Locus 627

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,317,507 – 2,317,648
Length 141
Max. P 0.995192
window997 window998

overview

Window 7

Location 2,317,507 – 2,317,627
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.60
Mean single sequence MFE -46.65
Consensus MFE -17.77
Energy contribution -17.05
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.38
SVM decision value 1.06
SVM RNA-class probability 0.907821
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2317507 120 - 27905053
GGCGAAGGCCACCUAGUGGUGGUGGUCUUGUUGGAUUGGGUGGUGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUGACAGACGUGGCCGAGAUGCACAUAUUUUGACACGGCUUUUGUGCUGUGGCGUAG
(((.(((((((((.......))))))))))))......(((((((.....)))))))(((..(((.....)))..)))...((((.((.....)).((((((......)))))))))).. ( -49.50)
>DroPse_CAF1 27823 108 - 1
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..((((------------((((..(((((((..(.((((((((((.....)))))))))).)..)))))))..).((((((.((....))))).)))..)))))))((((....)))).. ( -41.00)
>DroGri_CAF1 94685 108 - 1
GGCGAU------------GCGGUUGUCUUUGUGGUGUUCGUCGUGACGGUCAUCACGGGCUGUGUGAGAGCUGUCGCAGAUUUGCAGCUGCUAUGGCAGCCUUUUUGUGCGGUCGCGUAC
.(((((------------(((((((((...(..((((..(((((((((((..(((((.....)))))..)))))))).)))..))).)..)...))))))).......)).))))).... ( -43.71)
>DroEre_CAF1 28793 120 - 1
GGCGAAGGCCACCUAGUGGUGGUGGCCUUGGUGGAUUGGGUGGUGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUGACAGACCUGGCAGAGAUGCACGUAUUCUGACCGGGCUUUUGUGCUGUAGCGUAG
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>DroYak_CAF1 22891 120 - 1
GGCGAAGGCCACCUAGUGGUGGUUGUCUUGGUGGAUUGGGUGGCGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUGACAGACGUGGCAGGGAUGCACGCAUUCUGGCCGGGCUUUUGUGCUUGGGCGUAG
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>DroPer_CAF1 27656 108 - 1
GGGGAA------------GUUGUGGUCUUGGUUGUGUUCGUGGUGAUGGUCAUCACGGGCUUGGUCAGGGCUGUGGCCGAGAUGCAGGUGCUCUGGCAGGGCUUUUGUGCGGUCGCAUAG
......------------.....((((((((..(.((((((((((.....)))))))))).)..))))))))(((((((....(((((.((((.....)))).))))).))))))).... ( -45.70)
>consensus
GGCGAA____________GUGGUGGUCUUGGUGGAGUGCGUGGUGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUGACAGACGUGGCAGAGAUGCACGUACUCUGGCAGGGCUUUUGUGCUGUCGCGUAG
..................(((.(((((...........(((((((.....)))))))..(((.....)))....)))))...)))....................(((((....))))). (-17.77 = -17.05 +  -0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 2,317,547 – 2,317,648
Length 101
Sequences 6
Columns 104
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.21
Mean single sequence MFE -42.22
Consensus MFE -21.35
Energy contribution -24.55
Covariance contribution 3.20
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.89
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 2.55
SVM RNA-class probability 0.995192
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2317547 101 - 27905053
GCUCGACUGGC---CAAUCUUUUGGGCGAAGGCCACCUAGUGGUGGUGGUCUUGUUGGAUUGGGUGGUGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUGACAGACGUGGCCGA
..(((((((.(---(((....)))).))(((((((((.......))))))))))))))....(((((((.....)))))))(((..(((.....)))..))).. ( -45.00)
>DroPse_CAF1 27863 92 - 1
GAUACUUUAGCUGGCAAUCUCAUAGGGGAA------------GUUGUGGUCUUGGUUGUGUUCGUGGUGAUGGUCAUCACGGGCUUGGUCAGGGCUGUGGCCGA
...........((((..((((....)))).------------...(..(((((((..(.((((((((((.....)))))))))).)..)))))))..).)))). ( -34.60)
>DroSec_CAF1 23275 104 - 1
GCUCGACUGGCCGCCAAUCUCUGGGGCGAAGGCCACCUAGUGGUGGUGGUCUUGUUGGAUUGGGUGGUGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUAACAGACGUGGCCGA
..(((((.((((((((.((.(((((((....))).)).)).))))))))))..)))))....(((((((.....)))))))(((..(((.....)))..))).. ( -51.20)
>DroSim_CAF1 23451 104 - 1
GCUCGACUGGCCACCAAUCUUUGGGGCGAAGGCCACCUAGUGGUGGUAGUCUUGUUGGAUUGGGUGGUGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUAACAGACGUGGCCGA
((..(((((.((((((......(((((....))).))...)))))))))))..)).......(((((((.....)))))))(((..(((.....)))..))).. ( -47.40)
>DroYak_CAF1 22931 101 - 1
GUUUGCAUGGC---CAAUCUUUGGGGCGAAGGCCACCUAGUGGUGGUUGUCUUGGUGGAUUGGGUGGCGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUGACAGACGUGGCAGG
(((((((((((---(((((((..(((((...((((((....)))))))))))..).))))).((((((....))))))...)))))))...)))))........ ( -40.50)
>DroPer_CAF1 27696 92 - 1
GAUACUUUCGCUGGCAAUCUCAUAGGGGAA------------GUUGUGGUCUUGGUUGUGUUCGUGGUGAUGGUCAUCACGGGCUUGGUCAGGGCUGUGGCCGA
...........((((..((((....)))).------------...(..(((((((..(.((((((((((.....)))))))))).)..)))))))..).)))). ( -34.60)
>consensus
GCUCGACUGGC_G_CAAUCUCUGGGGCGAAGGCCACCUAGUGGUGGUGGUCUUGGUGGAUUGGGUGGUGAUGGUCAUCACCGGCUGUGUAACAGACGUGGCCGA
..............((((((...((((....((((((....)))))).))))....))))))(((((((.....)))))))((((..((.....))..)))).. (-21.35 = -24.55 +   3.20)

alignment

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secondary structure

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