Locus 6181

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 16,177,191 – 16,177,311
Length 120
Max. P 0.618766
window10072

overview

Window 2

Location 16,177,191 – 16,177,311
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.94
Mean single sequence MFE -31.42
Consensus MFE -27.00
Energy contribution -27.00
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.618766
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16177191 120 + 27905053
CGGCUCGAUUGCGGCUUAUUUGAUUUUCAUUAGGCAUAACUCAAUUUGAAGCAAAUAAAAUACGCUCAGCCGCAGAUGAGCUGCUUAUACAAUAACAGCAGACGGAUCCGGAGAUGUUGA
(((((((.((((((((((((((.(((..(((((......)).)))..))).))))))..........)))))))).)))))))............(((((..((....))....))))). ( -34.10)
>DroPse_CAF1 6549 120 + 1
CGGCUCGAUUGCGGCUUAUUUGAUUUUCAUUAGGCAUAACUCAAUUUGAAGCAAAUAAAAUGCGCUCAGCCGCAGAUGAGCUGCUUAUACAAUAACAGCAGUAACAGCAACAGCCACUGC
(((((((.((((((((((((((.(((..(((((......)).)))..))).))))))..........)))))))).)))))))..............(((((....((....)).))))) ( -32.30)
>DroSec_CAF1 6455 120 + 1
CGGCUCGAUUGCGGCUUAUUUGAUUUUCAUUAGGCAUAACUCAAUUUGAAGCAAAUAAAAUACGCUCAGCCGCAGAUGAGCUGCUUAUACAAUAACAGCAGACGGAUCCGGAGAUGUUGA
(((((((.((((((((((((((.(((..(((((......)).)))..))).))))))..........)))))))).)))))))............(((((..((....))....))))). ( -34.10)
>DroPer_CAF1 6434 114 + 1
CGGCUCGAUUGCGGCUUAUUUGAUUUUCAUUAGGCAUAACUCAAUUUGAAGCAAAUAAAAUGCGCUCAGCCGCAGAUGAGCUGCUUAUACAAUAACAGCAGUAACAGCAACAGC------
.((((((.((((((((((((((.(((..(((((......)).)))..))).))))))..........)))))))).))))))(((..(((..........)))..)))......------ ( -28.00)
>DroEre_CAF1 5261 120 + 1
CGGCUCGAUUGCGGCUUAUUUGAUUUUCAUUAGGCAUAACUCAAUUUGAAGCAAAUAAAACACGCUCAGCCGCAGAUGAGCUGCUUAUACCAUAACAGCAAACGGAUCCGGAGACGUCGA
(((((((.((((((((((((((.(((..(((((......)).)))..))).))))))..........)))))))).)))))))...................(((...((....))))). ( -31.00)
>DroYak_CAF1 7291 120 + 1
CGGCUCGAUUGCGGCUUAUUUGAUUUUCAUUAGGCAUAACUCAAUUUGAAGCAAAUAAAAUACGCUCAGCCGCAGAUGAGCUGCUUAUACAAUAACAGUAGACGGAUCCGGGGAUGAAGA
(((((((.((((((((((((((.(((..(((((......)).)))..))).))))))..........)))))))).)))))))............((.....((....))....)).... ( -29.00)
>consensus
CGGCUCGAUUGCGGCUUAUUUGAUUUUCAUUAGGCAUAACUCAAUUUGAAGCAAAUAAAAUACGCUCAGCCGCAGAUGAGCUGCUUAUACAAUAACAGCAGACGGAUCCGGAGAUGUUGA
(((((((.((((((((((((((.(((..(((((......)).)))..))).))))))..........)))))))).)))))))..................................... (-27.00 = -27.00 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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