Locus 6163

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 16,153,720 – 16,153,813
Length 93
Max. P 0.999549
window10044

overview

Window 4

Location 16,153,720 – 16,153,813
Length 93
Sequences 5
Columns 94
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.47
Mean single sequence MFE -36.72
Consensus MFE -33.58
Energy contribution -32.42
Covariance contribution -1.16
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.51
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 3.71
SVM RNA-class probability 0.999549
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16153720 93 + 27905053
CGAGUAAUCGACUAUCGGCCGGCCAGGGCUGGUGGCGCUAGAGAGCCUAACACUGGGUGGGUCGAUAACAGCUAUCGAUUAUUU-GGACACUCC
(((((((((((.((((((((.(((..((.((..(((........)))...)))).))).)))))))).......))))))))))-)........ ( -34.90)
>DroSec_CAF1 23731 94 + 1
CGAGUAAUCGACUAUCGGCCAGCCAGGGCUGGUGGCACUGGAAAGCCUAUCACUGGGCGGGUCGAUAACAGCUAUCGACUAUUUCGGGUACUCA
.(((((...(.(((((((((......)))))))))).((((((.(((((....))))).((((((((.....)))))))).)))))).))))). ( -40.50)
>DroSim_CAF1 25222 94 + 1
CGAGUAAUCGACUAUCGGCCAGCCAGGGCUGGUGGCACUGGAGAGCCUAUCACUGGGCGGGUCGAUAACAGCUAUCGAUUAUUUUGGGUACUCG
((((((...(.(((((((((......)))))))))).(..(((.(((((....))))).((((((((.....)))))))).)))..).)))))) ( -36.70)
>DroEre_CAF1 23483 94 + 1
CGAGUAAUCGACCAUCGGUAAUCCAGGGCUGGUGGCGCUGAGGGGCCUAUCACUGGGUGGGUCGAUAACAGCUAUCGAUUAUUUUGGGUAGUCA
.((((((((((((((((((........)))))))).((((...((((((((....)))))))).....))))..)))))))))).......... ( -34.50)
>DroYak_CAF1 19470 94 + 1
CGAGUAAUCGACCAUCGGCCAUCCAGGGCUGGUGGCGCUUAAGAGCCUAUCACUGGGUGGGUCGAUAACAGAUAUCGAUUAUUUUGGGUACUCA
.(((((..((.(((((((((......)))))))))))((((((((((((....))))).((((((((.....)))))))).)))))))))))). ( -37.00)
>consensus
CGAGUAAUCGACUAUCGGCCAGCCAGGGCUGGUGGCGCUGGAGAGCCUAUCACUGGGUGGGUCGAUAACAGCUAUCGAUUAUUUUGGGUACUCA
.((((....(.(((((((((......))))))))))(((.(((((((((....))))).((((((((.....)))))))).)))).))))))). (-33.58 = -32.42 +  -1.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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