Locus 6109

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	16,016,831 – 16,016,943
Length	112
Max. P	0.996241

overview

Window 0

Location	16,016,831 – 16,016,943
Length	112
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.00
Mean single sequence MFE	-28.12
Consensus MFE	-22.20
Energy contribution	-23.48
Covariance contribution	1.28
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.08
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	2.67
SVM RNA-class probability	0.996241
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16016831 112 + 27905053
-------AUAUGUUUAAUAUACUUUUGCCAGCUGUAAUCAAUGGCUGUGCCAAUAUUAUAAUUCGUGUGGCUUUUAAUUUACCACUAAAUUUUUAGCCGCAACUGUGUGCAAACAUGUU
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>DroSec_CAF1 33080 112 + 1
-------AUAUGUUUAAUAUACAUUUGCCAGUUGUAAUCAAUGGCUGUGCCAAUAUUAUAAUUCGUGUGGCUUUUAAUUUACCACUAAAUUUUUAGCCGCAACUGUGUGCAAACAUGUU
-------((((((((..((((((...((.(((((((((...((((...))))..))))))))).))((((((...((((((....))))))...))))))...)))))).)))))))). ( -30.60)
>DroSim_CAF1 16719 112 + 1
-------AUAUGUUUAAUAUACAUUUGCCAGUUGUAAUCAAUGGCUGUGCCAAUAUUAUAAUUCGUGUGGCUUUUAAUUUACCACUAAAUUUUUAGCCGCAACUGUGUGCAAACAUGUU
-------((((((((..((((((...((.(((((((((...((((...))))..))))))))).))((((((...((((((....))))))...))))))...)))))).)))))))). ( -30.60)
>DroEre_CAF1 16869 119 + 1
UACAACUAUAUGUCUGACAUGCAAUUGCCAACUGUAAUCAAUAGCUGCGCCAAUAUUAUAAUUCUUGUGGCACUUAAUUCACCACUAAAUUUGUAGCCGCAAUUGUGUGCAAACAUGUU
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>DroYak_CAF1 23812 113 + 1
AAUAACAA--UGUUUAAUAUAC----GCCAACUGUAAUCAAUGGCUGUGCCAAUGUUAUAAUUCCAGUGGCUUUUAACUCACCACUAAAUUUUUAGCCGCAACUGUGUGCAAACAUGUU
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>consensus
_______AUAUGUUUAAUAUACAUUUGCCAGCUGUAAUCAAUGGCUGUGCCAAUAUUAUAAUUCGUGUGGCUUUUAAUUUACCACUAAAUUUUUAGCCGCAACUGUGUGCAAACAUGUU
.......((((((((..(((((....(((((((((.....))))))).))...............(((((((...((((((....))))))...)))))))...))))).)))))))). (-22.20 = -23.48 +   1.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	16,016,831 – 16,016,943
Length	112
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.00
Mean single sequence MFE	-26.19
Consensus MFE	-21.06
Energy contribution	-19.98
Covariance contribution	-1.08
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.60
SVM RNA-class probability	0.966731
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16016831 112 - 27905053
AACAUGUUUGCACACAGUUGCGGCUAAAAAUUUAGUGGUAAAUUAAAAGCCACACGAAUUAUAAUAUUGGCACAGCCAUUGAUUACAGCUGGCAAAAGUAUAUUAAACAUAU-------
...(((((((...((..((((((((.........(((((.........)))))........((((..((((...))))...)))).)))).))))..))....)))))))..------- ( -24.40)
>DroSec_CAF1 33080 112 - 1
AACAUGUUUGCACACAGUUGCGGCUAAAAAUUUAGUGGUAAAUUAAAAGCCACACGAAUUAUAAUAUUGGCACAGCCAUUGAUUACAACUGGCAAAUGUAUAUUAAACAUAU-------
...((((((((...((((((.((((...((((((....))))))...))))..........((((..((((...))))...)))))))))))))))))).............------- ( -24.70)
>DroSim_CAF1 16719 112 - 1
AACAUGUUUGCACACAGUUGCGGCUAAAAAUUUAGUGGUAAAUUAAAAGCCACACGAAUUAUAAUAUUGGCACAGCCAUUGAUUACAACUGGCAAAUGUAUAUUAAACAUAU-------
...((((((((...((((((.((((...((((((....))))))...))))..........((((..((((...))))...)))))))))))))))))).............------- ( -24.70)
>DroEre_CAF1 16869 119 - 1
AACAUGUUUGCACACAAUUGCGGCUACAAAUUUAGUGGUGAAUUAAGUGCCACAAGAAUUAUAAUAUUGGCGCAGCUAUUGAUUACAGUUGGCAAUUGCAUGUCAGACAUAUAGUUGUA
...(((((((((..(((((((((((......((((((((.......((((((...............)))))).))))))))....)))).)))))))..)).)))))))......... ( -29.96)
>DroYak_CAF1 23812 113 - 1
AACAUGUUUGCACACAGUUGCGGCUAAAAAUUUAGUGGUGAGUUAAAAGCCACUGGAAUUAUAACAUUGGCACAGCCAUUGAUUACAGUUGGC----GUAUAUUAAACA--UUGUUAUU
((((((((((.......(..(.(((((....))))).)..).......(((((((.(((((......((((...)))).))))).))).))))----......))))))--.))))... ( -27.20)
>consensus
AACAUGUUUGCACACAGUUGCGGCUAAAAAUUUAGUGGUAAAUUAAAAGCCACACGAAUUAUAAUAUUGGCACAGCCAUUGAUUACAGCUGGCAAAUGUAUAUUAAACAUAU_______
...(((((((....((((((.((((...((((((....))))))...))))..........((((..((((...))))...))))))))))((....))....)))))))......... (-21.06 = -19.98 +  -1.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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