Locus 6162

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 16,147,890 – 16,148,060
Length 170
Max. P 0.868752
window10041 window10042 window10043

overview

Window 1

Location 16,147,890 – 16,147,980
Length 90
Sequences 6
Columns 90
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.67
Mean single sequence MFE -33.85
Consensus MFE -29.19
Energy contribution -28.20
Covariance contribution -0.99
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.63
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.661549
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16147890 90 + 27905053
CGCGAGGACGGCUUCAGCAUCACCUGCUCCAUCCUGGCGAAAUCGAAGUUCUACGGCAACAGCACUUCUGCGGUGCUUGAGGGCGCUGCC
(((.((((.((....((((.....)))))).)))).))).....(((((.((..(....))).))))).((((((((....)))))))). ( -34.30)
>DroVir_CAF1 29903 90 + 1
CGCGAGGAUGGCUUUAGCAUCACCUGCUCCAUCUUGGCGAAAUCGAAGUUCUAUGGCAACAGCACAUCGGCCGUGCUGGAGGGCACGGCU
(((.(((((((....((((.....))))))))))).)))....(((.((....((....))..)).)))((((((((....)))))))). ( -37.90)
>DroGri_CAF1 14787 90 + 1
CGCGAGGAUGGCUUCAGCAUCACCUGCUCCAUCUUGGCGAAAUCGAAGUUCUAUGGCAAUAGCACAUCGGCCGUAUUGGAGGGAGCGGCA
(((.(((((((....((((.....))))))))))).)))....(((.((.((((....)))).)).)))(((((..........))))). ( -31.50)
>DroWil_CAF1 20138 90 + 1
CGCGAGGAUGGCUUCAGCAUCACCUGUUCCAUUCUGGCGAAAUCGAAGUUCUACGGCAAUAGCACAUCGGCUGUCCUUGAGGGGGCGGCC
(((.(((((((...(((......)))..))))))).))).....((.((.(((......))).)).))(((((((((....))))))))) ( -34.60)
>DroMoj_CAF1 30318 90 + 1
CGCGAGGAUGGCUUCAGUAUCUCCUGCUCCAUCUUGGCCAAAUCGAAGUUCUAUGGCAAUAGCACGUCGGCCGUACUAGAGGGUAUGGCC
.((.(((((((...(((......)))..))))))).))......((.((.((((....)))).)).))(((((((((....))))))))) ( -33.00)
>DroAna_CAF1 13547 90 + 1
CGGGAGGACGGCUUCAGUAUCACCUGCUCCAUCCUGGCGAAAUCGAAGUUCUACGGCAACAGCACCUCCGCGGUGCUAGAAGGCGCUGCC
..(((((..((((((.((.((.((...........)).)).)).))))))....(....)....)))))((((((((....)))))))). ( -31.80)
>consensus
CGCGAGGAUGGCUUCAGCAUCACCUGCUCCAUCCUGGCGAAAUCGAAGUUCUACGGCAACAGCACAUCGGCCGUGCUAGAGGGCGCGGCC
(((.(((((((....((((.....))))))))))).)))....(((.((.((........)).)).)))((((((((....)))))))). (-29.19 = -28.20 +  -0.99)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 16,147,940 – 16,148,060
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.39
Mean single sequence MFE -47.73
Consensus MFE -36.92
Energy contribution -36.48
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.86
SVM RNA-class probability 0.868752
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16147940 120 + 27905053
CUACGGCAACAGCACUUCUGCGGUGCUUGAGGGCGCUGCCACAAUGACGUUGCUGCCGCGCGGUGAGUGUUACACGGCCACAACGCCGUACGCCCACUGCAAGGGCAUCCUGAUGGGCAC
....((((((..((.....((((((((....)))))))).....))..))))))(((..((((((.((((...(((((......))))))))).)))))).(((....)))....))).. ( -49.50)
>DroVir_CAF1 29953 120 + 1
CUAUGGCAACAGCACAUCGGCCGUGCUGGAGGGCACGGCUACGAUGACGCUAUUGCCCCGCGGCGAAAUUUAUACAGCGACCACGCCCUAUGCUCACUGCAAGGGUAUACUCAUGGGUAC
....(((((.(((.(((((((((((((....))))))))..)))))..))).))))).(((...............))).....(((((.(((.....)))))))).((((....)))). ( -46.06)
>DroGri_CAF1 14837 120 + 1
CUAUGGCAAUAGCACAUCGGCCGUAUUGGAGGGAGCGGCAACGAUGACGCUACUGCCUCGCGGCGAAUGUUAUACGGCGAGCACACCCUAUGCCCAUUGCAAGGGUAUACUCAUGGGCAC
((((.((.((((((..(((.((((....((((.((..((.........))..)).))))))))))).))))))...))(((...(((((.(((.....))))))))...))))))).... ( -40.20)
>DroWil_CAF1 20188 120 + 1
CUACGGCAAUAGCACAUCGGCUGUCCUUGAGGGGGCGGCCACGAUGACGUUAUUGCCGCGCGGCGAAUGUUAUACAGCAUCCACGCCCUAUGCCCAUUGCAAGGGCAUUUUAAUGGGCAC
...((((((((((.(((((((((((((....)))))))))..))))..))))))))))...((((.(((((....)))))...))))...(((((((((.((.....)).))))))))). ( -53.70)
>DroMoj_CAF1 30368 120 + 1
CUAUGGCAAUAGCACGUCGGCCGUACUAGAGGGUAUGGCCACGAUGACGCUACUGCCACGUGGCGAAAUUUAUACAGCAACCACGCCCUAUGCCCACUGCAAGGGUAUACUCAUGGGUAC
...(((((.((((.(((((((((((((....)))))))))..))))..)))).))))).((((.................))))(((((((((((.......))))))).....)))).. ( -46.73)
>DroAna_CAF1 13597 120 + 1
CUACGGCAACAGCACCUCCGCGGUGCUAGAAGGCGCUGCCACUAUGACGUUGCUGCCGCGCGGUGAAUGCUAUACGGCGUCGACGCCGUACGCCCACUGCAAGGGCAUUCUAAUGGGCAC
...(((((((((((((.....))))))....(((...)))........)))))))..((.((..(((((((.(((((((....))))))).((.....))...)))))))...)).)).. ( -50.20)
>consensus
CUACGGCAACAGCACAUCGGCCGUGCUAGAGGGCGCGGCCACGAUGACGCUACUGCCGCGCGGCGAAUGUUAUACAGCGACCACGCCCUAUGCCCACUGCAAGGGCAUACUCAUGGGCAC
...(((((.((((.(((((((((((((....))))))))..)))))..)))).))))).((.(...........).))......((((.((((((.......))))))......)))).. (-36.92 = -36.48 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

