Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,146,197 – 16,146,303 |
Length | 106 |
Max. P | 0.610299 |
Location | 16,146,197 – 16,146,303 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.71 |
Mean single sequence MFE | -51.02 |
Consensus MFE | -23.91 |
Energy contribution | -25.17 |
Covariance contribution | 1.25 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 0.16 |
SVM RNA-class probability | 0.610299 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 16146197 106 - 27905053 CAGUUGCUAACAGCACUGGUGUAGAGCUGCUGCAGCAGUGGAGUGGGUGUCCGC---GGGGCGGACAGGCUGGUGUCGGAGCGCGAGGUGUCCACC---UCGGCCGAUGGCA ((((((((.((..(((((.(((((.....))))).)))))..)).)))((((((---...)))))).))))).(((((..((.((((((....)))---)))))...))))) ( -47.70) >DroVir_CAF1 28462 100 - 1 CAGUUACUCACGGCGCUGCUAUAUAGCUGCUGCAGUAGCGGCGUCUGGGCGCGC---GA---CGACUGGCUGUUGUCGGAGCGGGAGUUCUCCUGC---UCGGCC---GGCG ..(((...((.(((((((((((...((....)).)))))))))))))(((...(---((---((((.....)))))))((((((((....))))))---)).)))---))). ( -50.20) >DroPse_CAF1 22472 100 - 1 CAGUUGCUGACGGCGCUGCUGUAGAGCUGCUGCAGCAGUGGAGUCUGGGCCCGC---GA---GGGCAGGCUGGUGUCGGAGCGCGAGGACUCCAUG---UCGGGC---GGCA ..((((((..((((((((((((((.....))))))))))((((((...((((..---..---))))...((.((((....)))).))))))))..)---))))))---))). ( -55.20) >DroYak_CAF1 12245 106 - 1 CAGUUGCUAACGGCACUGCUGUAGAGCUGCUGCAGCAGUGGAGUGGGUGUCCGC---GGGGCGGACAGGCUGGUGUCGGAUCGCGAAGUGUCCAGC---UCGGCCGAUGGCA ....(((((.((((((((((((((.....)))))))))).(((((((..(.(((---((..(.((((......)))).).)))))..)..)))).)---)).)))).))))) ( -51.10) >DroAna_CAF1 12039 112 - 1 CAGUUGCUCACGGCGCUGCUGUAUAGCUGCUGAAGCAACGGAGUCGCAGCCCGACCAGACGCCGACAGACUGGUGUCGGAGCGCGAGGUGUCCACCGCAUCAGCUGGCGGCA ..(((((...((((((((..((...(((((.((..(....)..)))))))...))))).))))).(((.((((((.(((.((((...))))...))))))))))))))))). ( -46.70) >DroPer_CAF1 22671 100 - 1 CAGUUGCUGACGGCGCUGCUGUAGAGCUGCUGCAGCAGUGGAGUCUGGGCCCGC---GA---GGGCAGGCUGGUGUCGGAGCGCGAGGACUCCAUG---UCGGGC---GGCA ..((((((..((((((((((((((.....))))))))))((((((...((((..---..---))))...((.((((....)))).))))))))..)---))))))---))). ( -55.20) >consensus CAGUUGCUAACGGCGCUGCUGUAGAGCUGCUGCAGCAGUGGAGUCGGGGCCCGC___GA___GGACAGGCUGGUGUCGGAGCGCGAGGUCUCCACC___UCGGCC___GGCA (((((....((..(((((((((((.....)))))))))))..))....((((..........)))).))))).....((((........)))).........(((...))). (-23.91 = -25.17 + 1.25)
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