Locus 6

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 121,085 – 121,199
Length 114
Max. P 0.977575
window9 window10 window11 window12

overview

Window 9

Location 121,085 – 121,176
Length 91
Sequences 6
Columns 98
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.04
Mean single sequence MFE -43.05
Consensus MFE -40.58
Energy contribution -40.30
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -6.56
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 1.50
SVM RNA-class probability 0.959581
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 121085 91 + 27905053
GA-AC-----CAGUCCUGGUGGAGCUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUU-UAAUGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAGCUGCAAAGGAGC
..-..-----...((((..((.(((((((.((((((((..((((((((((((-....))).)))))))))..)))))))).))))))).)).)))).. ( -50.40)
>DroVir_CAF1 31194 96 + 1
CG-ACGCGUGAAUUCCUGCCGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUC-ACGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUACAAAGGACC
..-..........((((...(.(((((((.((((((((..((((((((((((..-..))).)))))))))..)))))))).))))))).)..)))).. ( -40.50)
>DroGri_CAF1 31374 97 + 1
UG-CCCCCGAACUUCCUGCUGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUUAACGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAGUUACAAAGGACC
..-..........((((..((.(..((((.((((((((..((((((((((((.....))).)))))))))..)))))))).))))..).)).)))).. ( -39.60)
>DroWil_CAF1 37116 93 + 1
UGAGA-----ACUUCCUGCGGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUAUAUAAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUACAAAGGAAC
.....-----..(((((...(.(((((((.((((((((..((((((((((((.....))).)))))))))..)))))))).))))))).)..))))). ( -42.70)
>DroMoj_CAF1 26299 94 + 1
CU-ACGAGU---UUCCUCAUGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUUUUUUAACGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUUCAGAGGACC
..-......---.(((((.((.(((((((.((((((((..(((((((((.((......)).)))))))))..)))))))).))))))).))))))).. ( -43.00)
>DroPer_CAF1 23437 92 + 1
CG-GG-----AUUUCCUGCAGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUUAUUGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUACCAAGGAAC
..-..-----..(((((...(.(((((((.((((((((..((((((((((((.....))).)))))))))..)))))))).))))))).)..))))). ( -42.10)
>consensus
CG_AC_____AAUUCCUGCUGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUUAAUGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUACAAAGGACC
.............((((...(.(((((((.((((((((..((((((((((((.....))).)))))))))..)))))))).))))))).)..)))).. (-40.58 = -40.30 +  -0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 121,085 – 121,176
Length 91
Sequences 6
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.04
Mean single sequence MFE -38.70
Consensus MFE -35.43
Energy contribution -35.77
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -5.27
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.79
SVM RNA-class probability 0.977575
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 121085 91 - 27905053
GCUCCUUUGCAGCUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCAUUA-AAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAGCUCCACCAGGACUG-----GU-UC
..((((.((.(((((((..((((((...(((((((((.((.....-.)))))))))))...))))))..))))))).))..))))...-----..-.. ( -40.70)
>DroVir_CAF1 31194 96 - 1
GGUCCUUUGUAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCGU-GAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCGGCAGGAAUUCACGCGU-CG
..(((((((((.(((((..((((((...(((((((((.((...-...)))))))))))...))))))..))))).))))).))))..........-.. ( -38.30)
>DroGri_CAF1 31374 97 - 1
GGUCCUUUGUAACUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCGUUAAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCAGCAGGAAGUUCGGGGG-CA
..(((((((((..((((..((((((...(((((((((.((.......)))))))))))...))))))..))))..))))).)))).(((....))-). ( -37.90)
>DroWil_CAF1 37116 93 - 1
GUUCCUUUGUAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUUAUAUAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCCGCAGGAAGU-----UCUCA
.(((((..(((.(((((..((((((...(((((((((.(((.....))))))))))))...))))))..))))).)))...)))))..-----..... ( -37.80)
>DroMoj_CAF1 26299 94 - 1
GGUCCUCUGAAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGUUAAAAAAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCAUGAGGAA---ACUCGU-AG
..(((((((...(((((..((((((...(((((((((.((......)).)))))))))...))))))..)))))...)).))))).---......-.. ( -38.90)
>DroPer_CAF1 23437 92 - 1
GUUCCUUGGUAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCAAUAAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCUGCAGGAAAU-----CC-CG
.((((((((((.(((((..((((((...(((((((((.((.......)))))))))))...))))))..))))).))))).)))))..-----..-.. ( -38.60)
>consensus
GGUCCUUUGUAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCAUUAAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCAGCAGGAAGU_____GU_CG
..(((((((((.(((((..((((((...(((((((((.((.......)))))))))))...))))))..))))).))))).))))............. (-35.43 = -35.77 +   0.33)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 1

