Locus 6051

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,919,782 – 15,919,882
Length 100
Max. P 0.596921
window9873

overview

Window 3

Location 15,919,782 – 15,919,882
Length 100
Sequences 5
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.58
Mean single sequence MFE -38.20
Consensus MFE -30.52
Energy contribution -30.36
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.596921
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15919782 100 - 27905053
GGUUCAGUAGUCAGUCGGUGGGCC------AUGGAAAUGGUCGUGGCACUGAUUCACAUUCUCGGGGUGGUGCUGACGCAGUUGCUCC-UGUGGCUUUUUGACUGGC
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>DroSec_CAF1 37484 100 - 1
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>DroSim_CAF1 27277 100 - 1
GGUUCAGUAGUCAGUCGGUGGGCC------AUGGAAAUGGCUGUGGCACUGAUUCAGAAUCUCGGGGUGGUGCUGACGCAGUUGCUCC-UGUGGCUUUUUGACUGGC
.........(((((((((..((((------((((.(..((((((((((((.((((.(.....).)))))))))...)))))))..).)-)))))))..))))))))) ( -40.50)
>DroEre_CAF1 26736 106 - 1
GGUUCAGUAGUCAGUCGGUGGGCUAGUCAGAUGGAAAUGGCUGUGGCACUGAUUCAGAUUCCCGGGGUGGUGCUGACGCAGUUGCUCC-UGUGGCUUUUUGACUGGC
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>DroYak_CAF1 30118 101 - 1
GGUUCAGUAGUCAGUCGGUGGGCC------AUGGAAAUGGUUGUGGCACUGAUUCAGAUUCUCGGGGUGGUGCUGACGCAGUGGCUCCUUGUGGCUUUUUGACUGGC
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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