| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,850,049 – 15,850,202 |
| Length | 153 |
| Max. P | 0.955908 |
| Location | 15,850,049 – 15,850,162 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 72.68 |
| Mean single sequence MFE | -26.57 |
| Consensus MFE | -13.03 |
| Energy contribution | -12.65 |
| Covariance contribution | -0.38 |
| Combinations/Pair | 1.42 |
| Mean z-score | -1.60 |
| Structure conservation index | 0.49 |
| SVM decision value | -0.01 |
| SVM RNA-class probability | 0.528558 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15850049 113 + 27905053 -AAUUAUAAAUUCAACUUUGAGUCUAACGAUUGUUGGUAUAUGAUUAUUGUAGAAAGAGCAGUUGCAAAAACAUCUUUGCGCUCUGCAAAUCUCUCGAAUGUGCGGAUCCCACA -(((((((...(((((....((((....)))))))))..)))))))......((.(((((((.((((((......))))))..))))...))).))...((((.(....))))) ( -24.40) >DroVir_CAF1 100849 97 + 1 AUUUAUAC-AUUUAU---UUAAUUA----GC---U---UUCU---GUUUGUAGAAGGAGCACAUGCAGAAGCAUAUUUGUGCUUUGCAAAUUUCUCGCAUGUGUGGCGCUCAUA ........-......---.......----.(---(---((((---(....))))))).((((((((((((....((((((.....)))))))))).)))))))).......... ( -22.90) >DroSec_CAF1 12747 113 + 1 -AACUAUAAAUUCAACCCUGAGUCUAACGAUCGGUGGUAUAUGAUUAUUGUAGAAAGAGCAGUUGCAGAAACAUCUUUGCGCUCUGCAAAUCUCUCGAAUGUGCGGCUCCCACA -..((((((..((((((((((.((....)))))).)))...)))...))))))..((((...(((((((..((....))...)))))))..))))....((((.(....))))) ( -29.20) >DroEre_CAF1 13043 107 + 1 -AUAUGCAAAUUAAGCUCUGAGUCUUACGAUUGGU---GUAU---AAUUGUAGAAGGAGCAGUUGCAGAAGCAUCUGUGCGCUCUGCAAAUCUCUCGAAUGUGUGGUUCCCACA -....(((......(((((...(((.(((((((..---...)---))))))))).)))))..(((((((.(((....)))..)))))))..........)))((((...)))). ( -32.40) >DroYak_CAF1 17479 107 + 1 -AAGUACAAAUUGAACUCUGAGUCUUACGAUUGGU---AUAU---AAUUGUAGAAGGAGCAGUUGCAGAAACAUCUUUGUGCUCUGCAAAUCUCUCGAAUGUGCGGUUCCCACA -..(((((..((((.((((...(((.(((((((..---...)---))))))))).))))...(((((((.(((....)))..))))))).....)))).))))).......... ( -28.70) >DroMoj_CAF1 99940 102 + 1 AUUUUUCUAAUUCAU-U-UUAAUUC----AUUCAU---GUUU---GAUUGCAGAAGGAACACAUGCAGAAGCAUAUUUGUGCUCUGCAAAUUUCUCGCAUGUGCGGCGCUCACA ...............-.-.......----......---...(---((.(((...(((((....((((((.((((....))))))))))..)))))(((....)))))).))).. ( -21.80) >consensus _AAUUACAAAUUCAACUCUGAGUCU_ACGAUUGGU___AUAU___AAUUGUAGAAGGAGCAGUUGCAGAAACAUCUUUGCGCUCUGCAAAUCUCUCGAAUGUGCGGCUCCCACA .......................................................((((...(((((((.(((....)))..)))))))..))))....((((.(....))))) (-13.03 = -12.65 + -0.38)
| Location | 15,850,082 – 15,850,202 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.25 |
| Mean single sequence MFE | -35.97 |
| Consensus MFE | -19.27 |
| Energy contribution | -17.81 |
| Covariance contribution | -1.47 |
| Combinations/Pair | 1.46 |
| Mean z-score | -2.28 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 1.46 |
| SVM RNA-class probability | 0.955908 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15850082 120 - 27905053 GCCGUAUAGAAGGCAAGCAGGUGGUCCGCAGGCAGAUCCAUGUGGGAUCCGCACAUUCGAGAGAUUUGCAGAGCGCAAAGAUGUUUUUGCAACUGCUCUUUCUACAAUAAUCAUAUACCA ......(((((((..(((((..(.((.((((((.(((((.....))))).))....((....)).)))).)).)((((((....))))))..))))))))))))................ ( -35.60) >DroVir_CAF1 100872 114 - 1 GCCGUAUAAAGGGCUAGCAGAUGUUCUAUGGCCAGCUCAAUAUGAGCGCCACACAUGCGAGAAAUUUGCAAAGCACAAAUAUGCUUCUGCAUGUGCUCCUUCUACAAAC---AGAA---A ...(((..((((....((((((.((((.((((..((((.....))))))))........))))))))))..((((((....(((....))))))))))))).)))....---....---. ( -31.00) >DroGri_CAF1 17062 114 - 1 GCCGUAUAAAAGGCCAGAAGAUGAUCAACGGGCAGCUCAAUGUGAGCUCCACACAUGCGCGAGAUUUGCAGGGCACAAAUAUGCUUCUGCAUGUGCUCCUUCUGCAAUA---AAAC---G (((........)))((((((..........((.(((((.....))))))).(((((((((((...)))).(((((......)))))..)))))))...)))))).....---....---. ( -36.60) >DroEre_CAF1 13076 114 - 1 GCCGUGUAGAAGGCGAGCAGGUGGUCCACAGGCAGGUCCAUGUGGGAACCACACAUUCGAGAGAUUUGCAGAGCGCACAGAUGCUUCUGCAACUGCUCCUUCUACAAUU---AUAC---A ....(((((((((..(((((((((((((((((.....)).)))))..)))))....((....)).((((((((.(((....)))))))))))))))))))))))))...---....---. ( -47.90) >DroWil_CAF1 14077 119 - 1 GCCGUAUAGAAGGCAAGUAAAUGAUCAACUGGUAGAUCCAAGUGUGAGCCACACAUUCGGGAAAUUUGUAAGGCACAAAUAUGCUUUUGCAUAUGCUCCUUCUGCAGGAAUAA-AAACGA .((...(((((((..((((.(((..(((..((((..(((.((((((.....)))))).)))..((((((.....)))))).)))).)))))).)))))))))))..)).....-...... ( -27.90) >DroMoj_CAF1 99968 114 - 1 GCCGUAUAAAAGGCAAUCAUAUGAUCUGUGGACAGCUCAAUGUGAGCGCCGCACAUGCGAGAAAUUUGCAGAGCACAAAUAUGCUUCUGCAUGUGUUCCUUCUGCAAUC---AAAC---A (((........)))..((.((((...(((((...((((.....)))).))))))))).)).....((((((((.....((((((....)))))).....))))))))..---....---. ( -36.80) >consensus GCCGUAUAAAAGGCAAGCAGAUGAUCAACGGGCAGCUCAAUGUGAGAGCCACACAUGCGAGAAAUUUGCAGAGCACAAAUAUGCUUCUGCAUGUGCUCCUUCUACAAUA___AAAC___A (((........))).......((.......((((((....((((.....))))...))........(((((((((......))).))))))..)))).......)).............. (-19.27 = -17.81 + -1.47)
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