| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,906,979 – 15,907,098 |
| Length | 119 |
| Max. P | 0.889816 |
| Location | 15,906,979 – 15,907,098 |
|---|---|
| Length | 119 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 90.89 |
| Mean single sequence MFE | -53.00 |
| Consensus MFE | -48.42 |
| Energy contribution | -49.20 |
| Covariance contribution | 0.78 |
| Combinations/Pair | 1.16 |
| Mean z-score | -1.51 |
| Structure conservation index | 0.91 |
| SVM decision value | 0.96 |
| SVM RNA-class probability | 0.889816 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15906979 119 + 27905053 UUGG-GUGGGAAUUUGCAUUAGGCGGCGGUGGUCUGCUGUGGUUCCUGGGUGGUGCUGGUGGAGGCGACAGCCGACGAUUCCGGCGCCUUUUCGUUGAGCGCCAGCCAGGGACAUCGCUU ..((-((((.............(((((((....))))))).((((((((.(((((((.(.((((((....((((.......))))))))))....).))))))).)))))))).)))))) ( -55.20) >DroSec_CAF1 14387 119 + 1 GUGG-GUGGGAAUUUGCAUUAGGCGGCGGUGGUCUGCUGUGGUUCCUGGGUGGUACUGGUGGAGGCGACAGCCGACGAUUCCGGCGCCUUUUCGUUGAGCGCCAGCCAGGGACAUCGCUU ..((-((((.............(((((((....))))))).((((((((.(((..((.(.((((((....((((.......))))))))))....).))..))).)))))))).)))))) ( -49.80) >DroSim_CAF1 14408 120 + 1 GUGGGGUGGGAAUUUGCAUUAGGCGGCGGUGGUCUGCUGUGGUUCCUGGGUGGUGCUGGUGGAGGCGACAGCCGACGAUUCCGGCGCCUUUUCGUUGAGCGCCAGCCAGGGACAUCGCUU ...((((((.............(((((((....))))))).((((((((.(((((((.(.((((((....((((.......))))))))))....).))))))).)))))))).)))))) ( -55.40) >DroEre_CAF1 13995 119 + 1 GUGG-GCGGGAAUUUGCAUUAGGCGGCGCUGGUCUGCUGCGGUUCCUGGGUGGUGCUGGUGGAGGCGACAGCCGACGAUUCCGGCGCCUUUUCGUUGAGCGCCAGCCAGGGACAUCGCUU (..(-((.((...((((.....))))..)).)))..).(((((((((((.(((((((.(.((((((....((((.......))))))))))....).))))))).))))))))..))).. ( -56.50) >DroYak_CAF1 15274 119 + 1 UAGG-GUGGGAAUUUGCAUUAGGCGGCGGUGGUUUGCUGCGGUUCCUGGGUGGUGCUGGUGGAAGCGACAGCCGACGAUUCCGGCGCCUUUUCGUUGAGCGCCAGCCAGGGACAUCGCUU ..((-((((.............(((((((....))))))).((((((((.(((((((..((((((.(...((((.......)))).).))))))..).)))))).)))))))).)))))) ( -52.70) >DroAna_CAF1 8065 114 + 1 AC------AGGAUGUCCCUUAGGCGGCGGUGGUCUGCUGCUGCUCUUGGGUGGUGCUGGUGGAGGCGACUGCCGAGGACUCCGGUGCCUUCUCGUUGAUGGCCAGCCAGGGACAGCGCUU ..------(((.(((((((...((((((((.....))))))))((((.((..(((((......))).))..)).))))....((((((.((.....)).)))..))))))))))...))) ( -48.40) >consensus GUGG_GUGGGAAUUUGCAUUAGGCGGCGGUGGUCUGCUGCGGUUCCUGGGUGGUGCUGGUGGAGGCGACAGCCGACGAUUCCGGCGCCUUUUCGUUGAGCGCCAGCCAGGGACAUCGCUU .....((((.............(((((((....))))))).((((((((.(((((((.(.((((((....((((.......))))))))))....).))))))).)))))))).)))).. (-48.42 = -49.20 + 0.78)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:11:05 2006