Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,265,588 – 2,265,718 |
Length | 130 |
Max. P | 0.942769 |
Location | 2,265,588 – 2,265,691 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.00 |
Mean single sequence MFE | -40.53 |
Consensus MFE | -18.97 |
Energy contribution | -21.08 |
Covariance contribution | 2.11 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -2.29 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 1.33 |
SVM RNA-class probability | 0.942769 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2265588 103 - 27905053 ---GCCAUUGGAGGCGGAGGUGGUAUUGGUGGCAGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUCGUUGCGUCGCCA------UCGCUUUCCGUGCUGCUUUCCAUGUCCAAGCUG ---((.((.(((((((..(((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...)))..)))).------.))))))).)))).((((.........)))).. ( -45.60) >DroVir_CAF1 2771 103 - 1 ---CCCAUUCGACGUGGACGUGGUG------GCCGUGGUGGUGUUGCCGCCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCCCUCACCGUCGCUCUCCGUACUGCUGUCCAUGUCCAGACUG ---.......((((((((((..(((------((.(((((((.....))))))).)))...((..((..((.......))..))...))..))..).)))))))))....... ( -41.50) >DroGri_CAF1 2321 109 - 1 ---UCCAUUCGAUGUUGAGGUGGUGUUUGUGGUGGUUGUGGUGUUGCCACCAUUACCAUUAUUCACCUCGCCAUCGCCGUCGCUGUCCGUGCUGCUGUCCAUGUCCAGACUG ---......(((((.((((((((.....((((((((.((((((....)))))).)))))))))))))))).)))))......(((..((((........))))..))).... ( -40.60) >DroEre_CAF1 2243 103 - 1 ---ACCAUUUGAGGCUGAGGUGGUAUUGGUGGCGGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCCA------UCGCUCUCUGUGCUGCUCUCCAUGUCCAGGCUG ---.......(((((.((((((..((..(((((((((((((.....)))))))))))))..))))))))))).------))((...(((..(..........)..))))).. ( -46.80) >DroWil_CAF1 1806 106 - 1 ACCACCAUUUGAGGUGGAUGUGGUGUUGGUGGUUGUGGUGGUAUUACCGCCAUUUCCAGUUGUGGCAUCGCCA------UCACUAUCCGAUGUGCUGUCCAUGUCAAGACUU .......(((((.(((((((..(..((((.((..(((((((.....)))))))..))(((.(((((...))))------).)))..))))..)..))))))).))))).... ( -41.70) >DroMoj_CAF1 2545 109 - 1 ---CCCAUUCGAAGCGGACGUGGUGUUGGUCGCUGUGGUGGUGUUUCCGCAAUUUCCAUUGUUCACCUCCCCAUCCGCAUCGCUUUCCGUGCUGCUAUCCAUAUUCAGAUUG ---..........(((((.(((((((.((....((.((.((((.....(((((....))))).)))).)).)).)))))))))..)))))...................... ( -27.00) >consensus ___ACCAUUCGAGGCGGAGGUGGUGUUGGUGGCGGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCCA______UCGCUCUCCGUGCUGCUGUCCAUGUCCAGACUG ..........((.(.(((((.((((..((((((.(((((((.....))))))).))))))...)))).)............((..........)).)))).).))....... (-18.97 = -21.08 + 2.11)
Location | 2,265,622 – 2,265,718 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.53 |
Mean single sequence MFE | -38.15 |
Consensus MFE | -17.84 |
Energy contribution | -19.53 |
Covariance contribution | 1.70 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -2.39 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 1.20 |
SVM RNA-class probability | 0.929615 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2265622 96 - 27905053 GUCGGACCAAACUUUCCUAGUCAUCGG------GCCAUUGGAGGCGGAGGUGGUAUUGGUGGCAGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUCGUUGCGUCGCC (.((.((((((((..(((.(((..(((------....)))..)))..))).))).)))))(((((((((((.....)))))))))))........)).)... ( -38.20) >DroVir_CAF1 2811 90 - 1 GUCCGACCACACCUUGCGCGUCAUUGG------CCCAUUCGACGUGGACGUGGUG------GCCGUGGUGGUGUUGCCGCCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCC ...(((((((((..(.((((((.....------.......)))))).).)))(((------((.(((((((.....))))))).)))))))))))....... ( -38.20) >DroGri_CAF1 2361 96 - 1 GUCCGACCACACCUUACGCGUCAUUGG------UCCAUUCGAUGUUGAGGUGGUGUUUGUGGUGGUUGUGGUGUUGCCACCAUUACCAUUAUUCACCUCGCC ...(((....((((((.(((((.....------.......)))))))))))((((...((((((((.((((((....)))))).)))))))).))))))).. ( -34.20) >DroEre_CAF1 2277 96 - 1 GUCGGACCAAACUUUCCUAGUCAUAGG------ACCAUUUGAGGCUGAGGUGGUAUUGGUGGCGGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCC .......((((...(((((....))))------)...)))).(((.((((((..((..(((((((((((((.....)))))))))))))..))))))))))) ( -47.80) >DroWil_CAF1 1840 102 - 1 AUCGGACCAUACUUUUCGUGUCAUGGGUCCACCACCAUUUGAGGUGGAUGUGGUGUUGGUGGUUGUGGUGGUAUUACCGCCAUUUCCAGUUGUGGCAUCGCC ...(((((((((.....))))....))))).(((((......)))))..(((((((((.(((..(((((((.....)))))))..))).)...)))))))). ( -42.40) >DroMoj_CAF1 2585 96 - 1 AUCCGACCACACUUUGCGCGUCAUUGG------CCCAUUCGAAGCGGACGUGGUGUUGGUCGCUGUGGUGGUGUUUCCGCAAUUUCCAUUGUUCACCUCCCC ...(((((((((....((((((.((((------.....))))....))))))))).))))))....((.((((.....(((((....))))).)))).)).. ( -28.10) >consensus GUCCGACCACACUUUCCGCGUCAUUGG______ACCAUUCGAGGCGGAGGUGGUGUUGGUGGCGGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCC ....(((............)))...........................(.((((..((((((.(((((((.....))))))).))))))...)))).)... (-17.84 = -19.53 + 1.70)
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