Window 3

Location 16,147,940 – 16,148,060
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.39
Mean single sequence MFE -50.97
Consensus MFE -29.81
Energy contribution -29.57
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.49
Mean z-score -2.36
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.762829
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16147940 120 - 27905053
GUGCCCAUCAGGAUGCCCUUGCAGUGGGCGUACGGCGUUGUGGCCGUGUAACACUCACCGCGCGGCAGCAACGUCAUUGUGGCAGCGCCCUCAAGCACCGCAGAAGUGCUGUUGCCGUAG
..((((((((((.....))))..)))))).(((((((((((.(((((((..........))))))).))))))))...(..(((((((..((..((...)).)).)))))))..).))). ( -52.20)
>DroVir_CAF1 29953 120 - 1
GUACCCAUGAGUAUACCCUUGCAGUGAGCAUAGGGCGUGGUCGCUGUAUAAAUUUCGCCGCGGGGCAAUAGCGUCAUCGUAGCCGUGCCCUCCAGCACGGCCGAUGUGCUGUUGCCAUAG
((((......)))).(((((((.....))).))))(((((.((..((....))..))))))).((((((((((.(((((..(((((((......)))))))))))))))))))))).... ( -54.10)
>DroGri_CAF1 14837 120 - 1
GUGCCCAUGAGUAUACCCUUGCAAUGGGCAUAGGGUGUGCUCGCCGUAUAACAUUCGCCGCGAGGCAGUAGCGUCAUCGUUGCCGCUCCCUCCAAUACGGCCGAUGUGCUAUUGCCAUAG
((((...(((((((((((((((.....))).))))))))))))..))))..............((((((((((.(((((..((((............))))))))))))))))))).... ( -51.50)
>DroWil_CAF1 20188 120 - 1
GUGCCCAUUAAAAUGCCCUUGCAAUGGGCAUAGGGCGUGGAUGCUGUAUAACAUUCGCCGCGCGGCAAUAACGUCAUCGUGGCCGCCCCCUCAAGGACAGCCGAUGUGCUAUUGCCGUAG
((((((......((((((.......)))))).))))(((((((........))))))).))(((((((((.((.((((..(((.(.((......)).).))))))))).))))))))).. ( -46.30)
>DroMoj_CAF1 30368 120 - 1
GUACCCAUGAGUAUACCCUUGCAGUGGGCAUAGGGCGUGGUUGCUGUAUAAAUUUCGCCACGUGGCAGUAGCGUCAUCGUGGCCAUACCCUCUAGUACGGCCGACGUGCUAUUGCCAUAG
...(((((..(((......))).))))).....((((..(((........)))..))))..((((((((((((....(((((((.(((......))).)))).))))))))))))))).. ( -47.00)
>DroAna_CAF1 13597 120 - 1
GUGCCCAUUAGAAUGCCCUUGCAGUGGGCGUACGGCGUCGACGCCGUAUAGCAUUCACCGCGCGGCAGCAACGUCAUAGUGGCAGCGCCUUCUAGCACCGCGGAGGUGCUGUUGCCGUAG
..((((((.....(((....)))))))))((((((((....)))))))).((.......))((((((((...(((.....)))(((((((((.........))))))))))))))))).. ( -54.70)
>consensus
GUGCCCAUGAGUAUACCCUUGCAGUGGGCAUAGGGCGUGGUCGCCGUAUAACAUUCGCCGCGCGGCAGUAACGUCAUCGUGGCCGCGCCCUCAAGCACGGCCGAUGUGCUAUUGCCAUAG
((((...(((.(((((((((((.....))).)))))))).)))..))))............((((((((.(((....))).............((((((.....)))))))))))))).. (-29.81 = -29.57 +  -0.24)

alignment

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