Location 121,097 – 121,199
Length 102
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.97
Mean single sequence MFE -41.27
Consensus MFE -36.01
Energy contribution -35.73
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -5.44
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.07
SVM RNA-class probability 0.909776
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 121097 102 + 27905053
GUGGAGCUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUU-UAAUGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAGCUGCAAAGGAGCGAC-ACAACA-----GAGGAGCA---------CUU-AAA
.((.(((((((.((((((((..((((((((((((-....))).)))))))))..)))))))).))))))).)).(((.((..(-......-----..)..)).---------)))-... ( -48.30)
>DroVir_CAF1 31211 110 + 1
CCGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUC-ACGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUACAAAGGACCCAG-ACAACG-----AGUAAAAAUGUGC-CAAGUG-ACA
.((((((((((.((((((((..((((((((((((..-..))).)))))))))..)))))))).))))))).....((.(.((.-((....-----.)).....)).))-)..)))-... ( -39.90)
>DroGri_CAF1 31391 103 + 1
CUGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUUAACGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAGUUACAAAGGACCAAG-UCAACA-----AU-------GCC--CCAGUG-AUA
..(((.(((((.((((((((..((((((((((((.....))).)))))))))..)))))))).)))))........(((...)-))....-----.)-------)).--......-... ( -36.40)
>DroWil_CAF1 37129 107 + 1
CGGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUAUAUAAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUACAAAGGAACAACAACAACA-----AAAAGCCACGA------CCC-ACC
.((((((((((.((((((((..((((((((((((.....))).)))))))))..)))))))).))))))).....(......).......-----....)))....------...-... ( -41.20)
>DroMoj_CAF1 26313 113 + 1
AUGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUUUUUUAACGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUUCAGAGGACCCAG-ACAACG-----AAGAAGCGCGAGCACAAAUGCAAA
.((((((((((.((((((((..(((((((((.((......)).)))))))))..)))))))).))))))..............-......-----.....((....)).....)))).. ( -41.20)
>DroAna_CAF1 20275 106 + 1
GCGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUUAACGAGAGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUACAAAGGAGCGAG-ACAACGACUACGUGGUGGC---------CU---AA
..(.(((((((.((((((((..((((((((((((.....))).)))))))))..)))))))).))))))).)..(((.(((((-.......)).))).....)---------))---.. ( -40.60)
>consensus
CUGCAGUUCAAAUUGACUCUAGUAGGGAGUCCUUUUAACGAGCGACUCCCUAACGGAGUCAGAUUGAAUUACAAAGGACCAAG_ACAACA_____AAGAAGCA_G_______CUG_AAA
..(.(((((((.((((((((..((((((((((((.....))).)))))))))..)))))))).))))))).)............................................... (-36.01 = -35.73 +  -0.28)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 121,097 – 121,199
Length 102
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.97
Mean single sequence MFE -37.17
Consensus MFE -30.26
Energy contribution -30.40
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.75
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 1.70
SVM RNA-class probability 0.972654
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 121097 102 - 27905053
UUU-AAG---------UGCUCCUC-----UGUUGU-GUCGCUCCUUUGCAGCUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCAUUA-AAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAGCUCCAC
...-...---------........-----....((-(..((......))(((((((..((((((...(((((((((.((.....-.)))))))))))...))))))..))))))).))) ( -38.00)
>DroVir_CAF1 31211 110 - 1
UGU-CACUUG-GCACAUUUUUACU-----CGUUGU-CUGGGUCCUUUGUAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCGU-GAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCGG
...-.(((..-(.(((........-----...)))-)..)))....((((.(((((..((((((...(((((((((.((...-...)))))))))))...))))))..))))).)))). ( -37.60)
>DroGri_CAF1 31391 103 - 1
UAU-CACUGG--GGC-------AU-----UGUUGA-CUUGGUCCUUUGUAACUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCGUUAAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCAG
...-....((--(((-------..-----.(....-)...))))).((((..((((..((((((...(((((((((.((.......)))))))))))...))))))..))))..)))). ( -36.30)
>DroWil_CAF1 37129 107 - 1
GGU-GGG------UCGUGGCUUUU-----UGUUGUUGUUGUUCCUUUGUAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUUAUAUAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCCG
((.-.(.------..(..((....-----.))..)................(((((..((((((...(((((((((.(((.....))))))))))))...))))))..))))))..)). ( -38.00)
>DroMoj_CAF1 26313 113 - 1
UUUGCAUUUGUGCUCGCGCUUCUU-----CGUUGU-CUGGGUCCUCUGAAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGUUAAAAAAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCAU
..((((...(..((((.((.....-----....))-.))))..).......(((((..((((((...(((((((((.((......)).)))))))))...))))))..))))).)))). ( -37.70)
>DroAna_CAF1 20275 106 - 1
UU---AG---------GCCACCACGUAGUCGUUGU-CUCGCUCCUUUGUAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCUCUCGUUAAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCGC
..---.(---------((.((.(((....))).))-...))).....(((.(((((..((((((...(((((((((.((.......)))))))))))...))))))..))))).))).. ( -35.40)
>consensus
UUU_CAG_______C_UGCUUCUU_____CGUUGU_CUCGGUCCUUUGUAAUUCAAUCUGACUCCGUUAGGGAGUCGCUCAUUAAAAGGACUCCCUACUAGAGUCAAUUUGAACUGCAG
..............................................((((.(((((..((((((...(((((((((.((.......)))))))))))...))))))..))))).)))). (-30.26 = -30.40 +   0.14)

alignment

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