Locus 6194

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 16,188,682 – 16,188,796
Length 114
Max. P 0.863457
window10092

overview

Window 2

Location 16,188,682 – 16,188,796
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.22
Mean single sequence MFE -32.27
Consensus MFE -27.24
Energy contribution -28.30
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.84
SVM RNA-class probability 0.863457
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16188682 114 + 27905053
GCUGCACAAUAAAAUUUAUUGUUGUAGUAGCAAUG--UGUAAGCUCUUUGCGUUUUGUGUGUGUGUUU----GUCACCCACAAUGUCCGUCAGGGGCUUCAUUGUUCGGCCACAUAAUUA
((((((((((((......))))))).)))))...(--((.((((((((.(((.....((((.(((...----..))).)))).....))).))))))))))).................. ( -34.20)
>DroPse_CAF1 18154 118 + 1
--UGCACAAUAAAAUUUAUUGUUGUACUAGCAAUUGUUGUAAGCUUUUGUAUUUGUCUGUGUGUGUCUGUGAGUCGCCCACAAUGUCCGUCAGGGGCUUCAUUGUUCAGCCACAUAAUUA
--(((((((((.....))))).))))...((((..((.....))..)))).........((((((.(((((((..((((....((.....)).)))))))).....))).)))))).... ( -24.10)
>DroSec_CAF1 17886 114 + 1
GCUGCACAAUAAAAUUUAUUGUUGUAGUAGCAAUG--UGUAAGCUCUUUGCGUUUUGUGUGUGUGUUU----GUCACCCACAAUGUCCGUCAGGGGCUUCAUUGUUCAGCCACAUAAUUA
((((((((((((......))))))).)))))...(--((.((((((((.(((.....((((.(((...----..))).)))).....))).))))))))))).................. ( -34.20)
>DroSim_CAF1 11448 114 + 1
GCUGCACAAUAAAAUUUAUUGUUGUAGUAGCAAUG--UGUAAGCUCUUUGCGUUUUGUGUGUGUGUUU----GUCACCCAAAAUGUCCGUCAGGGGCUUCAUUGUUCAGCCACAUAAUUA
((((((((((((......))))))).)))))...(--((.((((((((.((((((((.(.(((.....----..)))))))))))).....))))))))))).................. ( -30.60)
>DroEre_CAF1 17189 114 + 1
GCUGCACAAUAAAAUUUAUUGUUGUAGUAGCAAUG--UGUAAGCUCUUUGCGUUUUGUGUGUGUGCUU----GUCACCCACAAUGUCCGUCAGGGGCUUCAUUGUUCAGCCACAUAAUUA
((((((((((((......))))))).)))))...(--((.((((((((.(((..(((((.(((.....----..))).)))))....))).))))))))))).................. ( -33.90)
>DroYak_CAF1 18578 114 + 1
GCUGCACAAUAAAAUUUAUUGUUGUAGUAGCAAUG--UGUAAGCUCUUGGCGUUUUGUGUGUGUGUUU----GUCACCAACAAUGUCCGUCAGGGGCUUCAUUGUUCAGCCACAUAAUUA
((((((((((((......))))))).)))))...(--((.((((((((((((..((((.((.(((...----..)))))))))....))))))))))))))).................. ( -36.60)
>consensus
GCUGCACAAUAAAAUUUAUUGUUGUAGUAGCAAUG__UGUAAGCUCUUUGCGUUUUGUGUGUGUGUUU____GUCACCCACAAUGUCCGUCAGGGGCUUCAUUGUUCAGCCACAUAAUUA
(((((((((((.....))))).))))))(((((((.....((((((((.(((.....((((.(((.........))).)))).....))).))))))))))))))).............. (-27.24 = -28.30 +   1.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:15:02 2006