.13
SVM RNA-class probability	0.998512
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16400692 114 + 27905053
AAAACUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAUCUAAAAA-CCAGUGUGAUAUUAACCCCGUAAGACUCAGACAUGUGCUG-CCAAAGACUACACUU-U--UUGGCCAGCUC-GCUUUGAAGC
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>DroVir_CAF1 9731 99 + 1
AAAACUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUAAAUAUCAAGUGUGAUCUUAACCCCGUAAGACUCAGACACGUGUUUGCU--------------U--UUAGCAGACGC-A--UUUCG--
......(((((..((((.(.((((((((((((........))).)))).))))).).))))......)))))((((((((.--------------.--...))))))))-.--.....-- ( -27.20)
>DroPse_CAF1 4015 117 + 1
AAAACUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUGAAUAUCAAGUGUGAUCUUAACCCCGUAAGACUCAGACACGUGCUA-CUAACGGAUUCCCAU-UCCGUUAGUCGCCC-GAUUCUAUAU
....(((.(((...(((.(.((((((((((((........))).)))).))))).).))).))).)))...((.((.(-((((((((.......-))))))))).)).)-)......... ( -34.00)
>DroGri_CAF1 6964 100 + 1
AAACCUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUAAAAAUCCAGUGUGAUCUUAACCCCGUAAGACUCAGACACGUGUUUGCCA-------------U--UUGGCAAACGC-A--UUAGA--
......(((((..((((.(.((((((((((((........))).)))).))))).).))))......)))))(((((((((.-------------.--..)))))))))-.--.....-- ( -30.30)
>DroAna_CAF1 6765 111 + 1
AAAACUGUUUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUAACAA-CAAGUGUGAUUUUAACCCCGUAAGACUCAGACACGUGUUG-CCAAAGAUGAAAAUAUC--UUGGUCAACCACAC-----AAC
....(((..((...(((.(.((((((((((((.....-..))).))).)))))).).))).))..)))....((((((-((((.((((....))))--)))).))).)))..-----... ( -22.30)
>DroPer_CAF1 4080 117 + 1
AAAACUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUGAAUAUCAAGUGUGAUCUUAACCCCGUAAGACUCAGACACGUGCUA-CUAACGGAUUCCCAU-UCCGUUAGUCGCCC-GAUUCUAUAU
....(((.(((...(((.(.((((((((((((........))).)))).))))).).))).))).)))...((.((.(-((((((((.......-))))))))).)).)-)......... ( -34.00)
>consensus
AAAACUGUGUCGAUUACCGUGUUAAAUCAACUAAAAAUCAAGUGUGAUCUUAACCCCGUAAGACUCAGACACGUGCUA_CCAA_G__U_C_C_U_U__UUGGCAAACCC_A__UUUAAA_
......(((((..((((.(.((((((((((((........))).)))).))))).).))))......)))))..((((.(((.................))).))))............. (-14.97 = -14.91 +  -0.05)

alignment

secondary structure

dotplot

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